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Lista de obras de Christine Orengo

1,000 structures and more from the MCSG.

artículo científico publicado en 2011

3D-Beacons: decreasing the gap between protein sequences and structures through a federated network of protein structure data resources

scientific article published in 2022

A CATH domain functional family based approach to identify putative cancer driver genes and driver mutations

artículo científico publicado en 2019

A fast and automated solution for accurately resolving protein domain architectures.

artículo científico publicado en 2010

A holistic approach to protein structure alignment

artículo científico publicado en 1989

A large-scale evaluation of computational protein function prediction

artículo científico publicado en 2013

A local alignment method for protein structure motifs

artículo científico publicado en 1993

A practical and robust sequence search strategy for structural genomics target selection

artículo científico publicado en 2004

A protein structure comparison methodology

article

A rapid classification protocol for the CATH Domain Database to support structural genomics

artículo científico publicado en 2001

A rapid method of protein structure alignment

artículo científico publicado en 1990

A structural perspective on genome evolution

artículo científico publicado en 2003

Alpha plus beta folds revisited: some favoured motifs

artículo científico publicado en 1993

An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy ⬇️

artículo científico publicado en 2016

An integrated approach to the interpretation of single amino acid polymorphisms within the framework of CATH and Gene3D.

artículo científico publicado en 2009

An overview of comparative modelling and resources dedicated to large-scale modelling of genome sequences

artículo científico

Analysis and assessment of ab initio three-dimensional prediction, secondary structure, and contacts prediction

artículo científico publicado en 1999

Analysis of domain structural class using an automated class assignment protocol

artículo científico publicado en 1996

Analysis of temporal transcription expression profiles reveal links between protein function and developmental stages of Drosophila melanogaster.

artículo científico publicado en 2017

Assessing strategies for improved superfamily recognition

artículo científico publicado en 2005

Assessment of protein domain fusions in human protein interaction networks prediction: application to the human kinetochore model

artículo científico publicado en 2010

Assigning genomic sequences to CATH

artículo científico publicado en 2000

Association of serum cholesterol and triglyceride levels with agitation and cognitive function in a geropsychiatry unit

artículo científico publicado en 1996

Behavioral disturbances in geropsychiatric inpatients across dementia types

artículo científico publicado en 2000

CATH FunFHMMer web server: protein functional annotations using functional family assignments

artículo científico

CATH--a hierarchic classification of protein domain structures

artículo científico publicado en 1997

CATH-Gene3D: Generation of the Resource and Its Use in Obtaining Structural and Functional Annotations for Protein Sequences

artículo científico publicado en 2017

CATH: an expanded resource to predict protein function through structure and sequence

artículo científico publicado en 2016

CATH: comprehensive structural and functional annotations for genome sequences.

artículo científico publicado en 2014

CATHEDRAL: a fast and effective algorithm to predict folds and domain boundaries from multidomain protein structures.

artículo científico publicado en 2007

CODA: accurate detection of functional associations between proteins in eukaryotic genomes using domain fusion

artículo científico publicado en 2010

CORA--topological fingerprints for protein structural families

artículo científico publicado en 1999

Cancer-associated mutations are preferentially distributed in protein kinase functional sites

artículo científico publicado en 2009

Chainsaw: protein domain segmentation with fully convolutional neural networks

Chapter 1. Target selection in structural genomics projects to increase knowledge of protein structure and function space

artículo científico publicado en 2008

Characterization of pathogenic germline mutations in human protein kinases

artículo científico publicado en 2011

Characterizing domain-specific open educational resources by linking ISCB Communities of Special Interest to Wikipedia

artículo científico publicado en 2022

Choosing the Best Enzyme Complex Structure Made Easy

artículo científico publicado en 2018

Classifying a protein in the CATH database of domain structures

artículo científico publicado en 1998

Clinical and ethical implications of impaired executive control functions for patient autonomy

artículo científico publicado en 2000

Co-Expression Network Models Suggest that Stress Increases Tolerance to Mutations

artículo científico publicado en 2015

Combining sensitive database searches with multiple intermediates to detect distant homologues

artículo científico publicado en 1999

Comparative evolutionary analysis of protein complexes in E. coli and yeast

artículo científico publicado en 2010

Comparison of conformational characteristics in structurally similar protein pairs

artículo científico publicado en 1993

Comprehensive genome analysis of 203 genomes provides structural genomics with new insights into protein family space

artículo científico publicado en 2006

Consensus clustering and functional interpretation of gene-expression data

artículo científico publicado en 2004

Contemporary approaches to protein structure classification

artículo científico publicado en 1998

Correlation of observed fold frequency with the occurrence of local structural motifs

artículo científico publicado en 1999

Crystal structures of the human Dysferlin inner DysF domain

artículo científico publicado en 2014

DOMPLOT: a program to generate schematic diagrams of the structural domain organization within proteins, annotated by ligand contacts.

artículo científico publicado en 1999

Delirium in geropsychiatric patients: patient characteristics and treatment outcomes

artículo científico publicado en 1997

Detailed analysis of function divergence in a large and diverse domain superfamily: toward a refined protocol of function classification

artículo científico publicado en 2010

Domain Family Analyses to Understand Protein Function Evolution

artículo científico publicado en 2010

Domain assignment for protein structures using a consensus approach: characterization and analysis

artículo científico publicado en 1998

Domain-based and family-specific sequence identity thresholds increase the levels of reliable protein function transfer

artículo científico publicado en 2008

ENFIN--A European network for integrative systems biology

artículo científico publicado en 2009

Editorial overview: Catalysis and regulation

artículo científico publicado en 2017

Editorial overview: Sequences and topology: sequences, structures, genomes and populations

artículo científico publicado en 2014

Establishing a major cause of discrepancy in the calibration of Affymetrix GeneChips

artículo científico publicado en 2007

Evolution of function in protein superfamilies, from a structural perspective.

artículo científico publicado en 2001

Evolution of protein function, from a structural perspective

artículo científico publicado en 1999

Evolution of protein superfamilies and bacterial genome size

artículo científico publicado en 2004

Evolutionary history of the TBP-domain superfamily

artículo científico publicado en 2013

Exploiting protein structure data to explore the evolution of protein function and biological complexity.

artículo científico publicado en 2006

Exploiting structural classifications for function prediction: towards a domain grammar for protein function.

artículo científico publicado en 2009

Exploring Enzyme Evolution from Changes in Sequence, Structure, and Function

artículo científico publicado en 2019

Exploring the evolution of novel enzyme functions within structurally defined protein superfamilies

artículo científico publicado en 2012

Exploring the structure and function paradigm.

artículo científico publicado en 2008

Extending CATH: increasing coverage of the protein structure universe and linking structure with function

artículo científico publicado en 2011

EyeSite: a semi-automated database of protein families in the eye.

artículo científico publicado en 2004

FFPred: an integrated feature-based function prediction server for vertebrate proteomes

artículo científico publicado en 2008

FLORA: a novel method to predict protein function from structure in diverse superfamilies

artículo científico publicado en 2009

FUN-L: gene prioritization for RNAi screens

artículo científico

Fast structure alignment for protein databank searching

artículo científico publicado el 1 de octubre de 1992

Finding the "dark matter" in human and yeast protein network prediction and modelling

artículo científico publicado en 2010

From protein structure to function.

artículo científico publicado en 1999

From structure to function: approaches and limitations

artículo científico publicado en 2000

FunTree: a resource for exploring the functional evolution of structurally defined enzyme superfamilies

artículo científico publicado en 2011

Function Diversity Within Folds and Superfamilies

Functional classification of CATH superfamilies: a domain-based approach for protein function annotation

artículo científico publicado en 2015

Functional classification of CATH superfamilies: a domain-based approach for protein function annotation

artículo científico publicado en 2016

Functional innovation from changes in protein domains and their combinations

artículo científico publicado en 2016

Functional site plasticity in domain superfamilies

scientific article published on 14 March 2013

GeMMA: functional subfamily classification within superfamilies of predicted protein structural domains

artículo científico publicado en 2009

Gene Function Prediction from Functional Association Networks Using Kernel Partial Least Squares Regression

artículo científico publicado en 2015

Gene3D: Extensive prediction of globular domains in proteins

artículo científico publicado en 2017

Gene3D: Extensive prediction of globular domains in proteins

artículo científico publicado en 2017

Gene3D: Multi-domain annotations for protein sequence and comparative genome analysis

artículo científico publicado en 2013

Gene3D: a domain-based resource for comparative genomics, functional annotation and protein network analysis

artículo científico publicado en 2011

Gene3D: comprehensive structural and functional annotation of genomes

artículo científico publicado en 2007

Gene3D: merging structure and function for a Thousand genomes

artículo científico publicado en 2009

Gene3D: modelling protein structure, function and evolution

artículo científico publicado en 2006

Gene3D: structural assignment for whole genes and genomes using the CATH domain structure database

artículo científico publicado en 2002

Gene3D: structural assignments for the biologist and bioinformaticist alike

artículo científico publicado en 2003

Genome analysis: Assigning protein coding regions to three-dimensional structures

artículo científico publicado en 1999

Genome-wide RNA-Sequencing analysis identifies a distinct fibrosis gene signature in the conjunctiva after glaucoma surgery

artículo científico publicado en 2017

Genome-wide transcriptional profiling of skin and dorsal root ganglia after ultraviolet-B-induced inflammation

artículo científico publicado en 2014

Genome3D: a UK collaborative project to annotate genomic sequences with predicted 3D structures based on SCOP and CATH domains

artículo científico publicado en 2013

Genome3D: exploiting structure to help users understand their sequences

artículo científico publicado en 2015

Genomewide function conservation and phylogeny in the Herpesviridae

artículo científico publicado en 2001

Genomic insights into evolution

artículo científico publicado en 2002

ISCB's Initial Reaction to The New England Journal of Medicine Editorial on Data Sharing

artículo científico publicado en 2016

ISCB's initial reaction to New England Journal of Medicine editorial on data sharing

artículo científico publicado en 2016

ISCB's initial reaction to New England Journal of Medicine editorial on data sharing

artículo científico publicado en 2016

ISPIDER Central: an integrated database web-server for proteomics

artículo científico

Identification and classification of protein fold families

artículo científico publicado en 1993

Identification and distribution of protein families in 120 completed genomes using Gene3D.

artículo científico publicado en 2005

Identification of new herpesvirus gene homologs in the human genome

artículo científico publicado en 2002

Identifying and characterising key alternative splicing events in Drosophila development

artículo científico publicado en 2015

Inferring function using patterns of native disorder in proteins

artículo científico publicado en 2007

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations

artículo científico publicado en 2016

InterPro in 2019: improving coverage, classification and access to protein sequence annotations

article by Alex Mitchell et al published 6 November 2018 in Nucleic Acids Research

InterPro: the integrative protein signature database

artículo científico publicado en 2009

Interactions between estrogen and EGF in uterine growth and function.

artículo científico publicado en 1987

Landscape of activating cancer mutations in FGFR kinases and their differential responses to inhibitors in clinical use. ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Large-Scale Analysis Exploring Evolution of Catalytic Machineries and Mechanisms in Enzyme Superfamilies

artículo científico publicado en 2015

LigASite--a database of biologically relevant binding sites in proteins with known apo-structures

artículo científico

Low-density lipoprotein receptor gene familial hypercholesterolemia variant database: update and pathological assessment

artículo científico publicado en 2012

Methods of remote homology detection can be combined to increase coverage by 10% in the midnight zone

artículo científico publicado en 2007

Microarray analysis after RNA amplification can detect pronounced differences in gene expression using limma

artículo científico publicado en 2006

Microeconomic principles explain an optimal genome size in bacteria

artículo científico publicado en 2005

Multiple protein structure alignment

artículo científico publicado en 1994

New developments in the InterPro database

artículo científico publicado en 2007

New functional families (FunFams) in CATH to improve the mapping of conserved functional sites to 3D structures

artículo científico publicado en 2012

Nonalcohol-related use disorders in geropsychiatric patients

artículo científico publicado en 2000

Novel Computational Protocols for Functionally Classifying and Characterising Serine Beta-Lactamases

artículo científico publicado en 2016

One fold with many functions: the evolutionary relationships between TIM barrel families based on their sequences, structures and functions

artículo científico publicado en 2002

Outcome of a workshop on archiving structural models of biological macromolecules

artículo científico publicado en 2006

Outcome of psychiatric hospitalization for very low-functioning demented patients

artículo científico publicado en 1997

PFDB: a generic protein family database integrating the CATH domain structure database with sequence based protein family resources

artículo científico publicado en 2002

PROTEIN FAMILIES AND THEIR EVOLUTION—A STRUCTURAL PERSPECTIVE

artículo científico publicado en 2005

PSI-2: structural genomics to cover protein domain family space.

artículo científico publicado en 2009

PainNetworks: a web-based resource for the visualisation of pain-related genes in the context of their network associations

artículo científico publicado en 2013

Plasticity of enzyme active sites

artículo científico publicado en 2002

Positive selection during the evolution of the blood coagulation factors in the context of their disease-causing mutations

artículo científico publicado en 2014

Predicting protein function from sequence and structure

artículo científico publicado en 2007

Predicting protein function with hierarchical phylogenetic profiles: the Gene3D Phylo-Tuner method applied to eukaryotic genomes

artículo científico publicado en 2007

Progress of structural genomics initiatives: an analysis of solved target structures.

artículo científico publicado en 2005

Progress towards mapping the universe of protein folds

artículo científico publicado en 2004

Protein CoAlation and antioxidant function of Coenzyme A in prokaryotic cells

artículo científico publicado en 2018

Protein Structure Classification

Protein folds and functions

artículo científico publicado en 1998

Protein folds, functions and evolution

artículo científico publicado en 1999

Protein function annotation by homology-based inference

artículo científico publicado en 2009

Protein function annotation using protein domain family resources

artículo científico

Protein function prediction using domain families ⬇️

artículo científico publicado el 28 de febrero de 2013

Protein function prediction--the power of multiplicity

artículo científico publicado en 2009

Protein structure alignment

artículo científico publicado en 1989

Protein structure and function analyses to understand the implication of mutually exclusive splicing

Protein superfamilies and domain superfolds

artículo científico publicado en 1994

Protein superfamily evolution and the last universal common ancestor (LUCA).

artículo científico publicado en 2006

Quantifying the similarities within fold space

artículo científico publicado en 2002

ReadqPCR and NormqPCR: R packages for the reading, quality checking and normalisation of RT-qPCR quantification cycle (Cq) data

artículo científico publicado en 2012

Recognizing the fold of a protein structure.

artículo científico publicado en 2003

Recurrence of a binding motif?

artículo científico publicado en 1993

Recurring structural motifs in proteins with different functions

artículo científico publicado en 1993

Residue mutations and their impact on protein structure and function: detecting beneficial and pathogenic changes

artículo científico publicado en 2013

Review: what can structural classifications reveal about protein evolution?

artículo científico publicado en 2001

Rigid-body Ligand Recognition Drives Cytotoxic T-lymphocyte Antigen 4 (CTLA-4) Receptor Triggering

artículo científico publicado en 2011

SARS-CoV-2 spike protein predicted to form stable complexes with host receptor protein orthologues from mammals

artículo científico publicado en 2020

SSAP: sequential structure alignment program for protein structure comparison

artículo científico publicado en 1996

Sensory, psychological, and metabolic dysfunction in HIV-associated peripheral neuropathy: A cross-sectional deep profiling study

artículo científico publicado en 2014

Sequence and structural differences between enzyme and nonenzyme homologs

artículo científico publicado en 2002

Sequences and topology

Shared structural motif in proteins

artículo científico publicado en 1993

Stability-activity tradeoffs constrain the adaptive evolution of RubisCO.

scientific article published on 27 January 2014

Stress induces remodelling of yeast interaction and co-expression networks

artículo científico publicado en 2013

Structural and Functional View of Polypharmacology

Structural diversity of domain superfamilies in the CATH database

artículo científico publicado en 2006

Structural genomics is the largest contributor of novel structural leverage

artículo científico publicado en 2009

Structural insights into multi-protein communication systems

artículo científico publicado en 2012

Structural similarity between the pleckstrin homology domain and verotoxin: the problem of measuring and evaluating structural similarity

artículo científico publicado en 1995

Survey of current protein family databases and their application in comparative, structural and functional genomics

artículo científico publicado en 2005

Systematic computational prediction of protein interaction networks

artículo científico publicado en 2011

Systems biology approaches to finding novel pain mediators

artículo científico

Target selection and determination of function in structural genomics

artículo científico publicado en 2003

Target selection for structural genomics of infectious diseases

artículo científico publicado en 2014

Target selection for structural genomics: an overview

artículo científico publicado en 2008

The CATH Dictionary of Homologous Superfamilies (DHS): a consensus approach for identifying distant structural homologues

artículo científico publicado en 2000

The CATH Domain Structure Database and related resources Gene3D and DHS provide comprehensive domain family information for genome analysis

artículo científico publicado en 2005

The CATH classification revisited--architectures reviewed and new ways to characterize structural divergence in superfamilies

artículo científico publicado en 2008

The CATH database: an extended protein family resource for structural and functional genomics

artículo científico publicado en 2003

The CATH domain structure database: new protocols and classification levels give a more comprehensive resource for exploring evolution

artículo científico publicado en 2006

The CATH hierarchy revisited-structural divergence in domain superfamilies and the continuity of fold space

artículo científico publicado en 2009

The CATH protein family database: a resource for structural and functional annotation of genomes

artículo científico publicado en 2002

The Classification of Protein Domains

artículo científico publicado en 2017

The Gene3D Web Services: a platform for identifying, annotating and comparing structural domains in protein sequences

artículo científico publicado en 2011

The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years

artículo científico publicado en 2015

The Pain in Neuropathy Study (PiNS): a cross-sectional observational study determining the somatosensory phenotype of painful and painless diabetic neuropathy

artículo científico publicado en 2016

The classification of protein domains

artículo científico publicado en 2008

The evolution of protein functions and networks: a family-centric approach

artículo científico publicado en 2009

The history of the CATH structural classification of protein domains

artículo científico publicado en 2015

The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement

artículo científico publicado en 2007

Tolerability and effectiveness of atypical antipsychotics in male geriatric inpatients

artículo científico publicado en 2001

Towards a comprehensive structural coverage of completed genomes: a structural genomics viewpoint

artículo científico publicado en 2007

Towards fully automated structure-based function prediction in structural genomics: a case study

artículo científico publicado en 2007

Tracking dynamic changes in Alzheimer's disease brain proteome reveals ageing-independent damage in Drosophila

scholarly article published 19 December 2018

Transient protein-protein interactions: structural, functional, and network properties

artículo científico publicado en 2010

Transmission of SARS-CoV-2 from humans to animals and potential host adaptation

artículo científico publicado en 2022

Trimethylaminuria and a human FMO3 mutation database

artículo científico publicado en 2003

Uncovering the molecular machinery of the human spindle--an integration of wet and dry systems biology

artículo científico publicado en 2012

Understanding enzyme function evolution from a computational perspective

artículo científico publicado en 2017

Unique signalling connectivity of FGFR3-TACC3 oncoprotein revealed by quantitative phosphoproteomics and differential network analysis ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Use of structure comparison methods for the refinement of protein structure predictions. I. Identifying the structural family of a protein from low-resolution models.

artículo científico publicado en 2002

Using CATH-Gene3D to Analyze the Sequence, Structure, and Function of Proteins.

artículo científico publicado en 2015

Using the CATH domain database to assign structures and functions to the genome sequences

artículo científico publicado en 2000

VIDA: a virus database system for the organization of animal virus genome open reading frames

artículo científico publicado en 2001

VarSite: Disease variants and protein structure

artículo científico publicado en 2019

Yeast cytochrome c oxidase: a model system to study mitochondrial forms of the haem-copper oxidase superfamily

artículo científico publicado en 2011

CATH

base de datos de estructuras de dominios de proteínas

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