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Lista de obras de Ivet Bahar

"Only a Life Lived for Others Is Worth Living": redox signaling by oxygenated phospholipids in cell fate decisions

artículo científico publicado en 2017

A comparative analysis of the equilibrium dynamics of a designed protein inferred from NMR, X-ray, and computations

artículo científico publicado en 2009

A conformational switch in a partially unwound helix selectively determines the pathway for substrate release from the carnitine/γ-butyrobetaine antiporter CaiT ⬇️

artículo científico publicado el 29 de julio de 2012

A genome-wide RNAi screen identifies potential drug targets in a C. elegans model of α1-antitrypsin deficiency

artículo científico publicado en 2014

A monoclonal antibody against staphylococcal enterotoxin B superantigen inhibits SARS-CoV-2 entry <i>in vitro</i>

scientific article published on 24 November 2020

A stable three enzyme creatinine biosensor. 2. Analysis of the impact of silver ions on creatine amidinohydrolase

artículo científico publicado en 2004

A stable three-enzyme creatinine biosensor. 1. Impact of structure, function and environment on PEGylated and immobilized sarcosine oxidase

artículo científico publicado en 2004

ATPase subdomain IA is a mediator of interdomain allostery in Hsp70 molecular chaperones

artículo científico publicado en 2014

Activation and desensitization of ionotropic glutamate receptors by selectively triggering pre-existing motions.

artículo científico publicado en 2018

Adaptability of protein structures to enable functional interactions and evolutionary implications

artículo científico

Allosteric Modulation of Intact γ-Secretase Structural Dynamics

artículo científico publicado en 2017

Allosteric interactions in the parathyroid hormone GPCR-arrestin complex formation

artículo científico publicado en 2020

Allosteric transitions of supramolecular systems explored by network models: application to chaperonin GroEL.

artículo científico publicado en 2009

An adaptive weighted ensemble procedure for efficient computation of free energies and first passage rates

artículo científico publicado en 2012

An introduction to simulation and visualization of biological systems at multiple scales: a summer training program for interdisciplinary research

artículo científico publicado en 2006

Analysis of correlated mutations in HIV-1 protease using spectral clustering

artículo científico publicado en 2008

Author Correction: Nanomechanics of multidomain neuronal cell adhesion protein contactin revealed by single molecule AFM and SMD.

artículo científico publicado en 2018

BalestraWeb: efficient online evaluation of drug-target interactions

artículo científico publicado en 2014

Biomolecular Systems Interactions, Dynamics, and Allostery: Reflections and New Directions

artículo científico publicado en 2015

Cardiolipin externalization to the outer mitochondrial membrane acts as an elimination signal for mitophagy in neuronal cells

artículo científico publicado en 2013

Changes in dynamics upon oligomerization regulate substrate binding and allostery in amino acid kinase family members

artículo científico publicado en 2011

Characterization of Differential Dynamics, Specificity, and Allostery of Lipoxygenase Family Members.

artículo científico publicado en 2019

Chromosomal dynamics predicted by an elastic network model explains genome-wide accessibility and long-range couplings

artículo científico publicado en 2017

ClustENM: ENM-Based Sampling of Essential Conformational Space at Full Atomic Resolution

artículo científico publicado en 2016

Coarse-grained normal mode analysis in structural biology

artículo científico publicado en 2005

Common mechanism of pore opening shared by five different potassium channels

artículo científico publicado en 2006

Comparative Dynamics of NMDA- and AMPA-Glutamate Receptor N-Terminal Domains ⬇️

artículo científico publicado el 6 de septiembre de 2012

Comparative study of the effectiveness and limitations of current methods for detecting sequence coevolution

artículo científico publicado en 2015

Complementary computational and experimental evaluation of missense variants in the ROMK potassium channel

artículo científico publicado en 2020

Complete mapping of substrate translocation highlights the role of LeuT N-terminal segment in regulating transport cycle

artículo científico publicado en 2014

Computational generation inhibitor-bound conformers of p38 MAP kinase and comparison with experiments ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Computational insights on the competing effects of nitric oxide in regulating apoptosis

artículo científico publicado en 2008

Conformational changes in HIV-1 reverse transcriptase induced by nonnucleoside reverse transcriptase inhibitor binding

artículo científico publicado en 2004

Connecting Neuronal Cell Protective Pathways and Drug Combinations in a Huntington's Disease Model through the Application of Quantitative Systems Pharmacology.

artículo científico publicado en 2017

Constraints Imposed by the Membrane Selectively Guide the Alternating Access Dynamics of the Glutamate Transporter GltPh ⬇️

artículo científico publicado el 20 de marzo de 2012

Coupled Global and Local Changes Direct Substrate Translocation by Neurotransmitter-Sodium Symporter Ortholog LeuT ⬇️

artículo científico publicado el 6 de agosto de 2013

Coupling between catalytic loop motions and enzyme global dynamics

artículo científico publicado en 2012

Coupling between catalytic site and collective dynamics: a requirement for mechanochemical activity of enzymes

artículo científico publicado en 2005

Coupling between neurotransmitter translocation and protonation state of a titratable residue during Na ⁺-coupled transport

artículo científico publicado en 2014

Decoding of persistent multiscale structures in complex biological networks

artículo científico publicado en 2020

Designing inhibitors of cytochrome c/cardiolipin peroxidase complexes: mitochondria-targeted imidazole-substituted fatty acids

artículo científico publicado en 2014

Development of Small-Molecule PUMA Inhibitors for Mitigating Radiation-Induced Cell Death ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Discovery and characterization of novel small molecule inhibitors of human Cdc25B dual specificity phosphatase

artículo científico publicado en 2004

Discovery of novel Myc-Max heterodimer disruptors with a three-dimensional pharmacophore model

artículo científico publicado en 2009

Domain swapping proceeds via complete unfolding: a 19F- and 1H-NMR study of the Cyanovirin-N protein

artículo científico publicado en 2012

Druggability Assessment of Allosteric Proteins by Dynamics Simulations in the Presence of Probe Molecules

artículo científico publicado en 2012

DynOmics: dynamics of structural proteome and beyond

artículo científico publicado en 2017

Dynamics and allosteric potential of the AMPA receptor N-terminal domain ⬇️

artículo científico publicado el 11 de febrero de 2011

Dynamics of large proteins through hierarchical levels of coarse-grained structures.

artículo científico publicado en 2002

EIF3H orchestrates Hippo pathway-mediated oncogenesis via catalytic control of YAP stability

scientific article published on 08 April 2020

Elastic network modeling of cellular networks unveils sensor and effector genes that control information flow

artículo científico publicado en 2022

Elastic network models for understanding biomolecular machinery: from enzymes to supramolecular assemblies

artículo científico publicado en 2005

Empowerment of 15-Lipoxygenase Catalytic Competence in Selective Oxidation of Membrane ETE-PE to Ferroptotic Death Signals, HpETE-PE

scientific article published on 17 December 2018

Energy landscape of LeuT from molecular simulations

artículo científico publicado en 2015

Escherichia coli adenylate kinase dynamics: comparison of elastic network model modes with mode-coupling (15)N-NMR relaxation data

artículo científico publicado en 2004

Exploring the conformational transitions of biomolecular systems using a simple two-state anisotropic network model

artículo científico publicado en 2014

Fast-folding protein kinetics, hidden intermediates, and the sequential stabilization model

artículo científico publicado en 2002

FlexE: Using elastic network models to compare models of protein structure.

artículo científico publicado en 2012

Frequent mutation of receptor protein tyrosine phosphatases provides a mechanism for STAT3 hyperactivation in head and neck cancer

artículo científico publicado en 2014

Functional motions of influenza virus hemagglutinin: a structure-based analytical approach

artículo científico publicado en 2002

Gene expression analysis of dendritic cells that prevent diabetes in NOD mice: analysis of chemokines and costimulatory molecules

artículo científico publicado en 2011

Global dynamics of proteins: bridging between structure and function

artículo científico publicado en 2010

Global motions of the nuclear pore complex: insights from elastic network models

artículo científico publicado en 2009

Global transitions of proteins explored by a multiscale hybrid methodology: application to adenylate kinase

artículo científico publicado en 2013

High-efficiency bypass of DNA damage by human DNA polymerase Q

artículo científico publicado en 2004

Identification of Motions in Membrane Proteins by Elastic Network Models and Their Experimental Validation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

Identification of a unique TCR repertoire, consistent with a superantigen selection process in Children with Multi-system Inflammatory Syndrome

scientific article published on 09 November 2020

Identification of core amino acids stabilizing rhodopsin

artículo científico publicado en 2004

Impact of new variants on SARS-CoV-2 infectivity and neutralization: A molecular assessment of the alterations in the spike-host protein interactions

artículo científico publicado en 2022

Improved Total-Body Irradiation Survival by Delivery of Two Radiation Mitigators that Target Distinct Cell Death Pathways

artículo científico publicado en 2017

In vivo structure-activity relationship studies support allosteric targeting of a dual specificity phosphatase

artículo científico publicado en 2014

Inflammatory modulation of hepatocyte apoptosis by nitric oxide: in vivo, in vitro, and in silico studies

artículo científico publicado en 2004

Inhibition of Peroxidase Activity of Cytochrome c: De Novo Compound Discovery and Validation

artículo científico publicado en 2015

Inhibitor binding alters the directions of domain motions in HIV-1 reverse transcriptase

artículo científico publicado en 2002

Innate immune memory and homeostasis may be conferred through crosstalk between the TLR3 and TLR7 pathways

artículo científico publicado en 2016

Insights into equilibrium dynamics of proteins from comparison of NMR and X-ray data with computational predictions

artículo científico publicado en 2007

Insights into the Modulation of Dopamine Transporter Function by Amphetamine, Orphenadrine, and Cocaine Binding

artículo científico publicado en 2015

Interplay between arginine methylation and ubiquitylation regulates KLF4-mediated genome stability and carcinogenesis

artículo científico publicado en 2015

Intracellular Gating in an Inward-facing State of Aspartate Transporter GltPh Is Regulated by the Movements of the Helical Hairpin HP2 ⬇️

artículo científico publicado el 5 de febrero de 2013

Intrinsic dynamics is evolutionarily optimized to enable allosteric behavior

scientific article published on 27 November 2019

Intrinsic dynamics of enzymes in the unbound state and relation to allosteric regulation

artículo científico publicado en 2007

Large collective motions regulate the functional properties of glutamate transporter trimers

artículo científico publicado en 2011

Longer simulations sample larger subspaces of conformations while maintaining robust mechanisms of motion

artículo científico publicado en 2011

Markov methods for hierarchical coarse-graining of large protein dynamics.

artículo científico publicado en 2007

Markov propagation of allosteric effects in biomolecular systems: application to GroEL-GroES.

artículo científico publicado en 2006

Mechanism of signal propagation upon retinal isomerization: insights from molecular dynamics simulations of rhodopsin restrained by normal modes

artículo científico publicado en 2008

Mechanisms of CFTR functional variants that impair regulated bicarbonate permeation and increase risk for pancreatitis but not for cystic fibrosis

artículo científico publicado en 2014

Metal-binding sites are designed to achieve optimal mechanical and signaling properties

artículo científico publicado en 2010

Microseconds simulations reveal a new sodium-binding site and the mechanism of sodium-coupled substrate uptake by LeuT

artículo científico publicado en 2014

Mining frequent patterns in protein structures: a study of protease families.

artículo científico publicado en 2004

Molecular Mechanism of Dopamine Transport by Human Dopamine Transporter

artículo científico publicado en 2015

Molecular simulations elucidate the substrate translocation pathway in a glutamate transporter

artículo científico publicado en 2009

NO Represses the Oxygenation of Arachidonoyl PE by 15LOX/PEBP1: Mechanism and Role in Ferroptosis

artículo científico publicado en 2021

Nanomechanics of multidomain neuronal cell adhesion protein contactin revealed by single molecule AFM and SMD.

artículo científico publicado en 2017

Normal mode analysis of biomolecular structures: functional mechanisms of membrane proteins

artículo científico publicado en 2010

On the conservation of the slow conformational dynamics within the amino acid kinase family: NAGK the paradigm

artículo científico publicado en 2010

On the functional significance of soft modes predicted by coarse-grained models for membrane proteins

artículo científico publicado en 2010

Oxidized arachidonic and adrenic PEs navigate cells to ferroptosis

artículo científico publicado en 2016

PEBP1 Wardens Ferroptosis by Enabling Lipoxygenase Generation of Lipid Death Signals.

artículo científico publicado en 2017

PEBP1 acts as a rheostat between prosurvival autophagy and ferroptotic death in asthmatic epithelial cells

artículo científico publicado en 2020

PINK1 Interacts with VCP/p97 and Activates PKA to Promote NSFL1C/p47 Phosphorylation and Dendritic Arborization in Neurons

artículo científico publicado en 2018

Pharmacological suppression of B7-H4 glycosylation restores antitumor immunity in immune-cold breast cancers

scientific article published on 16 September 2020

Pharmmaker: Pharmacophore modeling and hit identification based on druggability simulations

scientific article published on 04 December 2019

Phospholipase iPLA<sub>2</sub>β averts ferroptosis by eliminating a redox lipid death signal

artículo científico publicado en 2021

Precise druggability of the PTH type 1 receptor

artículo científico publicado en 2021

Predicting drug-target interactions using probabilistic matrix factorization

artículo científico publicado en 2013

Pre‐existing soft modes of motion uniquely defined by native contact topology facilitate ligand binding to proteins ⬇️

artículo científico publicado el 9 de septiembre de 2011

Principal component analysis of native ensembles of biomolecular structures (PCA_NEST): insights into functional dynamics

artículo científico publicado en 2009

ProDy 2.0: Increased Scale and Scope after 10 Years of Protein Dynamics Modelling with Python

ProDy: Protein Dynamics Inferred from Theory and Experiments ⬇️

artículo científico publicado el 5 de abril de 2011

Protonation of Glutamate 208 Induces the Release of Agmatine in an Outward-facing Conformation of an Arginine/Agmatine Antiporter ⬇️

artículo científico publicado el 12 de abril de 2011

Quantitative Assessment of the Energetics of Dopamine Translocation by Human Dopamine Transporter

artículo científico publicado en 2017

Quantitative assessment of cell fate decision between autophagy and apoptosis

artículo científico publicado en 2017

Recruitment of pro-IL-1α to mitochondrial cardiolipin, via shared LC3 binding domain, inhibits mitophagy and drives maximal NLRP3 activation

artículo científico publicado en 2021

Recruitment of rare 3-grams at functional sites: is this a mechanism for increasing enzyme specificity?

artículo científico publicado en 2007

Redox lipid reprogramming commands susceptibility of macrophages and microglia to ferroptotic death

artículo científico publicado en 2020

Regulation of XIAP Turnover Reveals a Role for USP11 in Promotion of Tumorigenesis

artículo científico publicado en 2016

Relating molecular flexibility to function: a case study of tubulin

artículo científico publicado en 2002

Role of Hsp70 ATPase Domain Intrinsic Dynamics and Sequence Evolution in Enabling its Functional Interactions with NEFs ⬇️

artículo científico publicado el 16 de septiembre de 2010

Sequence Evolution Correlates with Structural Dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 16 de marzo de 2012

Shared dynamics of LeuT superfamily members and allosteric differentiation by structural irregularities and multimerization.

artículo científico publicado en 2018

Signal propagation in proteins and relation to equilibrium fluctuations

artículo científico publicado en 2007

Significance of p53 dynamics in regulating apoptosis in response to ionizing radiation, and polypharmacological strategies

artículo científico publicado en 2014

Spatial bias in cAMP generation determines biological responses to PTH type 1 receptor activation

artículo científico publicado en 2021

Structural changes involved in protein binding correlate with intrinsic motions of proteins in the unbound state

artículo científico publicado en 2005

Structural dynamics is a determinant of the functional significance of missense variants.

artículo científico publicado en 2018

Structurally unique inhibitors of human mitogen-activated protein kinase phosphatase-1 identified in a pyrrole carboxamide library

artículo científico publicado en 2007

Structure, Dynamics, and Allosteric Potential of Ionotropic Glutamate Receptor N-Terminal Domains

artículo científico publicado en 2015

Structure-Encoded Global Motions and Their Role in Mediating Protein-Substrate Interactions

artículo científico

Substrate transport and anion permeation proceed through distinct pathways in glutamate transporters.

artículo científico publicado en 2017

Superantigenic character of an insert unique to SARS-CoV-2 spike supported by skewed TCR repertoire in patients with hyperinflammation

artículo científico publicado en 2020

Targeting of dopamine transporter to filopodia requires an outward-facing conformation of the transporter

artículo científico publicado en 2017

The anisotropic network model web server at 2015 (ANM 2.0).

artículo científico publicado en 2015

The center for causal discovery of biomedical knowledge from big data

artículo científico publicado en 2015

The interface of protein structure, protein biophysics, and molecular evolution

artículo científico publicado en 2012

The intrinsic dynamics of enzymes plays a dominant role in determining the structural changes induced upon inhibitor binding

artículo científico publicado en 2009

The mechanism of substrate release by the aspartate transporter GltPh: insights from simulations ⬇️

artículo científico publicado el 15 de diciembre de 2010

The relationship between n-gram patterns and protein secondary structure

artículo científico publicado en 2007

The sodium/galactose symporter crystal structure is a dynamic, not so occluded state

artículo científico publicado en 2010

Time-resolved mechanism of extracellular gate opening and substrate binding in a glutamate transporter

artículo científico publicado en 2008

Topological basis of signal integration in the transcriptional-regulatory network of the yeast, Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Toward a molecular understanding of the anisotropic response of proteins to external forces: insights from elastic network models

artículo científico publicado en 2008

Toward a molecular understanding of the interaction of dual specificity phosphatases with substrates: insights from structure-based modeling and high throughput screening

artículo científico publicado en 2008

Toward understanding allosteric signaling mechanisms in the ATPase domain of molecular chaperones

artículo científico publicado en 2010

Trimerization of dopamine transporter triggered by AIM-100 binding: Molecular mechanism and effect of mutations

scientific article published on 20 June 2019

Using entropy maximization to understand the determinants of structural dynamics beyond native contact topology

artículo científico publicado en 2010

Vibrational dynamics of icosahedrally symmetric biomolecular assemblies compared with predictions based on continuum elasticity

artículo científico publicado en 2009

Zebrafish chemical screening reveals an inhibitor of Dusp6 that expands cardiac cell lineages

artículo científico publicado en 2009

iGNM 2.0: the Gaussian network model database for biomolecular structural dynamics

artículo científico publicado en 2015

iGNM: a database of protein functional motions based on Gaussian Network Model.

artículo científico publicado en 2005

oGNM: online computation of structural dynamics using the Gaussian Network Model

artículo científico publicado en 2006

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