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Lista de obras de Naama Barkai

'Big frog, small frog'--maintaining proportions in embryonic development: delivered on 2 July 2008 at the 33rd FEBS Congress in Athens, Greece.

artículo científico publicado en 2009

A Visual Framework for Classifying Determinants of Cell Size

A WntD-Dependent Integral Feedback Loop Attenuates Variability in Drosophila Toll Signaling

artículo científico publicado en 2016

A biological solution to a fundamental distributed computing problem

artículo científico publicado en 2011

A genetic signature of interspecies variations in gene expression

scientific article published on 18 June 2006

A regulatory phosphorylation site on Mec1 controls chromatin occupancy of RNA polymerases during replication stress

artículo científico publicado en 2021

A repressor-decay timer for robust temporal patterning in embryonic neuroblast lineages

artículo científico publicado en 2018

A role for Rtt109 in buffering gene-dosage imbalance during DNA replication.

artículo científico publicado en 2016

A transcriptome-wide analysis deciphers distinct roles of G1 cyclins in temporal organization of the yeast cell cycle

artículo científico publicado en 2019

A two-step patterning process increases the robustness of periodic patterning in the fly eye

artículo científico publicado en 2016

A yeast hybrid provides insight into the evolution of gene expression regulation.

artículo científico publicado en 2009

Accumulation of <i>cis</i>- and <i>trans</i>-regulatory variations is associated with phenotypic divergence of a complex trait between yeast species

artículo científico publicado en 2021

Autocorrelation analysis reveals widespread spatial biases in microarray experiments

artículo científico publicado en 2007

Budding yeast escape commitment to the phosphate starvation program using gene expression noise

artículo científico publicado en 2013

Buffering Global Variability of Morphogen Gradients

artículo científico publicado en 2017

Checkpoint-independent scaling of the Saccharomyces cerevisiae DNA replication program

artículo científico publicado en 2014

Chromatin dynamics during DNA replication

artículo científico publicado en 2016

Chromatin regulators as capacitors of interspecies variations in gene expression

artículo científico publicado en 2010

Common and divergent roles for members of the mouse DCX superfamily

artículo científico publicado en 2006

Comparative analysis indicates regulatory neofunctionalization of yeast duplicates

artículo científico publicado en 2007

Comparative biology: beyond sequence analysis

artículo científico publicado en 2007

Comparative gene expression analysis by differential clustering approach: application to the Candida albicans transcription program

artículo científico publicado en 2005

Computational verification of protein-protein interactions by orthologous co-expression

artículo científico publicado en 2005

Conservation of Expression and Sequence of Metabolic Genes is Reflected by Activity Across Metabolic States

artículo científico publicado en 2006

Conservation of expression and sequence of metabolic genes is reflected by activity across metabolic states

artículo científico publicado en 2006

Coordination of gene expression and growth-rate in natural populations of budding yeast

artículo científico publicado en 2014

Coordination of gene expression with growth rate: a feedback or a feed-forward strategy?

artículo científico publicado en 2009

Correction: Epigenetically-Inherited Centromere and Neocentromere DNA Replicates Earliest in S-Phase.

artículo científico publicado en 2011

Correction: Epigenetically-Inherited Centromere and Neocentromere DNA Replicates Earliest in S-Phase.

artículo científico publicado en 2011

Coupling phenotypic persistence to DNA damage increases genetic diversity in severe stress.

artículo científico publicado en 2017

Creating gradients by morphogen shuttling.

artículo científico publicado en 2013

DNA Crossover Motifs Associated with Epigenetic Modifications Delineate Open Chromatin Regions in Arabidopsis.

artículo científico publicado en 2015

Dealing with Gene-Dosage Imbalance during S Phase.

artículo científico publicado en 2016

Defining transcription modules using large-scale gene expression data

artículo científico publicado en 2004

Developmental biology: Segmentation within scale

artículo científico publicado en 2012

Disentangling signaling gradients generated by equivalent sources

artículo científico publicado en 2011

Divergence and selectivity of expression-coupled histone modifications in budding yeasts

artículo científico publicado en 2014

Divergence of nucleosome positioning between two closely related yeast species: genetic basis and functional consequences

artículo científico publicado en 2010

Dual role of starvation signaling in promoting growth and recovery

artículo científico publicado en 2017

Dynamic lineage priming is driven via direct enhancer regulation by ERK

scientific article published on 06 November 2019

Dynamics of Spaetzle morphogen shuttling in the Drosophila embryo shapes gastrulation patterning

scientific article published on 12 November 2019

EGF receptor signaling - a quantitative view

artículo científico publicado en 2007

Early commitment and robust differentiation in colonic crypts ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Efficiency and specificity in microRNA biogenesis ⬇️

artículo científico publicado el 13 de mayo de 2012

Elucidating mechanisms underlying robustness of morphogen gradients

artículo científico publicado en 2004

Epigenetic Control of Expression Homeostasis during Replication Is Stabilized by the Replication Checkpoint

artículo científico publicado en 2018

Epigenetically-inherited centromere and neocentromere DNA replicates earliest in S-phase

artículo científico publicado en 2010

Error minimization in lateral inhibition circuits

artículo científico publicado en 2010

Evaluating putative mechanisms of the mitotic spindle checkpoint

artículo científico publicado en 2005

Evolution of gene sequence and gene expression are not correlated in yeast.

artículo científico publicado en 2008

Evolution of nucleosome occupancy: conservation of global properties and divergence of gene-specific patterns

artículo científico publicado en 2011

Expansion-Repression Mechanism for Scaling the Dpp Activation Gradient in Drosophila Wing Imaginal Discs ⬇️

artículo científico publicado el 11 de agosto de 2011

Expression homeostasis during DNA replication.

artículo científico publicado en 2016

Expression noise and acetylation profiles distinguish HDAC functions

artículo científico publicado en 2012

Extensive divergence of yeast stress responses through transitions between induced and constitutive activation ⬇️

artículo científico publicado el 19 de septiembre de 2011

Gene Transcription as a Limiting Factor in Protein Production and Cell Growth

artículo científico publicado en 2020

Global shape of Toll activation is determined by wntD enhancer properties

artículo científico publicado en 2020

Heterosis as a consequence of regulatory incompatibility

artículo científico publicado en 2017

Improved readout precision of the Bicoid morphogen gradient by early decoding

artículo científico publicado en 2011

Increasing population growth by asymmetric segregation of a limiting resource during cell division

artículo científico publicado en 2013

Independent evolution of transcript abundance and gene regulatory dynamics

artículo científico publicado en 2020

Inferring regulatory mechanisms from patterns of evolutionary divergence ⬇️

artículo científico publicado el 13 de septiembre de 2011

Interpreting clone-mediated perturbations of morphogen profiles.

artículo científico publicado en 2005

Intrinsically Disordered Regions Direct Transcription Factor In Vivo Binding Specificity

scientific article published on 11 June 2020

Iterative signature algorithm for the analysis of large-scale gene expression data

artículo científico publicado en 2003

Lighting Up ERK Activity

artículo científico publicado en 2017

Linking the signaling cascades and dynamic regulatory networks controlling stress responses

artículo científico publicado en 2012

Loss of growth homeostasis by genetic decoupling of cell division from biomass growth: implication for size control mechanisms

artículo científico publicado en 2014

MRC1-dependent scaling of the budding yeast DNA replication timing program

artículo científico publicado en 2010

Mechanisms of noise-resistance in genetic oscillators

artículo científico publicado en 2002

Model-based analysis of DNA replication profiles: predicting replication fork velocity and initiation rate by profiling free-cycling cells

artículo científico publicado en 2016

Modeling pattern formation: counting to two in the Drosophila egg.

artículo científico publicado en 2002

Modulation of the transcription regulatory program in yeast cells committed to sporulation

artículo científico publicado en 2006

Morphogen gradient formation in a complex environment: an anomalous diffusion model

artículo científico publicado en 2005

Natural Diversity in Pentose Fermentation Is Explained by Variations in Histone Deacetylases

artículo científico publicado en 2016

Noise in protein expression scales with natural protein abundance

artículo científico publicado en 2006

Noise propagation and signaling sensitivity in biological networks: A role for positive feedback

artículo científico publicado en 2007

Noise propagation and signaling sensitivity in biological networks: a role for positive feedback

artículo científico publicado en 2007

Noise resistance in the spindle assembly checkpoint

artículo científico publicado en 2006

Noise-mean relationship in mutated promoters

artículo científico publicado en 2012

Nucleosome Organization Affects the Sensitivity of Gene Expression to Promoter Mutations ⬇️

artículo científico publicado el 29 de marzo de 2012

On the relation between promoter divergence and gene expression evolution

artículo científico publicado en 2008

Periodic patterning of the Drosophila eye is stabilized by the diffusible activator Scabrous.

artículo científico

Physical aspects of precision in genetic regulation

artículo científico publicado en 2010

Pre-steady-state decoding of the Bicoid morphogen gradient

artículo científico publicado en 2007

Principles of cellular resource allocation revealed by condition-dependent proteome profiling.

artículo científico publicado en 2017

Principles of transcriptional control in the metabolic network of Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2003

Promoter Nucleosome Organization Shapes the Evolution of Gene Expression ⬇️

artículo científico publicado el 15 de marzo de 2012

Promoter architecture and the evolvability of gene expression

scientific article published on 14 December 2009

Rapid evolutionary adaptation to growth on an 'unfamiliar' carbon source

artículo científico publicado en 2016

Re-examining the stability of the Bicoid morphogen gradient

artículo científico publicado en 2008

Reconstituting tissue patterning

scientific article published on 01 October 2020

Resolving noise-control conflict by gene duplication

scientific article published on 22 November 2019

Rethinking cell growth models.

artículo científico publicado en 2016

Revealing modular organization in the yeast transcriptional network

artículo científico publicado en 2002

Reverse engineering of the spindle assembly checkpoint

artículo científico publicado en 2009

Rewiring of the Yeast Transcriptional Network Through the Evolution of Motif Usage

artículo científico publicado en 2005

Robust generation and decoding of morphogen gradients

artículo científico publicado en 2009

Robust selection of sensory organ precursors by the Notch–Delta pathway ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2011

Robustness of the BMP morphogen gradient in Drosophila embryonic patterning

artículo científico publicado en 2002

Saccharomyces cerevisiae Spore Germination

Scaling morphogen gradients during tissue growth by a cell division rule.

artículo científico publicado en 2014

Scaling of dorsal-ventral patterning in the Xenopus laevis embryo.

artículo científico publicado en 2013

Scaling of morphogen gradients by an expansion-repression integral feedback control

artículo científico publicado en 2010

Scaling of morphogen gradients.

artículo científico

Scaling of the BMP activation gradient in Xenopus embryos

scientific article published in Nature

Self-enhanced ligand degradation underlies robustness of morphogen gradients.

artículo científico publicado en 2003

Self-organized shuttling: generating sharp dorsoventral polarity in the early Drosophila embryo.

artículo científico publicado en 2012

Sequential feedback induction stabilizes the phosphate starvation response in budding yeast.

artículo científico publicado en 2014

Similarities and differences in genome-wide expression data of six organisms

artículo científico publicado en 2004

Speed-Specificity Trade-Offs in the Transcription Factors Search for Their Genomic Binding Sites

artículo científico publicado en 2021

Spore germination in Saccharomyces cerevisiae: global gene expression patterns and cell cycle landmarks

artículo científico publicado en 2007

Strategy of transcription regulation in the budding yeast.

artículo científico publicado en 2007

Systematic identification of cell size regulators in budding yeast

artículo científico publicado en 2014

The Cost of Protein Production.

artículo científico publicado en 2015

The Evolutionary Potential of Phenotypic Mutations

artículo científico publicado en 2015

The Genetic Requirements for Pentose Fermentation in Budding Yeast

artículo científico publicado en 2017

The competitive advantage of a dual-transporter system

artículo científico publicado en 2011

The design of transcription-factor binding sites is affected by combinatorial regulation

artículo científico publicado en 2005

The era of systems developmental biology

artículo científico publicado en 2011

The evolving doublecortin (DCX) superfamily

artículo científico publicado en 2006

The pattern and evolution of yeast promoter bendability

artículo científico publicado en 2007

The ups and downs of biological timers

artículo científico publicado en 2005

Threshold responses to morphogen gradients by zero-order ultrasensitivity

artículo científico publicado en 2005

Transcription Factor Binding to Replicated DNA

scientific article published on 01 March 2020

Two strategies for gene regulation by promoter nucleosomes

artículo científico publicado en 2008

Uncovering targeting priority to yeast peroxisomes using an in-cell competition assay

scientific article published on 17 August 2020

Variability and robustness in biomolecular systems

scientific article published on December 2007

Widespread remodeling of mid-coding sequence nucleosomes by Isw1.

artículo científico publicado en 2010

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