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Lista de obras de Nicolas Le Novère

1. MIRIAM Identifiers and Resources / 2. Existing Identifier Schemes

A brief history of COMBINE

A community-driven global reconstruction of human metabolism. ⬇️

artículo científico publicado en 2013

A consensus yeast metabolic network reconstruction obtained from a community approach to systems biology

artículo científico publicado en 2008

A single (−)-nicotine injection causes change with a time delay in the affinity of striatal D2 receptors for antagonist, but not for agonist, nor in the D2 receptor mRNA levels in the rat substantia nigra

artículo científico publicado en 1995

ATG13 dynamics in nonselective autophagy and mitophagy: insights from live imaging studies and mathematical modeling

scientific article published on 22 April 2020

Abnormal avoidance learning in mice lacking functional high-affinity nicotine receptor in the brain

scientific journal article

Acute and long-term changes in the mesolimbic dopamine pathway after systemic or local single nicotine injections

artículo científico publicado en 2002

An H-bond between two residues from different loops of the acetylcholine binding site contributes to the activation mechanism of nicotinic receptors ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2003

An allosteric model of calmodulin explains differential activation of PP2B and CaMKII

artículo científico publicado en 2008

An extracellular protein microdomain controls up-regulation of neuronal nicotinic acetylcholine receptors by nicotine

scientific journal article

BNC1 regulates cell heterogeneity in human pluripotent stem cell-derived epicardium

artículo científico publicado en 2019

BioModels Database: An enhanced, curated and annotated resource for published quantitative kinetic models

artículo científico publicado en 2010

BioModels Database: a free, centralized database of curated, published, quantitative kinetic models of biochemical and cellular systems

artículo científico publicado en 2006

BioModels Database: a repository of mathematical models of biological processes

artículo científico publicado en 2013

BioModels Database: curation and annotation

BioModels linked dataset

artículo científico publicado en 2014

BioModels.net Web Services, a free and integrated toolkit for computational modelling software

artículo científico publicado en 2010

BioModels: expanding horizons to include more modelling approaches and formats

artículo científico publicado en 2017

BioModels: ten-year anniversary

artículo científico publicado en 2015

Brain nicotinic receptors: structure and regulation, role in learning and reinforcement

scholarly article by Jean-Pierre Changeux et al published May 1998 in Brain Research Reviews

Brownian diffusion of AMPA receptors is sufficient to explain fast onset of LTP.

artículo científico publicado en 2010

COMBINE Archive Specification Version 1.

artículo científico publicado en 2015

COMBINE and MIRIAM Registry

COMBINE archive and OMEX format: one file to share all information to reproduce a modeling project

artículo científico publicado en 2014

COMBINE – What it is, what it could be

COMBINE – a vision

Calcium input frequency, duration and amplitude differentially modulate the relative activation of calcineurin and CaMKII

artículo científico publicado en 2012

CellML2SBML: conversion of CellML into SBML.

artículo científico

Community-driven roadmap for integrated disease maps

artículo científico publicado en 2018

Comparative models of P2X2 receptor support inter-subunit ATP-binding sites

artículo científico publicado en 2008

Computing phenomenologic Adair-Klotz constants from microscopic MWC parameters

artículo científico publicado en 2009

Conformational spread in a ring of proteins: a stochastic approach to allostery

artículo científico publicado en 2001

Control of neurulation by the nucleosome assembly protein-1-like 2.

artículo científico publicado en 2000

Controlled annotations for systems biology

artículo científico

Controlled vocabularies and semantics in systems biology

artículo científico publicado en 2011

Cooperative binding

artículo científico publicado en 2013

Cooperativity of Allosteric Receptors ⬇️

artículo científico publicado el 21 de marzo de 2013

Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

correction; published 7 December 2010

Curation and annotation for BioModels Database, a resource of published quantitative kinetic models

DARPP-32 is a robust integrator of dopamine and glutamate signals

artículo científico publicado en 2006

DARPP-32: molecular integration of phosphorylation potential.

artículo científico publicado en 2008

Delivering 'Cool URIs' That Do Not Change ⬇️

Designing and encoding models for synthetic biology

scientific article published on April 2009

Diversity and distribution of nicotinic acetylcholine receptors in the locus ceruleus neurons.

artículo científico publicado en 1999

Do genome-scale models need exact solvers or clearer standards?

artículo científico publicado en 2015

Dynamic modelling suggests differential mechanisms for initiation of non-selective autophagy and mitophagy

Enabling surface dependent diffusion in spatial simulations using Smoldyn

artículo científico publicado en 2015

Erratum: Corrigendum: The BioPAX community standard for pathway data sharing

scholarly article published in Nature Biotechnology

Erratum: The Systems Biology Graphical Notation

scholarly article published in Nature Biotechnology

Experimentally based model of a complex between a snake toxin and the alpha 7 nicotinic receptor

artículo científico publicado en 2002

Finding our way through phenotypes

artículo científico publicado en 2015

Harmonizing semantic annotations for computational models in biology

Host lipidome analysis during rhinovirus replication in HBECs identifies potential therapeutic targets

artículo científico publicado en 2018

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers for the 21st century: How to design, provision, and reuse persistent identifiers to maximize utility and impact of life science data

artículo científico publicado en 2017

Identifiers.org and MIRIAM Registry: community resources to provide persistent identification

artículo científico publicado en 2012

Identifiers.org/MIRIAM Registry annotation and cross-referencing framework

Integration of biochemical and electrical signaling-multiscale model of the medium spiny neuron of the striatum

artículo científico publicado en 2013

Involvement of alpha6 nicotinic receptor subunit in nicotine-elicited locomotion, demonstrated by in vivo antisense oligonucleotide infusion

artículo científico publicado en 1999

JSBML: a flexible Java library for working with SBML.

artículo científico publicado en 2011

JSBML: a flexible and entirely Java-based library for working with SBML

JSBML: a flexible and entirely Java-based library for working with SBML

Kinetic Simulation Algorithm Ontology

scholarly article

LGICdb: a manually curated sequence database after the genomes

artículo científico publicado en 2006

LGICdb: the ligand-gated ion channel database

artículo científico publicado en 2001

LibKiSAO: a Java library for Querying KiSAO.

artículo científico publicado en 2012

Ligand depletion in vivo modulates the dynamic range and cooperativity of signal transduction.

artículo científico publicado en 2010

Ligand-dependent opening of the multiple AMPA receptor conductance states: a concerted model ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Localization of [3H]nicotine, [3H]cytisine, [3H]epibatidine, and [125I]alpha-bungarotoxin binding sites in the brain of Macaca mulatta

artículo científico publicado en 2003

Localization of nAChR subunit mRNAs in the brain of Macaca mulatta

artículo científico publicado en 2000

Looking inside the box: bacterial transistor arrays

artículo científico publicado en 2008

MELTING, a flexible platform to predict the melting temperatures of nucleic acids

artículo científico publicado en 2012

MELTING, computing the melting temperature of nucleic acid duplex

artículo científico publicado en 2001

MIRIAM Resources: a robust annotation and cross referencing framework

MIRIAM Resources: tools to generate and resolve robust cross-references in Systems Biology

artículo científico publicado en 2007

Mathematical Models of Pluripotent Stem Cells: At the Dawn of Predictive Regenerative Medicine

artículo científico

Meeting report from the first meetings of the Computational Modeling in Biology Network (COMBINE).

artículo científico publicado en 2011

Meeting report from the fourth meeting of the Computational Modeling in Biology Network (COMBINE)

article by Dagmar Waltemath et al published 15 March 2014 in Standards in genomic sciences

Memote: A community-driven effort towards a standardized genome-scale metabolic model test suite

Meredys, a multi-compartment reaction-diffusion simulator using multistate realistic molecular complexes

artículo científico publicado en 2010

Minimum Information About a Simulation Experiment (MIASE)

artículo científico publicado en 2011

Minimum information requested in the annotation of biochemical models (MIRIAM)

artículo científico publicado en 2005

Model storage, exchange and integration

artículo científico publicado en 2006

Modeling Meets Metabolomics-The WormJam Consensus Model as Basis for Metabolic Studies in the Model Organism ⬇️

article

Models of the extracellular domain of the nicotinic receptors and of agonist- and Ca2+-binding sites

artículo científico publicado en 2002

Modulation of calmodulin lobes by different targets: an allosteric model with hemiconcerted conformational transitions ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Multi-Omics and Genome-Scale Modeling Reveal a Metabolic Shift During C. elegans Aging

scientific article published on 06 February 2019

Neurogranin stimulates Ca2+/calmodulin-dependent kinase II by suppressing calcineurin activity at specific calcium spike frequencies

scientific article published on 12 February 2020

Neurological disease: are systems approaches the way forward?

scientific article published on September 2008

Neuronvisio: A Graphical User Interface with 3D Capabilities for NEURON ⬇️

artículo científico publicado el 6 de junio de 2012

New Otx2 mRNA isoforms expressed in the mouse brain

artículo científico publicado en 2003

Nicotinic receptors at the amino acid level

artículo científico publicado en 2000

Normal mode analysis suggests a quaternary twist model for the nicotinic receptor gating mechanism

artículo científico publicado en 2005

Novel pharmacological targets for the treatment of Parkinson's disease

artículo científico publicado en 2006

PTEN Regulates PI(3,4)P2 Signaling Downstream of Class I PI3K.

artículo científico publicado en 2017

Particle-Based Stochastic Simulation in Systems Biology

Path2Models: large-scale generation of computational models from biochemical pathway maps

artículo científico publicado en 2013

Perturbations of PIP3 signalling trigger a global remodelling of mRNA landscape and reveal a transcriptional feedback loop.

artículo científico publicado en 2015

Promoting Coordinated Development of Community-Based Information Standards for Modeling in Biology: The COMBINE Initiative

artículo científico publicado en 2015

Promoting coherent minimum reporting guidelines for biological and biomedical investigations: the MIBBI project

artículo científico publicado en 2008

Qualitative translation of relations from BioPAX to SBML qual

artículo científico publicado en 2012

Quantitative and logic modelling of molecular and gene networks

artículo científico publicado en 2015

Quick tips for creating effective and impactful biological pathways using the Systems Biology Graphical Notation.

artículo científico publicado en 2018

Ranked retrieval of Computational Biology models

artículo científico publicado en 2010

Rational understanding of nicotinic receptors drug binding

artículo científico publicado en 2004

Reciprocal regulation of ARPP-16 by PKA and MAST3 kinases provides a cAMP-regulated switch in protein phosphatase 2A inhibition

artículo científico publicado en 2017

Reproducible computational biology experiments with SED-ML--the Simulation Experiment Description Markup Language

artículo científico publicado en 2011

Retrieval, alignment, and clustering of computational models based on semantic annotations

artículo científico

SBML Level 3 Package Proposal: Annotation

SBML Level 3 package: Qualitative Models, Version 1, Release 1.

artículo científico publicado en 2015

SBML Models and MathSBML

SBML qualitative models: a model representation format and infrastructure to foster interactions between qualitative modelling formalisms and tools

artículo científico publicado en 2013

SBMLeditor: effective creation of models in the Systems Biology Markup language (SBML)

artículo científico publicado en 2007

SBOL Visual: A Graphical Language for Genetic Designs

artículo científico publicado en 2015

SBpipe: a collection of pipelines for automating repetitive simulation and analysis tasks

article published in 2017

SBpipe: a collection of pipelines for automating repetitive simulation and analysis tasks

artículo científico publicado en 2017

SPARQL-enabled identifier conversion with Identifiers.org

artículo científico publicado en 2015

STOCHSIM: modelling of stochastic biomolecular processes

artículo científico publicado en 2001

Schizophrenic: forever young?

artículo científico publicado en 2010

Significance of stroma in biology of oral squamous cell carcinoma.

artículo científico publicado en 2017

Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 2.

artículo científico publicado en 2015

Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 2.

artículo científico

Simulation Experiment Description Markup Language (SED-ML) Level 1 Version 3 (L1V3). ⬇️

artículo científico publicado en 2018

Software support for SBGN maps: SBGN-ML and LibSBGN.

artículo científico publicado en 2012

Software that goes with the flow in systems biology

artículo científico publicado en 2010

Some thoughts about the future of SBML

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology

artículo científico publicado en 2015

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology

artículo científico

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology: Status and Developments in 2016.

artículo científico publicado en 2016

Specifications of Standards in Systems and Synthetic Biology: Status and Developments in 2016.

artículo científico publicado en 2016

Structural analysis and stochastic modelling suggest a mechanism for calmodulin trapping by CaMKII

artículo científico publicado en 2012

Structure, function, and behaviour of computational models in systems biology

artículo científico publicado en 2013

Subunit composition of functional nicotinic receptors in dopaminergic neurons investigated with knock-out mice

scientific journal article

Supporting SBML as a model exchange format in software applications

artículo científico publicado en 2013

SynSysNet: integration of experimental data on synaptic protein-protein interactions with drug-target relations

artículo científico publicado en 2012

SysBioMed report: advancing systems biology for medical applications.

artículo científico

Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1 Version 1.2.

artículo científico publicado en 2015

Systems Biology Graphical Notation: Activity Flow language Level 1 Version 1.2.

artículo científico

Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1

Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1

Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1 Version 2.

artículo científico publicado en 2015

Systems Biology Graphical Notation: Entity Relationship language Level 1 Version 2.

artículo científico

Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1

Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1 Version 1.3.

artículo científico publicado en 2015

Systems Biology Graphical Notation: Process Description language Level 1 Version 1.3.

artículo científico

Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2 Version 5: Structures and Facilities for Model Definitions

Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2 Version 5: Structures and Facilities for Model Definitions

artículo científico publicado en 2015

Systems Biology Markup Language (SBML) Level 2: Structures and Facilities for Model Definitions

Systems medicine disease maps: community-driven comprehensive representation of disease mechanisms.

artículo científico publicado en 2018

The BioPAX community standard for pathway data sharing

artículo científico publicado en 2010

The EBI RDF platform: linked open data for the life sciences

artículo científico publicado en 2014

The Ligand Gated Ion Channel Database

artículo científico publicado en 1999

The Molecular Pages of the mesotelencephalic dopamine consortium (DopaNet)

artículo científico publicado en 2004

The Systems Biology Markup Language (SBML) Level 3 Package: Qualitative Models, Version 1, Release 1.

artículo científico

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 1 Core

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core Release 2

artículo científico publicado en 2019

The Systems Biology Markup Language (SBML): Language Specification for Level 3 Version 2 Core.

artículo científico publicado en 2018

The diversity of subunit composition in nAChRs: evolutionary origins, physiologic and pharmacologic consequences

artículo científico publicado en 2002

The evolution of standards and data management practices in systems biology

artículo científico publicado en 2015

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

article published in 2016

The health care and life sciences community profile for dataset descriptions

artículo científico publicado en 2016

The impact of mathematical modeling on the understanding of diabetes and related complications

artículo científico publicado en 2013

The long journey to a Systems Biology of neuronal function

artículo científico publicado en 2007

The systems biology format converter

artículo científico publicado en 2016

The systems biology markup language (SBML): a medium for representation and exchange of biochemical network models

artículo científico publicado en 2003

The systems biology simulation core algorithm

artículo científico publicado en 2013

Tia1 dependent regulation of mRNA subcellular location and translation controls p53 expression in B cells.

artículo científico publicado en 2017

Towards the collaborative curation of the registry underlying Identifiers.org

artículo científico publicado en 2013

Using chemical kinetics to model biochemical pathways

artículo científico publicado en 2013

WormJam: A consensus C. elegans Metabolic Reconstruction and Metabolomics Community and Workshop Series

artículo científico publicado en 2017

“Big Data” in neuroscience: open door to a more comprehensive and translational research

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