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Lista de obras de Tamar Schlick

"Gate-keeper" residues and active-site rearrangements in DNA polymerase μ help discriminate non-cognate nucleotides

artículo científico publicado en 2013

A Hoogsteen base pair embedded in undistorted B-DNA.

artículo científico publicado en 2002

A computational proposal for designing structured RNA pools for in vitro selection of RNAs

artículo científico publicado en 2007

A computational screen for C/D box snoRNAs in the human genomic region associated with Prader-Willi and Angelman syndromes

artículo científico publicado en 2008

A new program for optimizing periodic boundary models of solvated biomolecules (PBCAID).

artículo científico publicado en 2001

A new toolkit for modeling RNA from a pseudo-torsional space: commentary on "discrete RNA libraries from pseudo-torsional space" by Humphris-Narayanan and Pyle (J. Mol. Biol. March 2012).

artículo científico publicado en 2012

A pipeline for computational design of novel RNA-like topologies.

artículo científico publicado en 2018

A quantum mechanical investigation of possible mechanisms for the nucleotidyl transfer reaction catalyzed by DNA polymerase beta

artículo científico publicado en 2007

A tale of tails: how histone tails mediate chromatin compaction in different salt and linker histone environments

artículo científico publicado en 2009

ANERGY TO SYNERGY-THE ENERGY FUELING THE RXCOVEA FRAMEWORK

artículo científico publicado en 2020

Adventures with RNA graphs.

artículo científico publicado en 2018

Algorithm 702: TNPACK–a truncated Newton minimization package for large-scale problems

artículo científico publicado en 2002

An extended dual graph library and partitioning algorithm applicable to pseudoknotted RNA structures

artículo científico publicado en 2019

Analysis of four-way junctions in RNA structures

artículo científico publicado en 2009

Analysis of protein sequence/structure similarity relationships

artículo científico publicado en 2002

Analysis of riboswitch structure and function by an energy landscape framework

artículo científico publicado en 2009

Annotation of tertiary interactions in RNA structures reveals variations and correlations

artículo científico publicado en 2008

Biomolecular free energy profiles by a shooting/umbrella sampling protocol, "BOLAS"

artículo científico publicado en 2004

Biomolecularmodeling and simulation: a field coming of age.

artículo científico publicado en 2011

Buckling transitions in superhelical DNA: dependence on the elastic constants and DNA size

artículo científico publicado en 1997

CHSalign: A Web Server That Builds upon Junction-Explorer and RNAJAG for Pairwise Alignment of RNA Secondary Structures with Coaxial Helical Stacking

artículo científico publicado en 2016

Candidate RNA structures for domain 3 of the foot-and-mouth-disease virus internal ribosome entry site

artículo científico publicado en 2012

Candidates for novel RNA topologies

artículo científico publicado en 2004

Challenges in RNA Structural Modeling and Design

artículo científico publicado en 2016

Chromatin Fiber Folding Directed by Cooperative Histone Tail Acetylation and Linker Histone Binding

artículo científico publicado en 2018

Chromatin Unfolding by Epigenetic Modifications Explained by Dramatic Impairment of Internucleosome Interactions: A Multiscale Computational Study

artículo científico publicado en 2015

Chromatin fiber polymorphism triggered by variations of DNA linker lengths

artículo científico publicado en 2014

Chromatin ionic atmosphere analyzed by a mesoscale electrostatic approach

artículo científico publicado en 2010

Cohesin Loss Eliminates All Loop Domains

artículo científico publicado en 2017

Computational approaches to 3D modeling of RNA.

scientific article published on 15 June 2010

Computational approaches to RNA structure prediction, analysis, and design

artículo científico publicado en 2011

Computational generation and screening of RNA motifs in large nucleotide sequence pools

artículo científico publicado en 2010

Computational modeling predicts the structure and dynamics of chromatin fiber

artículo científico publicado en 2001

Computational prediction of riboswitch tertiary structures including pseudoknots by RAGTOP: a hierarchical graph sampling approach

artículo científico publicado en 2015

Computational strategies to address chromatin structure problems.

artículo científico publicado en 2016

Configurational transitions in Fourier series-represented DNA supercoils

artículo científico publicado en 1997

Conformational transition pathway of polymerase beta/DNA upon binding correct incoming substrate

artículo científico publicado en 2005

Constructing irregular surfaces to enclose macromolecular complexes for mesoscale modeling using the discrete surface charge optimization (DISCO) algorithm

artículo científico publicado en 2003

Correct and incorrect nucleotide incorporation pathways in DNA polymerase beta

artículo científico publicado en 2006

Correlation among DNA Linker Length, Linker Histone Concentration, and Histone Tails in Chromatin.

artículo científico publicado en 2016

Critical role of magnesium ions in DNA polymerase beta's closing and active site assembly

artículo científico publicado en 2004

Crucial role of dynamic linker histone binding and divalent ions for DNA accessibility and gene regulation revealed by mesoscale modeling of oligonucleosomes

artículo científico publicado en 2012

DNA pol λ's extraordinary ability to stabilize misaligned DNA.

artículo científico publicado en 2010

DNA polymerase beta catalysis: are different mechanisms possible?

artículo científico publicado en 2007

Deformations of promoter DNA bound to carcinogens help interpret effects on TATA-element structure and activity

artículo científico publicado en 2004

Dependence of the Linker Histone and Chromatin Condensation on the Nucleosome Environment.

artículo científico publicado en 2017

Differing conformational pathways before and after chemistry for insertion of dATP versus dCTP opposite 8-oxoG in DNA polymerase beta

artículo científico publicado en 2007

Distinct energetics and closing pathways for DNA polymerase beta with 8-oxoG template and different incoming nucleotides

artículo científico publicado en 2007

Dual Graph Partitioning Highlights a Small Group of Pseudoknot-Containing RNA Submotifs

scientific article published on 25 July 2018

Dynamic condensation of linker histone C-terminal domain regulates chromatin structure.

artículo científico publicado en 2014

Dynamic energy landscapes of riboswitches help interpret conformational rearrangements and function

artículo científico publicado en 2012

Effect of DNA superhelicity and bound proteins on mechanistic aspects of the Hin-mediated and Fis-enhanced inversion

artículo científico publicado en 2003

Efficient global biopolymer sampling with end-transfer configurational bias Monte Carlo

artículo científico publicado en 2007

Electrostatic mechanism of nucleosomal array folding revealed by computer simulation

artículo científico publicado en 2005

Emergence of chromatin hierarchical loops from protein disorder and nucleosome asymmetry

artículo científico publicado en 2020

Engineering teams up with computer-simulation and visualization tools to probe biomolecular mechanisms

artículo científico publicado en 2003

Estimating the fraction of non-coding RNAs in mammalian transcriptomes.

artículo científico publicado en 2008

Evidence for heteromorphic chromatin fibers from analysis of nucleosome interactions

artículo científico publicado en 2009

Exploring the repertoire of RNA secondary motifs using graph theory; implications for RNA design

artículo científico publicado en 2003

F-RAG: Generating Atomic Coordinates from RNA Graphs by Fragment Assembly

artículo científico publicado en 2017

Fidelity discrimination in DNA polymerase beta: differing closing profiles for a mismatched (G:A) versus matched (G:C) base pair

artículo científico publicado en 2005

Flexible histone tails in a new mesoscopic oligonucleosome model

artículo científico publicado en 2006

Forced unraveling of chromatin fibers with nonuniform linker DNA lengths

artículo científico publicado en 2015

Graph-based sampling for approximating global helical topologies of RNA.

artículo científico publicado en 2014

Hierarchical looping of zigzag nucleosome chains in metaphase chromosomes

artículo científico publicado en 2016

Highly organized but pliant active site of DNA polymerase beta: compensatory mechanisms in mutant enzymes revealed by dynamics simulations and energy analyses.

artículo científico publicado en 2004

How DNA polymerase X preferentially accommodates incoming dATP opposite 8-oxoguanine on the template

artículo científico publicado en 2013

Identification of novel RNA design candidates by clustering the extended RNA-As-Graphs library

scientific article published on 16 January 2020

In silico evidence for DNA polymerase-beta's substrate-induced conformational change

artículo científico publicado en 2004

In silico studies of the African swine fever virus DNA polymerase X support an induced-fit mechanism

artículo científico publicado en 2005

In vitro RNA random pools are not structurally diverse: a computational analysis

artículo científico publicado en 2005

Inherent speedup limitations in multiple time step/particle mesh Ewald algorithms

artículo científico publicado en 2003

Insertion of oxidized nucleotide triggers rapid DNA polymerase opening

artículo científico publicado en 2016

Insights into chromatin fibre structure by in vitro and in silico single-molecule stretching experiments

artículo científico publicado en 2013

Interconversion between parallel and antiparallel conformations of a 4H RNA junction in domain 3 of foot-and-mouth disease virus IRES captured by dynamics simulations

artículo científico publicado en 2014

Inverse folding with RNA-As-Graphs produces a large pool of candidate sequences with target topologies

artículo científico publicado en 2019

Kilobase Pair Chromatin Fiber Contacts Promoted by Living-System-Like DNA Linker Length Distributions and Nucleosome Depletion

artículo científico publicado en 2017

Lattice protein folding with two and four-body statistical potentials.

artículo científico publicado en 2001

Linking Chromatin Fibers to Gene Folding by Hierarchical Looping

artículo científico publicado en 2017

Local deformations revealed by dynamics simulations of DNA polymerase Beta with DNA mismatches at the primer terminus

artículo científico publicado en 2002

Mathematical and Biological Scientists Assess the State of the Art in RNA Science at an IMA Workshop, RNA in Biology, Bioengineering, and Biotechnology

artículo científico publicado en 2010

Mesoscale Modeling Reveals Hierarchical Looping of Chromatin Fibers Near Gene Regulatory Elements.

artículo científico publicado en 2016

Mesoscale Modeling and Single-Nucleosome Tracking Reveal Remodeling of Clutch Folding and Dynamics in Stem Cell Differentiation

artículo científico publicado en 2021

Mesoscale Modeling of Nucleosome-Binding Antibody PL2-6: Mono- versus Bivalent Chromatin Complexes

scientific article published on 22 August 2019

Mesoscale modeling reveals formation of an epigenetically driven HOXC gene hub

artículo científico publicado en 2019

Mesoscale simulations of two nucleosome-repeat length oligonucleosomes

artículo científico

Mismatch-induced conformational distortions in polymerase beta support an induced-fit mechanism for fidelity.

artículo científico publicado en 2005

Mismatched base-pair simulations for ASFV Pol X/DNA complexes help interpret frequent G*G misincorporation

artículo científico publicado en 2008

Modeling DNA polymerase μ motions: subtle transitions before chemistry

artículo científico publicado en 2010

Modeling studies of chromatin fiber structure as a function of DNA linker length.

artículo científico publicado en 2010

Modeling superhelical DNA: recent analytical and dynamic approaches.

artículo científico publicado en 1995

Modified Cholesky Factorizations for Sparse Preconditioners

scientific article published in 1993

Modular RNA architecture revealed by computational analysis of existing pseudoknots and ribosomal RNAs

artículo científico publicado en 2005

Molecular dynamics-based approaches for enhanced sampling of long-time, large-scale conformational changes in biomolecules ⬇️

artículo científico publicado el 8 de julio de 2009

Monte Carlo, harmonic approximation, and coarse-graining approaches for enhanced sampling of biomolecular structure ⬇️

artículo científico publicado el 29 de junio de 2009

Multiscale Genome Organization: Dazzling Subject and Inventive Methods

scientific article published on 16 April 2020

Network Theory Tools for RNA Modeling

artículo científico publicado en 2013

Nucleosome clutches are regulated by chromatin internal parameters

scientific article published on 09 November 2020

Opportunities and Challenges in RNA Structural Modeling and Design

artículo científico publicado en 2017

Optimal and variant metal-ion routes in DNA polymerase β's conformational pathways

artículo científico publicado en 2014

Orchestration of cooperative events in DNA synthesis and repair mechanism unraveled by transition path sampling of DNA polymerase beta's closing

scholarly article

Partitioning and Classification of RNA Secondary Structures into Pseudonotted and Pseudoknot-free Regions Using a Graph-Theoretical Approach

artículo científico publicado en 2017

Perspective: pre-chemistry conformational changes in DNA polymerase mechanisms

artículo científico publicado en 2012

Polymerase beta simulations suggest that Arg258 rotation is a slow step rather than large subdomain motions per se.

artículo científico publicado en 2002

Predicting Large RNA-Like Topologies by a Knowledge-Based Clustering Approach

artículo científico publicado en 2015

Predicting candidate genomic sequences that correspond to synthetic functional RNA motifs

artículo científico publicado en 2005

Predicting coaxial helical stacking in RNA junctions

artículo científico publicado en 2011

Predicting helical topologies in RNA junctions as tree graphs

artículo científico publicado en 2013

Quantum mechanics/molecular mechanics investigation of the chemical reaction in Dpo4 reveals water-dependent pathways and requirements for active site reorganization

artículo científico publicado en 2008

RAG-3D: a search tool for RNA 3D substructures

artículo científico publicado en 2015

RAG-Web: RNA structure prediction/design using RNA-As-Graphs

artículo científico publicado en 2020

RAG: RNA-As-Graphs database--concepts, analysis, and features

artículo científico publicado en 2004

RAG: RNA-As-Graphs web resource

artículo científico publicado en 2004

RAG: an update to the RNA-As-Graphs resource

artículo científico publicado en 2011

RNA Structural Variability and Functional Versatility Challenge RNA Structural Modeling and Design

artículo científico publicado en 2017

RNA graph partitioning for the discovery of RNA modularity: a novel application of graph partition algorithm to biology

artículo científico publicado en 2014

RagPools: RNA-As-Graph-Pools--a web server for assisting the design of structured RNA pools for in vitro selection

artículo científico publicado en 2007

Regulation of DNA repair fidelity by molecular checkpoints: "gates" in DNA polymerase beta's substrate selection

artículo científico publicado en 2006

Relationship between conformational changes in pol lambda's active site upon binding incorrect nucleotides and mismatch incorporation rates

artículo científico publicado en 2009

Remark on Algorithm 566

artículo científico publicado en 2002

Remark on Algorithm 702—the updated truncated Newton minimization package

artículo científico publicado en 2002

Role of histone tails in chromatin folding revealed by a mesoscopic oligonucleosome model

artículo científico publicado en 2006

Scaling molecular dynamics beyond 100,000 processor cores for large-scale biophysical simulations

scientific article published on 17 April 2019

Sensitive effect of linker histone binding mode and subtype on chromatin condensation.

artículo científico publicado en 2019

Sequence-dependent solution structure and motions of 13 TATA/TBP (TATA-box binding protein) complexes

artículo científico publicado en 2003

Sequential side-chain residue motions transform the binary into the ternary state of DNA polymerase lambda

artículo científico publicado en 2006

Simulations of DNA pol lambda R517 mutants indicate 517's crucial role in ternary complex stability and suggest DNA slippage origin

artículo científico publicado en 2008

Stereochemistry and position-dependent effects of carcinogens on TATA/TBP binding

artículo científico publicado en 2005

Structural motifs in ribosomal RNAs: implications for RNA design and genomics

artículo científico publicado en 2004

Structure-Altering Mutations of the SARS-CoV-2 Frame Shifting RNA Element

scientific article published on 30 August 2020

Structure-Altering Mutations of the SARS-CoV-2 Frame Shifting RNA Element

artículo científico publicado en 2020

Substrate-induced DNA strand misalignment during catalytic cycling by DNA polymerase λ

artículo científico publicado en 2008

Subtle but variable conformational rearrangements in the replication cycle of Sulfolobus solfataricus P2 DNA polymerase IV (Dpo4) may accommodate lesion bypass

artículo científico publicado en 2005

Supercoiled DNA energetics and dynamics by computer simulation

artículo científico publicado en 1992

TNPACK—A truncated Newton minimization package for large-scale problems

artículo científico publicado en 2002

TNPACK—a truncated Newton minimization package for large-scale problems

artículo científico publicado en 2002

Tertiary motifs revealed in analyses of higher-order RNA junctions

artículo científico

The chromatin fiber: multiscale problems and approaches

artículo científico publicado en 2015

The effect of linker histone's nucleosome binding affinity on chromatin unfolding mechanisms.

artículo científico publicado en 2011

The influence of salt on the structure and energetics of supercoiled DNA

artículo científico publicado en 1994

The loop opening/closing motion of the enzyme triosephosphate isomerase

artículo científico publicado en 1998

Time-trimming tricks for dynamic simulations: splitting force updates to reduce computational work

artículo científico publicado en 2001

To Knot or Not to Knot: Multiple Conformations of the SARS-CoV-2 Frameshifting RNA Element

artículo científico publicado en 2021

Toward convergence of experimental studies and theoretical modeling of the chromatin fiber

artículo científico publicado en 2012

Trefoil knotting revealed by molecular dynamics simulations of supercoiled DNA

artículo científico publicado el 21 de agosto de 1992

Unbiased rotational moves for rigid-body dynamics

artículo científico publicado en 2003

Uncovering the polymerase-induced cytotoxicity of an oxidized nucleotide

artículo científico publicado en 2014

Unfavorable Electrostatic and Steric Interactions in DNA Polymerase β E295K Mutant Interfere with the Enzyme’s Pathway

artículo científico publicado en 2012

Unraveling Genome Biophysics

artículo científico publicado en 2017

Using sequence signatures and kink-turn motifs in knowledge-based statistical potentials for RNA structure prediction

artículo científico publicado en 2017

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