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Lista de obras de Linda Petzold

A framework for discrete stochastic simulation on 3D moving boundary domains

artículo científico publicado en 2016

A neuropeptide speeds circadian entrainment by reducing intercellular synchrony.

artículo científico publicado en 2013

A top-down approach to mechanistic biological modeling: application to the single-chain antibody folding pathway

artículo científico publicado en 2008

Accelerated maximum likelihood parameter estimation for stochastic biochemical systems ⬇️

artículo científico publicado el 1 de mayo de 2012

Accelerated stochastic simulation of the stiff enzyme-substrate reaction

artículo científico publicado en 2005

Accuracy of the Michaelis-Menten approximation when analysing effects of molecular noise

artículo científico publicado en 2015

Adaptive deployment of model reductions for tau-leaping simulation

artículo científico publicado en 2015

Adaptive explicit-implicit tau-leaping method with automatic tau selection

artículo científico publicado en 2007

Algorithms and software for stochastic simulation of biochemical reacting systems

artículo científico publicado en 2007

Automated estimation of rare event probabilities in biochemical systems ⬇️

artículo científico publicado el 28 de enero de 2011

Automatic and portable cloud deployment for scientific simulations

Automatic identification of model reductions for discrete stochastic simulation ⬇️

artículo científico publicado el 21 de julio de 2012

Avoiding negative populations in explicit Poisson tau-leaping

artículo científico publicado en 2005

BiP clustering facilitates protein folding in the endoplasmic reticulum

artículo científico publicado en 2014

Computational model of tranexamic acid on urokinase mediated fibrinolysis

scientific article published on 26 May 2020

Confidence from uncertainty--a multi-target drug screening method from robust control theory

artículo científico publicado en 2010

Control over single-cell distribution of G1 lengths by WNT governs pluripotency

artículo científico publicado en 2019

Core modular blood and brain biomarkers in social defeat mouse model for post traumatic stress disorder

artículo científico publicado en 2013

Core module biomarker identification with network exploration for breast cancer metastasis ⬇️

artículo científico publicado el 18 de enero de 2012

Effect of reactant size on discrete stochastic chemical kinetics

artículo científico publicado en 2007

Efficient formulation of the stochastic simulation algorithm for chemically reacting systems

artículo científico publicado en 2004

Efficient step size selection for the tau-leaping simulation method

artículo científico publicado en 2006

Functional network inference of the suprachiasmatic nucleus

artículo científico publicado en 2016

GillesPy: A Python Package for Stochastic Model Building and Simulation

artículo científico publicado en 2016

Identification of dynamic mass-action biochemical reaction networks using sparse Bayesian methods

artículo científico publicado en 2022

Local error estimates for adaptive simulation of the Reaction-Diffusion Master Equation via operator splitting

artículo científico publicado en 2014

MOLNs: A CLOUD PLATFORM FOR INTERACTIVE, REPRODUCIBLE, AND SCALABLE SPATIAL STOCHASTIC COMPUTATIONAL EXPERIMENTS IN SYSTEMS BIOLOGY USING PyURDME.

artículo científico publicado en 2016

Macromolecular Crowding Regulates the Gene Expression Profile by Limiting Diffusion

artículo científico publicado en 2016

Mechanical feedback coordinates cell wall expansion and assembly in yeast mating morphogenesis.

artículo científico publicado en 2018

Mesoscopic-microscopic spatial stochastic simulation with automatic system partitioning.

artículo científico publicado en 2017

Michaelis–Menten speeds up tau-leaping under a wide range of conditions ⬇️

artículo científico publicado el 7 de abril de 2011

On the Inference of Functional Circadian Networks Using Granger Causality

artículo científico publicado en 2015

Ontogeny of circadian rhythms and synchrony in the suprachiasmatic nucleus

artículo científico publicado en 2017

Oscillator model reduction preserving the phase response: application to the circadian clock

artículo científico publicado en 2008

Perspective: Stochastic algorithms for chemical kinetics

artículo científico publicado en 2013

Reaction rates for a generalized reaction-diffusion master equation ⬇️

artículo científico publicado en 2016

Reaction rates for mesoscopic reaction-diffusion kinetics ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Reaction rates for reaction-diffusion kinetics on unstructured meshes ⬇️

artículo científico publicado en 2017

Reaction-diffusion master equation in the microscopic limit ⬇️

artículo científico publicado el 3 de abril de 2012

Reducing Complexity in Management of eScience Computations

Refining the weighted stochastic simulation algorithm

artículo científico publicado en 2009

Sensitivity Measures for Oscillating Systems: Application to Mammalian Circadian Gene Network

scientific article published on January 2008

Sensitivity analysis of discrete stochastic systems

artículo científico publicado en 2005

Spatial Stochastic Dynamics Enable Robust Cell Polarization ⬇️

artículo científico publicado el 25 de julio de 2013

State-dependent biasing method for importance sampling in the weighted stochastic simulation algorithm. ⬇️

artículo científico publicado en 2010

State-dependent doubly weighted stochastic simulation algorithm for automatic characterization of stochastic biochemical rare events.

artículo científico publicado en 2011

Stiffness in stochastic chemically reacting systems: The implicit tau-leaping method

article by Muruhan Rathinam et al published 22 December 2003 in Journal of Chemical Physics

StochKit2: software for discrete stochastic simulation of biochemical systems with events ⬇️

artículo científico publicado el 4 de julio de 2011

Stochastic Simulation Service: Bridging the Gap between the Computational Expert and the Biologist

artículo científico publicado en 2016

Synchrony and entrainment properties of robust circadian oscillators

artículo científico publicado en 2008

Systems biology approach to understanding post-traumatic stress disorder

artículo científico publicado en 2015

The Role of Chromatin Density in Cell Population Heterogeneity during Stem Cell Differentiation

artículo científico publicado en 2017

The Time Dependent Propensity Function for Acceleration of Spatial Stochastic Simulation of Reaction-Diffusion Systems.

artículo científico publicado en 2014

The diffusive finite state projection algorithm for efficient simulation of the stochastic reaction-diffusion master equation

artículo científico publicado en 2010

The effect of cell geometry on polarization in budding yeast.

artículo científico publicado en 2018

The multinomial simulation algorithm for discrete stochastic simulation of reaction-diffusion systems

artículo científico publicado en 2009

The numerical stability of leaping methods for stochastic simulation of chemically reacting systems

artículo científico publicado en 2004

The role of dimerisation and nuclear transport in the Hes1 gene regulatory network

artículo científico publicado en 2013

The slow-scale stochastic simulation algorithm.

artículo científico publicado en 2005

The subtle business of model reduction for stochastic chemical kinetics

artículo científico publicado en 2009

Using stochastic epidemiological models to evaluate conservation strategies for endangered amphibians

artículo científico publicado en 2017

Validation data for a hybrid smoothed dissipative particle dynamics (SDPD) spatial stochastic simulation algorithm (sSSA) method

Validity conditions for stochastic chemical kinetics in diffusion-limited systems

artículo científico

Velocity response curves support the role of continuous entrainment in circadian clocks

artículo científico publicado en 2010

WAVOS: a MATLAB toolkit for wavelet analysis and visualization of oscillatory systems ⬇️

artículo científico publicado el 26 de marzo de 2012

Wavelet measurement suggests cause of period instability in mammalian circadian neurons

artículo científico publicado en 2011

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