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Lista de obras de Klaus Schulten

A Biomagnetic Sensory Mechanism Based on Magnetic Field Modulated Coherent Electron Spin Motion

scientific article published in 1978

A Unique Sugar-binding Site Mediates the Distinct Anti-influenza Activity of Pig Surfactant Protein D

artículo científico publicado en 2012

A central cavity within the holo-translocon suggests a mechanism for membrane protein insertion

artículo científico publicado en 2016

A computational kinetic model of diffusion for molecular systems

artículo científico publicado en 2013

A glycophorin A-like framework for the dimerization of photosynthetic core complexes

artículo científico publicado en 2009

A highly tilted membrane configuration for the prefusion state of synaptobrevin

artículo científico publicado en 2014

A structural mechanism for MscS gating in lipid bilayers

artículo científico publicado en 2008

A structural model for force regulated integrin binding to fibronectin's RGD-synergy site

artículo científico publicado en 2002

A structural model of the active ribosome-bound membrane protein insertase YidC

artículo científico publicado en 2014

A time course of orchestrated endophilin action in sensing, bending, and stabilizing curved membranes

artículo científico publicado en 2016

ATP hydrolysis in the betaTP and betaDP catalytic sites of F1-ATPase

artículo científico publicado en 2004

Accelerating molecular modeling applications with graphics processors

artículo científico publicado en 2007

Acuity of a cryptochrome and vision-based magnetoreception system in birds

artículo científico publicado en 2010

Adaptive Multilevel Splitting Method for Molecular Dynamics Calculation of Benzamidine-Trypsin Dissociation Time

artículo científico publicado en 2016

Advances in the molecular dynamics flexible fitting method for cryo-EM modeling

artículo científico publicado en 2016

All-atom molecular dynamics of the HBV capsid reveals insights into biological function and cryo-EM resolution limits.

artículo científico publicado en 2018

An emerging consensus on voltage-dependent gating from computational modeling and molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2012

Angular measurements of the dynein ring reveal a stepping mechanism dependent on a flexible stalk

artículo científico publicado en 2017

Applications of the molecular dynamics flexible fitting method

artículo científico publicado en 2010

Assembly of Nsp1 nucleoporins provides insight into nuclear pore complex gating

artículo científico publicado en 2014

Assembly of lipids and proteins into lipoprotein particles

artículo científico publicado en 2007

Assembly of lipoprotein particles revealed by coarse-grained molecular dynamics simulations.

artículo científico publicado en 2006

Atomic Detail Visualization of Photosynthetic Membranes with GPU-Accelerated Ray Tracing

artículo científico publicado en 2016

Atomic Modeling of an Immature Retroviral Lattice Using Molecular Dynamics and Mutagenesis

artículo científico publicado en 2015

Atomic model of rabbit hemorrhagic disease virus by cryo-electron microscopy and crystallography

artículo científico publicado en 2013

Atomic-level structural and functional model of a bacterial photosynthetic membrane vesicle

artículo científico publicado en 2007

Binding Site Recognition and Docking Dynamics of a Single Electron Transport Protein: Cytochrome c2

artículo científico publicado en 2016

Binding dynamics of isolated nucleoporin repeat regions to importin-beta

artículo científico publicado en 2005

CHARMM-GUI MDFF/xMDFF Utilizer for Molecular Dynamics Flexible Fitting Simulations in Various Environments

artículo científico publicado en 2016

CHARMM-GUI PACE CG Builder for solution, micelle, and bilayer coarse-grained simulations

artículo científico publicado en 2014

Calculating potentials of mean force from steered molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2004

Calculation of Lipid-Bilayer Permeabilities Using an Average Force

artículo científico publicado en 2014

Calculation of the gating charge for the Kv1.2 voltage-activated potassium channel

artículo científico publicado en 2010

Challenges in protein folding simulations: Timescale, representation, and analysis

artículo científico publicado en 2010

Characterization of folding mechanisms of Trp-cage and WW-domain by network analysis of simulations with a hybrid-resolution model

artículo científico publicado en 2013

Charge delocalization in proton channels, I: the aquaporin channels and proton blockage

artículo científico publicado en 2006

CheY's acetylation sites responsible for generating clockwise flagellar rotation in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

Coarse grained protein-lipid model with application to lipoprotein particles

artículo científico publicado en 2006

Coarse-grained molecular dynamics simulations of a rotating bacterial flagellum

artículo científico publicado en 2006

Collective Diffusion Model for Water Permeation through Microscopic Channels

artículo científico publicado en 2004

Color Tuning in Rhodopsins:  The Mechanism for the Spectral Shift between Bacteriorhodopsin and Sensory Rhodopsin II

artículo científico publicado en 2006

Common structural transitions in explicit-solvent simulations of villin headpiece folding

artículo científico publicado en 2009

Comparing Fast Pressure Jump and Temperature Jump Protein Folding Experiments and Simulations

artículo científico publicado en 2015

Comparison of the light-harvesting networks of plant and cyanobacterial photosystem I.

artículo científico publicado en 2005

Complementarities and convergence of results in bacteriorhodopsin trimer simulations

artículo científico publicado en 2004

Computational Investigation of DNA Detection Using Graphene Nanopores ⬇️

artículo científico publicado el 13 de octubre de 2011

Computational microscopy of the role of protonable surface residues in nanoprecipitation oscillations

artículo científico publicado en 2010

Computational studies of membrane channels

artículo científico publicado en 2004

Computer modeling in biotechnology: a partner in development

artículo científico publicado en 2008

Conformational Equilibrium in Alanine-Rich Peptides Probed by Reversible Stretching Simulations

Conformational model of the Holliday junction transition deduced from molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2004

Conserved methionine dictates substrate preference in Nramp-family divalent metal transporters

artículo científico publicado en 2016

Continuous fluorescence microphotolysis and correlation spectroscopy using 4Pi microscopy

artículo científico publicado en 2007

Contributions of Charged Residues in Structurally Dynamic Capsid Surface Loops to Rous Sarcoma Virus Assembly

artículo científico publicado en 2016

Control of the selectivity of the aquaporin water channel family by global orientational tuning

artículo científico publicado en 2002

Correction to "Recognition of Poly-Ubiquitins by the Proteasome through Protein Refolding Guided by Electrostatic and Hydrophobic Interactions".

artículo científico publicado en 2016

Cryo-EM structure of the ribosome–SecYE complex in the membrane environment

artículo científico publicado en 2011

Cryo-electron microscopy modeling by the molecular dynamics flexible fitting method

artículo científico publicado en 2012

Crystal Structure and Conformational Change Mechanism of a Bacterial Nramp-Family Divalent Metal Transporter

artículo científico publicado en 2016

Cyclophilin A stabilizes the HIV-1 capsid through a novel non-canonical binding site

artículo científico publicado en 2016

Cytoplasmic domain filter function in the mechanosensitive channel of small conductance

artículo científico publicado en 2011

Cytosine methylation alters DNA mechanical properties ⬇️

artículo científico publicado el 20 de julio de 2011

Decrypting cryptochrome: revealing the molecular identity of the photoactivation reaction

artículo científico publicado en 2012

Detection and Mapping of DNA Methylation with 2D Material Nanopores.

artículo científico publicado en 2017

Detection and quantification of methylation in DNA using solid-state nanopores

artículo científico publicado en 2013

Different Types of Vibrations Interacting with Electronic Excitations in Phycoerythrin 545 and Fenna-Matthews-Olson Antenna Systems

artículo científico publicado en 2014

Diffusion of glycerol through Escherichia coli aquaglyceroporin GlpF.

artículo científico publicado en 2007

Diffusive Models of Membrane Permeation with Explicit Orientational Freedom

artículo científico publicado en 2014

Disassembly of nanodiscs with cholate

artículo científico publicado en 2007

Discovery through the computational microscope

artículo científico publicado en 2009

Dissecting the molecular origins of specific protein-nucleic acid recognition: hydrostatic pressure and molecular dynamics

artículo científico publicado en 2002

Disulfide Bridges: Bringing Together Frustrated Structure in a Bioactive Peptide

artículo científico publicado en 2016

Domain motion of individual F1-ATPase β-subunits during unbiased molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2011

Double-stranded DNA dissociates into single strands when dragged into a poor solvent

artículo científico publicado en 2007

Dynamic allostery governs cyclophilin A-HIV capsid interplay

artículo científico publicado en 2015

Dynamic profiling of double-stranded RNA binding proteins

artículo científico publicado en 2015

Dynamic switching mechanisms in LOV1 and LOV2 domains of plant phototropins

artículo científico publicado en 2006

Dynamics of K+ ion conduction through Kv1.2.

artículo científico publicado en 2006

Effects of cytosine hydroxymethylation on DNA strand separation

artículo científico publicado en 2013

Elasticity and rupture of a multi-domain neural cell adhesion molecule complex

artículo científico publicado en 2009

Electrically Tunable Quenching of DNA Fluctuations in Biased Solid-State Nanopores

artículo científico publicado en 2016

Electrically induced conformational change of peptides on metallic nanosurfaces

artículo científico publicado en 2012

Electronic detection of dsDNA transition from helical to zipper conformation using graphene nanopores

artículo científico publicado en 2014

Electrostatic Tuning of Permeation and Selectivity in Aquaporin Water Channels ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

Electrostatic properties of the mechanosensitive channel of small conductance MscS.

artículo científico publicado en 2006

Elucidating the mechanism behind irreversible deformation of viral capsids

artículo científico publicado en 2009

Empirical nanotube model for biological applications

artículo científico publicado en 2005

Energetics of glycerol conduction through aquaglyceroporin GlpF.

artículo científico publicado en 2002

Energy Transfer Dynamics in an RC-LH1-PufX Tubular Photosynthetic Membrane

artículo científico publicado en 2010

Enhanced sampling techniques in molecular dynamics simulations of biological systems

artículo científico publicado en 2014

Evaluation of Emerging Energy-Efficient Heterogeneous Computing Platforms for Biomolecular and Cellular Simulation Workloads

artículo científico publicado en 2016

Excited state dynamics in photosynthetic reaction center and light harvesting complex 1.

artículo científico publicado en 2012

Excitons in a photosynthetic light-harvesting system: A combined molecular dynamics, quantum chemistry, and polaron model study

article

Exploring Molecular Oxygen Pathways in Hansenula polymorpha Copper-containing Amine Oxidase

artículo científico publicado en 2007

Exploring gas permeability of cellular membranes and membrane channels with molecular dynamics

article

Exploring the possibilities for radical pair effects in cryptochrome

artículo científico publicado en 2008

Extending molecular modeling methodology to study insertion of membrane nanopores

artículo científico publicado en 2004

Extension of a Three-Helix Bundle Domain of Myosin VI and Key Role of Calmodulins ⬇️

artículo científico publicado el 22 de junio de 2011

Fibril elongation by Aβ(17-42): kinetic network analysis of hybrid-resolution molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2014

Finding gas diffusion pathways in proteins: application to O2 and H2 transport in CpI [FeFe]-hydrogenase and the role of packing defects

artículo científico publicado en 2005

Finding gas migration pathways in proteins using implicit ligand sampling

artículo científico publicado en 2008

Flexibility Coexists with Shape-Persistence in Cyanostar Macrocycles

artículo científico publicado en 2016

Flexible fitting of atomic structures into electron microscopy maps using molecular dynamics

artículo científico publicado en 2008

Flow-induced beta-hairpin folding of the glycoprotein Ibalpha beta-switch

artículo científico publicado en 2010

Flow-induced structural transition in the beta-switch region of glycoprotein Ib

artículo científico publicado en 2008

Fluctuation-driven molecular transport through an asymmetric membrane channel.

artículo científico publicado en 2004

Fluorescence-force spectroscopy maps two-dimensional reaction landscape of the holliday junction

artículo científico publicado en 2007

Force field bias in protein folding simulations

artículo científico publicado en 2009

Formation of Salt Bridges Mediates Internal Dimerization of Myosin VI Medial Tail Domain ⬇️

artículo científico publicado el 10 de noviembre de 2010

Four-scale description of membrane sculpting by BAR domains

artículo científico publicado en 2008

Free Energy of Nascent-Chain Folding in the Translocon ⬇️

artículo científico publicado el 27 de abril de 2011

Free energy calculation from steered molecular dynamics simulations using Jarzynski’s equality

article

Free-energy cost for translocon-assisted insertion of membrane proteins ⬇️

artículo científico publicado el 11 de febrero de 2011

From atomistic modeling to excitation transfer and two-dimensional spectra of the FMO light-harvesting complex

artículo científico publicado en 2011

Further optimization of a hybrid united-atom and coarse-grained force field for folding simulations: Improved backbone hydration and interactions between charged side chains

artículo científico publicado en 2012

Fusion pore formation and expansion induced by Ca2+ and synaptotagmin 1.

artículo científico publicado en 2013

Förster energy transfer theory as reflected in the structures of photosynthetic light-harvesting systems

artículo científico publicado en 2011

GPU-accelerated analysis and visualization of large structures solved by molecular dynamics flexible fitting

artículo científico publicado en 2014

GPU-accelerated molecular modeling coming of age

artículo científico publicado en 2010

GPU/CPU Algorithm for Generalized Born/Solvent-Accessible Surface Area Implicit Solvent Calculations

artículo científico publicado en 2012

Gate-Modulated Graphene Quantum Point Contact Device for DNA Sensing

artículo científico publicado en 2014

Gating of MscL Studied by Steered Molecular Dynamics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2003

General random matrix approach to account for the effect of static disorder on the spectral properties of light harvesting systems

artículo científico publicado en 2002

Generalized Scalable Multiple Copy Algorithms for Molecular Dynamics Simulations in NAMD.

artículo científico publicado en 2014

Glycerol Conductance and Physical Asymmetry of the Escherichia coli Glycerol Facilitator GlpF ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2003

Going beyond clustering in MD trajectory analysis: an application to villin headpiece folding

artículo científico publicado en 2010

Graphene quantum point contact transistor for DNA sensing

artículo científico publicado en 2013

HIV-1 Capsid Function is Regulated by Dynamics: Quantitative Atomic-Resolution Insights by Integrating Magic-Angle-Spinning NMR, QM/MM, and MD.

artículo científico publicado en 2016

High Performance Molecular Visualization: In-Situ and Parallel Rendering with EGL

artículo científico publicado en 2016

High-performance scalable molecular dynamics simulations of a polarizable force field based on classical Drude oscillators in NAMD

artículo científico publicado en 2011

How directional translocation is regulated in a DNA helicase motor

artículo científico publicado en 2007

How the headpiece hinge angle is opened: New insights into the dynamics of integrin activation

artículo científico publicado en 2006

Identification of an N-terminal inhibitory extension as the primary mechanosensory regulator of twitchin kinase

artículo científico publicado en 2012

Identification of ubiquinol binding motifs at the Qo-site of the cytochrome bc1 complex

artículo científico publicado en 2014

Identifying unfolding intermediates of FN-III(10) by steered molecular dynamics

artículo científico publicado en 2002

Imaging alpha-hemolysin with molecular dynamics: ionic conductance, osmotic permeability, and the electrostatic potential map

artículo científico publicado en 2005

Imaging the migration pathways for O2, CO, NO, and Xe inside myoglobin

artículo científico publicado en 2006

Immersive Molecular Visualization with Omnidirectional Stereoscopic Ray Tracing and Remote Rendering

artículo científico publicado en 2016

Implementation of accelerated molecular dynamics in NAMD ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Improved Resolution of Tertiary Structure Elasticity in Muscle Protein ⬇️

artículo científico publicado el 16 de febrero de 2011

Insights into the molecular mechanism of rotation in the Fo sector of ATP synthase

artículo científico publicado en 2004

Integration of energy and electron transfer processes in the photosynthetic membrane of Rhodobacter sphaeroides

artículo científico publicado en 2014

Integrin activation in vivo and in silico

artículo científico publicado en 2004

Intrinsic Stepwise Translocation of Stretched ssDNA in Graphene Nanopores

artículo científico publicado en 2015

Intrinsic curvature properties of photosynthetic proteins in chromatophores

artículo científico publicado en 2008

Ion conduction through MscS as determined by electrophysiology and simulation

artículo científico publicado en 2006

Ion-nanotube terahertz oscillator

artículo científico publicado en 2005

Ionic Current Rectification Through Silica Nanopores

artículo científico publicado en 2009

Juxtaposing density matrix and classical path-based wave packet dynamics

artículo científico publicado en 2012

Large scale simulation of protein mechanics and function

artículo científico publicado en 2003

Ligand migration and cavities within Scapharca Dimeric HbI: studies by time-resolved crystallo-graphy, Xe binding, and computational analysis

artículo científico publicado en 2009

Light harvesting by lamellar chromatophores in Rhodospirillum photometricum

artículo científico publicado en 2014

Light harvesting complex II B850 excitation dynamics

artículo científico publicado en 2009

Limits for reduction of effective focal volume in multiple-beam light microscopy

artículo científico publicado en 2009

Lipid bilayer pressure profiles and mechanosensitive channel gating

artículo científico publicado en 2004

Lipid-protein correlations in nanoscale phospholipid bilayers determined by solid-state nuclear magnetic resonance

artículo científico publicado en 2010

Macrolide antibiotics allosterically predispose the ribosome for translation arrest

artículo científico publicado en 2014

Macromolecular Crystallography for Synthetic Abiological Molecules: Combining xMDFF and PHENIX for Structure Determination of Cyanostar Macrocycles

artículo científico publicado en 2015

Magnetic field effects in Arabidopsis thaliana cryptochrome-1.

artículo científico publicado en 2007

Magnetoreception through cryptochrome may involve superoxide

scientific article published on June 2009

Mapping Mechanical Force Propagation through Biomolecular Complexes

artículo científico publicado en 2015

Maturation of high-density lipoproteins

artículo científico publicado en 2009

Mature HIV-1 capsid structure by cryo-electron microscopy and all-atom molecular dynamics

artículo científico publicado en 2013

Mechanical Strength of the Titin Z1Z2-Telethonin Complex

Mechanical force generation by G proteins

artículo científico publicado en 2002

Mechanism for the Regulated Control of Bacterial Transcription Termination by a Universal Adaptor Protein

scholarly article by Michael R Lawson published in September 2018

Mechanism of Gating and Ion Conductivity of a Possible Tetrameric Pore in Aquaporin-1

article by Jin Yu et al published September 2006 in Structure

Mechanism of anionic conduction across ClC

artículo científico publicado en 2004

Mechanism of signal propagation upon retinal isomerization: insights from molecular dynamics simulations of rhodopsin restrained by normal modes

artículo científico publicado en 2008

Mechanism of substrate translocation by a ring-shaped ATPase motor at millisecond resolution

artículo científico publicado en 2015

Mechanism of tetracycline resistance by ribosomal protection protein Tet(O)

artículo científico publicado en 2013

Mechanism of the Primary Charge Transfer Reaction in the Cytochrome bc1 Complex

artículo científico publicado en 2016

Mechanisms of SecM-mediated stalling in the ribosome

artículo científico publicado en 2012

Mechanisms of liposomal contrast agents in magnetic resonance imaging

Mechanisms of selectivity in channels and enzymes studied with interactive molecular dynamics

artículo científico publicado en 2003

Membrane curvature induced by aggregates of LH2s and monomeric LH1s

scientific article published on December 2009

Membrane sculpting by F-BAR domains studied by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2013

Membrane-bending mechanism of amphiphysin N-BAR domains

artículo científico publicado en 2009

Microscopic Kinetics of DNA Translocation through synthetic nanopores

artículo científico publicado en 2004

Misplaced helix slows down ultrafast pressure-jump protein folding

artículo científico publicado en 2013

Modeling DNA loops using the theory of elasticity

artículo científico publicado en 2006

Modeling Transport Through Synthetic Nanopores

artículo científico publicado en 2009

Modulating LOV domain photodynamics with a residue alteration outside the chromophore binding site

artículo científico publicado en 2011

Molecular Dynamics Simulations Suggest that Electrostatic Funnel Directs Binding of Tamiflu to Influenza N1 Neuraminidases ⬇️

artículo científico publicado el 23 de septiembre de 2010

Molecular Dynamics Simulations of Forced Unbending of Integrin αVβ3 ⬇️

artículo científico publicado el 17 de febrero de 2011

Molecular Dynamics Simulations of Micelle Formation around Dimeric Glycophorin A Transmembrane Helices

artículo científico publicado en 2004

Molecular Mechanism of Processive 3' to 5' RNA Translocation in the Active Subunit of the RNA Exosome Complex

artículo científico publicado en 2016

Molecular Mechanisms of Inhibition of Influenza by Surfactant Protein D Revealed by Large-Scale Molecular Dynamics Simulation

artículo científico publicado en 2013

Molecular basis of drug resistance in A/H1N1 virus

artículo científico publicado en 2012

Molecular basis of fibrin clot elasticity

artículo científico publicado en 2008

Molecular biomimetics: nanotechnology through biology

artículo científico publicado en 2003

Molecular control of ionic conduction in polymer nanopores

artículo científico publicado en 2009

Molecular dynamics flexible fitting: a practical guide to combine cryo-electron microscopy and X-ray crystallography

artículo científico publicado en 2009

Molecular dynamics investigation of primary photoinduced events in the activation of rhodopsin

artículo científico publicado en 2002

Molecular dynamics investigation of the ω-current in the Kv1.2 voltage sensor domains

artículo científico publicado en 2012

Molecular dynamics of EF‐G during translocation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2011

Molecular dynamics simulation of a bilayer of 200 lipids in the gel and in the liquid crystal phase

article

Molecular dynamics simulation of bacteriorhodopsin's photoisomerization using ab initio forces for the excited chromophore

artículo científico publicado en 2003

Molecular dynamics simulations of discoidal bilayers assembled from truncated human lipoproteins

artículo científico publicado en 2004

Molecular dynamics simulations of membrane channels and transporters

artículo científico publicado en 2009

Molecular dynamics simulations of proteins in lipid bilayers

artículo científico publicado en 2005

Molecular dynamics simulations of the complete satellite tobacco mosaic virus

artículo científico publicado en 2006

Molecular dynamics studies of the archaeal translocon

artículo científico publicado en 2006

Molecular dynamics study of MscL interactions with a curved lipid bilayer.

artículo científico publicado en 2006

Molecular dynamics study of enhanced Man5B enzymatic activity

artículo científico publicado en 2014

Molecular dynamics study of gating in the mechanosensitive channel of small conductance MscS

artículo científico publicado en 2004

Molecular dynamics-based refinement and validation for sub-5 Å cryo-electron microscopy maps

artículo científico publicado en 2016

Molecular mechanism of ligand recognition by NR3 subtype glutamate receptors

artículo científico publicado en 2008

Molecular mechanisms of cellular mechanics

artículo científico publicado en 2006

Molecular modeling of swine influenza A/H1N1, Spanish H1N1, and avian H5N1 flu N1 neuraminidases bound to Tamiflu and Relenza

artículo científico publicado en 2009

Molecular models need to be tested: the case of a solar flares discoidal HDL model

artículo científico publicado en 2008

Molecular origin of the hierarchical elasticity of titin: simulation, experiment, and theory

artículo científico publicado en 2011

Multilevel Summation of Electrostatic Potentials Using Graphics Processing Units

scientific article published on March 2009

Multilevel summation method for electrostatic force evaluation

artículo científico publicado en 2014

Multiple-Replica Strategies for Free-Energy Calculations in NAMD: Multiple-Walker Adaptive Biasing Force and Walker Selection Rules

artículo científico publicado en 2014

Mutation of conserved histidines alters tertiary structure and nanomechanics of consensus ankyrin repeats

artículo científico publicado en 2012

Nascent peptide assists the ribosome in recognizing chemically distinct small molecules

artículo científico publicado en 2016

O2 migration pathways are not conserved across proteins of a similar fold

artículo científico publicado en 2007

Observation of complete pressure-jump protein refolding in molecular dynamics simulation and experiment

artículo científico publicado en 2014

Oligomerization state of photosynthetic core complexes is correlated with the dimerization affinity of a transmembrane helix

artículo científico publicado en 2011

On the Mechanism of ATP Hydrolysis in F1-ATPase ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2003

Onset of anthrax toxin pore formation

artículo científico publicado en 2006

Open Quantum Dynamics Calculations with the Hierarchy Equations of Motion on Parallel Computers

artículo científico publicado en 2012

Orientation discrimination of single-stranded DNA inside the alpha-hemolysin membrane channel

artículo científico publicado en 2005

Overall energy conversion efficiency of a photosynthetic vesicle

artículo científico publicado en 2016

Oxygen and proton pathways in cytochrome c oxidase

artículo científico publicado en 1998

Parallel Generalized Born Implicit Solvent Calculations with NAMD.

artículo científico publicado en 2011

Photochemical reaction dynamics of the primary event of vision studied by means of a hybrid molecular simulation

artículo científico publicado en 2009

Photosynthetic apparatus of purple bacteria

artículo científico publicado en 2002

Photosynthetic vesicle architecture and constraints on efficient energy harvesting

artículo científico publicado en 2010

Physical properties of the HIV-1 capsid from all-atom molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2017

Polarizable Intermolecular Potentials for Water and Benzene Interacting with Halide and Metal Ions ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2009

Pressure-induced water transport in membrane channels studied by molecular dynamics

artículo científico publicado en 2002

Probing a structural model of the nuclear pore complex channel through molecular dynamics

artículo científico publicado en 2010

Protein-induced membrane curvature investigated through molecular dynamics flexible fitting

artículo científico publicado en 2009

PyContact: Rapid, Customizable, and Visual Analysis of Noncovalent Interactions in MD Simulations

artículo científico publicado en 2018

Quantitative Characterization of Domain Motions in Molecular Machines

artículo científico publicado en 2017

Quantum and classical dynamics simulations of ATP hydrolysis in solution

artículo científico publicado en 2012

Quantum biology of retinal

Quest for spatially correlated fluctuations in the FMO light-harvesting complex

artículo científico publicado en 2010

QwikMD - Integrative Molecular Dynamics Toolkit for Novices and Experts

artículo científico publicado en 2016

Rapid parameterization of small molecules using the Force Field Toolkit

artículo científico publicado en 2013

Reaction kinetics and mechanism of magnetic field effects in cryptochrome

artículo científico publicado en 2012

Reactions governed by a binomial redistribution process—The ehrenfest urn problem

Recognition of Poly-Ubiquitins by the Proteasome through Protein Refolding Guided by Electrostatic and Hydrophobic Interactions

artículo científico publicado en 2016

Recognition of the regulatory nascent chain TnaC by the ribosome

artículo científico publicado en 2010

Reconciling the roles of kinetic and thermodynamic factors in membrane-protein insertion

artículo científico publicado en 2013

Reconstructing Potentials of Mean Force through Time Series Analysis of Steered Molecular Dynamics Simulations

article

Regulation of the Protein-Conducting Channel by a Bound Ribosome

artículo científico publicado en 2009

Ribosome-induced changes in elongation factor Tu conformation control GTP hydrolysis

artículo científico publicado en 2009

Role of Water in Transient Cytochrome c2Docking

Role of hydrogen-bond network in energy storage of bacteriorhodopsin's light-driven proton pump revealed by ab initio normal-mode analysis

artículo científico publicado en 2004

Scalable molecular dynamics on CPU and GPU architectures with NAMD ⬇️

artículo científico publicado en 2020

Scalable molecular dynamics with NAMD

artículo científico publicado en 2005

Science and Engineering in the Petascale Era ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2009

Screening of Water Dipoles Inside Finite-Length Armchair Carbon Nanotubes

artículo científico publicado en 2005

Secondary and tertiary structure elasticity of titin Z1Z2 and a titin chain model

artículo científico publicado en 2007

Self-assembly of photosynthetic membranes

artículo científico publicado en 2010

Separation of photo-induced radical pair in cryptochrome to a functionally critical distance

artículo científico publicado en 2014

Serum levels of insulin-like growth factor (IGF)-I and IGF binding protein (IGFBP)-1 to -6 and their relationship to bone metabolism in osteoporosis patients

artículo científico publicado en 2003

Signaling mechanisms of LOV domains: new insights from molecular dynamics studies

artículo científico publicado en 2013

Simulation of the electric response of DNA translocation through a semiconductor nanopore–capacitor

article

Simulations of membrane tubulation by lattices of amphiphysin N-BAR domains

artículo científico publicado en 2009

Single-molecule experiments in vitro and in silico

artículo científico publicado en 2007

Sizing DNA using a nanometer-diameter pore

artículo científico publicado en 2004

Stability and dynamics of virus capsids described by coarse-grained modeling

artículo científico publicado en 2006

Stable small quantum dots for synaptic receptor tracking on live neurons

artículo científico publicado en 2014

Steered Molecular Dynamics Simulation of Unfolding of Myosin VI Proximal Tail Domain

Steered molecular dynamics studies of titin I1 domain unfolding

artículo científico publicado en 2002

Stereochemical errors and their implications for molecular dynamics simulations ⬇️

artículo científico publicado el 23 de mayo de 2011

Stretching DNA using the electric field in a synthetic nanopore

artículo científico publicado en 2005

Structural Characterization of λ-Repressor Folding from All-Atom Molecular Dynamics Simulations

artículo científico publicado en 2012

Structural Determinants of Spectral Tuning in Retinal ProteinsBacteriorhodopsin vs Sensory Rhodopsin II#

article published in 2001

Structural Refinement of Proteins by Restrained Molecular Dynamics Simulations with Non-interacting Molecular Fragments

artículo científico publicado en 2015

Structural basis for cooperative DNA binding by CAP and lac repressor.

artículo científico publicado en 2004

Structural changes during the formation of early intermediates in the bacteriorhodopsin photocycle

artículo científico publicado en 2002

Structural characterization of mRNA-tRNA translocation intermediates

artículo científico publicado en 2012

Structural determinants of lateral gate opening in the protein translocon

artículo científico publicado en 2007

Structural dynamics of the lac repressor-DNA complex revealed by a multiscale simulation

artículo científico publicado en 2005

Structural insight into nascent polypeptide chain-mediated translational stalling.

artículo científico publicado en 2009

Structural insights into cognate versus near-cognate discrimination during decoding

artículo científico publicado en 2011

Structural insights into how the MIDAS ion stabilizes integrin binding to an RGD peptide under force

artículo científico publicado en 2004

Structural insights into the functional cycle of the ATPase module of the 26S proteasome

artículo científico publicado en 2017

Structural mechanism of voltage-dependent gating in an isolated voltage-sensing domain

artículo científico publicado en 2014

Structural model and excitonic properties of the dimeric RC-LH1-PufX complex from Rhodobacter sphaeroides

artículo científico publicado en 2009

Structure and functional significance of mechanically unfolded fibronectin type III1 intermediates

artículo científico publicado en 2003

Structure of Monomeric Yeast and Mammalian Sec61 Complexes Interacting with the Translating Ribosome

artículo científico publicado en 2009

Structure of the human 26S proteasome at a resolution of 3.9 Å.

scientific article published on 24 June 2016

Structure-based model of the stepping motor of PcrA helicase

artículo científico publicado en 2006

Substrate recognition and specificity of double-stranded RNA binding proteins

artículo científico publicado en 2014

Sugar binding and protein conformational changes in lactose permease

artículo científico publicado en 2006

Sugar transport across lactose permease probed by steered molecular dynamics

artículo científico publicado en 2007

Symmetry-restrained flexible fitting for symmetric EM maps ⬇️

artículo científico publicado el 7 de septiembre de 2011

Synaptotagmin's role in neurotransmitter release likely involves Ca(2+)-induced conformational transition.

artículo científico publicado en 2014

Ten-microsecond molecular dynamics simulation of a fast-folding WW domain

artículo científico publicado en 2008

Tertiary and secondary structure elasticity of a six-Ig titin chain

artículo científico publicado en 2010

The FMO complex in a glycerol-water mixture

scientific article published on 06 June 2013

The Navigation of Birds and Other Animals in the Magnetic Field

artículo científico publicado en 2010

The Water Permeability and Pore Entrance Structure of Aquaporin-4 Depend on Lipid Bilayer Thickness

artículo científico publicado en 2016

The allosteric role of the Ca2+ switch in adhesion and elasticity of C-cadherin

artículo científico publicado en 2008

The effect of correlated bath fluctuations on exciton transfer ⬇️

artículo científico publicado el 7 de marzo de 2011

The mechanism of proton exclusion in aquaporin channels

artículo científico publicado en 2004

The mechanism of ubihydroquinone oxidation at the Qo-site of the cytochrome bc1 complex

artículo científico

The p7 protein of hepatitis C virus forms structurally plastic, minimalist ion channels

artículo científico publicado en 2012

The quantum physics of photosynthesis

artículo científico publicado en 2002

The ribosome can discriminate the chirality of amino acids within its peptidyl-transferase center

artículo científico publicado en 2015

The role of L1 stalk-tRNA interaction in the ribosome elongation cycle

artículo científico publicado en 2010

The role of molecular modeling in bionanotechnology

artículo científico publicado en 2006

The roles of pore ring and plug in the SecY protein-conducting channel

artículo científico publicado en 2008

Theodor Förster: A Giant of Modern Photochemistry ⬇️

artículo científico publicado el 25 de febrero de 2011

Theoretical and Computational Investigation of Flagellin Translocation and Bacterial Flagellum Growth ⬇️

artículo científico publicado el 8 de junio de 2011

Theory and Simulation of the Environmental Effects on FMO Electronic Transitions

artículo científico publicado en 2011

Theory and simulation of water permeation in aquaporin-1.

artículo científico publicado en 2004

Three-dimensional architecture of membrane-embedded MscS in the closed conformation

artículo científico publicado en 2007

Topology representing networks

artículo científico publicado en 1994

Transport-related structures and processes of the nuclear pore complex studied through molecular dynamics

artículo científico publicado en 2009

Trimodal Therapy: Combining Hyperthermia with Repurposed Bexarotene and Ultrasound for Treating Liver Cancer.

artículo científico publicado en 2015

Tunable graphene quantum point contact transistor for DNA detection and characterization

artículo científico publicado en 2015

Unfolding of titin domains studied by molecular dynamics simulations

artículo científico publicado en 2002

Using VMD: an introductory tutorial

artículo científico publicado en 2008

Water and proton conduction through carbon nanotubes as models for biological channels

artículo científico publicado en 2003

Water-silica force field for simulating nanodevices

artículo científico publicado en 2006

What causes hyperfluorescence: folding intermediates or conformationally flexible native states?

artículo científico publicado en 2002

What makes an aquaporin a glycerol channel? A comparative study of AqpZ and GlpF.

artículo científico publicado en 2005

When light falls in LOV: a quantum mechanical/molecular mechanical study of photoexcitation in Phot-LOV1 of Chlamydomonas reinhardtii

artículo científico publicado en 2005

Zooming in on ATP hydrolysis in F1.

artículo científico publicado en 2005

xMDFF: molecular dynamics flexible fitting of low-resolution X-ray structures

artículo científico publicado en 2014

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