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Lista de obras de Jill P. Mesirov

A functional landscape of resistance to ALK inhibition in lung cancer

artículo científico publicado en 2015

A genome-wide siRNA screen in mammalian cells for regulators of S6 phosphorylation

scientific journal article

A genomic data viewer for iPad

artículo científico publicado en 2015

A melanoma cell state distinction influences sensitivity to MAPK pathway inhibitors

artículo científico publicado en 2014

A multi-tool recipe to identify regions of protein-DNA binding and their influence on associated gene expression

artículo científico publicado en 2017

ARACHNE: a whole-genome shotgun assembler

artículo científico publicado en 2002

ATARiS: computational quantification of gene suppression phenotypes from multisample RNAi screens

artículo científico publicado en 2012

An RNA profile identifies two subsets of multiple sclerosis patients differing in disease activity

artículo científico publicado en 2012

An oncogenic KRAS2 expression signature identified by cross-species gene-expression analysis

artículo científico publicado en 2004

AraPath: a knowledgebase for pathway analysis in Arabidopsis

artículo científico

Assembly of polymorphic genomes: algorithms and application to Ciona savignyi

artículo científico publicado en 2005

Automated high-dimensional flow cytometric data analysis

artículo científico publicado en 2009

Breast cancer stratification from analysis of micro-array data of micro-dissected specimens.

artículo científico publicado en 2007

Cancer vulnerabilities unveiled by genomic loss

artículo científico publicado en 2012

Carcinoma-associated fibroblast-like differentiation of human mesenchymal stem cells

artículo científico publicado en 2008

Characterizing genomic alterations in cancer by complementary functional associations

artículo científico publicado en 2016

Chemosensitivity prediction by transcriptional profiling

artículo científico publicado en 2001

Combo: a whole genome comparative browser

artículo científico publicado en 2006

Comment on "The consensus coding sequences of human breast and colorectal cancers".

artículo científico publicado en 2007

Comparative gene marker selection suite

artículo científico publicado en 2006

Compendium of Immune Signatures Identifies Conserved and Species-Specific Biology in Response to Inflammation

artículo científico publicado en 2016

Compression of structured high-throughput sequencing data

artículo científico publicado en 2013

Computer science. Accessible reproducible research

artículo científico publicado en 2010

Constellation Map: Downstream visualization and interpretation of gene set enrichment results

artículo científico publicado en 2015

Control of Huntington's Disease-Associated Phenotypes by the Striatum-Enriched Transcription Factor Foxp2.

artículo científico publicado en 2017

Criteria for the use of omics-based predictors in clinical trials

artículo científico publicado en 2013

Criteria for the use of omics-based predictors in clinical trials: explanation and elaboration

artículo científico publicado en 2013

Cytometric profiling in multiple sclerosis uncovers patient population structure and a reduction of CD8low cells

artículo científico publicado en 2008

Cytoscape: the network visualization tool for GenomeSpace workflows

artículo científico publicado en 2014

Dependency of a therapy-resistant state of cancer cells on a lipid peroxidase pathway

artículo científico publicado en 2017

DiSCoVERing Innovative Therapies for Rare Tumors: Combining Genetically Accurate Disease Models with In Silico Analysis to Identify Novel Therapeutic Targets

artículo científico publicado en 2016

Diffuse large B-cell lymphoma outcome prediction by gene-expression profiling and supervised machine learning

artículo científico publicado en 2002

Distinct physiological states of Plasmodium falciparum in malaria-infected patients

artículo científico publicado en 2007

Efficient mapping of mendelian traits in dogs through genome-wide association

artículo científico publicado en 2007

Estimating dataset size requirements for classifying DNA microarray data

artículo científico publicado en 2003

Functional precision medicine identifies new therapeutic candidates for medulloblastoma

artículo científico publicado en 2020

GENE-02. CHROMOSOME CONFORMATION ANALYSIS OF EPENDYMOMA IDENTIFIES PUTATIVE TUMOR DEPENDENCY GENES ACTIVATED BY DISTAL ONCOGENIC ENHANCERS

artículo científico publicado en 2019

GSEA-P: a desktop application for Gene Set Enrichment Analysis

artículo científico publicado en 2007

GeNets: a unified web platform for network-based genomic analyses.

artículo científico publicado en 2018

Gene expression changes in an animal melanoma model correlate with aggressiveness of human melanoma metastases

scientific article published on May 2008

Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach for interpreting genome-wide expression profiles

artículo científico publicado en 2005

Gene signatures related to B-cell proliferation predict influenza vaccine-induced antibody response

artículo científico publicado en 2013

GeneCluster 2.0: an advanced toolset for bioarray analysis

artículo científico publicado en 2004

GeneCruiser: a web service for the annotation of microarray data

artículo científico publicado en 2005

GenePattern 2.0

artículo científico publicado en 2006

GenePattern flow cytometry suite

2013 scientific article

Genome duplication in the teleost fish Tetraodon nigroviridis reveals the early vertebrate proto-karyotype

artículo científico publicado en 2004

High expression of lymphocyte-associated genes in node-negative HER2+ breast cancers correlates with lower recurrence rates

artículo científico publicado en 2007

Human and mouse gene structure: comparative analysis and application to exon prediction

artículo científico publicado en 2000

ISMB 2008 Toronto

artículo científico publicado en 2008

Improving genome annotations using phylogenetic profile anomaly detection

artículo científico publicado en 2004

In vivo profiles in malaria are consistent with a novel physiological state

artículo científico publicado en 2009

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Integrated genomic analysis identifies clinically relevant subtypes of glioblastoma characterized by abnormalities in PDGFRA, IDH1, EGFR, and NF1

artículo científico publicado en 2010

Integrated genomic analysis of the 8q24 amplification in endometrial cancers identifies ATAD2 as essential to MYC-dependent cancers

artículo científico publicado en 2013

Integrative Genomics Viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration

artículo científico publicado en 2013

Integrative genomic analysis by interoperation of bioinformatics tools in GenomeSpace

artículo científico

Integrative genomic analysis of medulloblastoma identifies a molecular subgroup that drives poor clinical outcome

artículo científico publicado en 2011

Integrative genomics viewer ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2011

Integrative radiogenomic profiling of squamous cell lung cancer

scientific article published on 26 August 2013

Interpreting patterns of gene expression with self-organizing maps: methods and application to hematopoietic differentiation

artículo científico publicado en 1999

Joint modeling and registration of cell populations in cohorts of high-dimensional flow cytometric data

artículo científico publicado en 2014

Juicebox Provides a Visualization System for Hi-C Contact Maps with Unlimited Zoom

artículo científico publicado en 2016

Juicebox.js Provides a Cloud-Based Visualization System for Hi-C Data

artículo científico publicado en 2018

Leveraging premalignant biology for immune-based cancer prevention

artículo científico publicado en 2016

MBRS-65. CHEMI-GENOMIC ANALYSIS OF PATIENT-DERIVED XENOGRAFTS TO IDENTIFY PERSONALIZED THERAPIES FOR MEDULLOBLASTOMA.

artículo científico publicado en 2018

MYC regulation of a "poor-prognosis" metastatic cancer cell state

artículo científico publicado en 2010

Medulloblastoma exome sequencing uncovers subtype-specific somatic mutations

artículo científico publicado en 2012

Metagene projection for cross-platform, cross-species characterization of global transcriptional states

artículo científico publicado en 2007

Metagenes and molecular pattern discovery using matrix factorization

scholarly article

MicroSCALE screening reveals genetic modifiers of therapeutic response in melanoma

artículo científico publicado en 2012

Molecular adaptations of striatal spiny projection neurons during levodopa-induced dyskinesia

artículo científico publicado en 2014

Molecular classification of cancer: class discovery and class prediction by gene expression monitoring

artículo científico publicado en 1999

Molecular classification of multiple tumor types

artículo científico publicado en 2001

Molecular signatures database (MSigDB) 3.0.

artículo científico publicado en 2011

Multiclass cancer diagnosis using tumor gene expression signatures

artículo científico publicado en 2001

OTX2 Activity at Distal Regulatory Elements Shapes the Chromatin Landscape of Group 3 Medulloblastoma

artículo científico publicado en 2017

PGC-1alpha-responsive genes involved in oxidative phosphorylation are coordinately downregulated in human diabetes

artículo científico publicado en 2003

Parallel genome-scale loss of function screens in 216 cancer cell lines for the identification of context-specific genetic dependencies

artículo científico publicado en 2014

Parallel genome-scale loss of function screens in 216 cancer cell lines for the identification of context-specific genetic dependencies

artículo científico publicado en 2014

Plasmodium falciparum gene expression measured directly from tissue during human infection

artículo científico publicado en 2014

Portraits of breast cancer progression

artículo científico publicado en 2007

Predicting relapse in patients with medulloblastoma by integrating evidence from clinical and genomic features

artículo científico publicado en 2011

Prediction of central nervous system embryonal tumour outcome based on gene expression

artículo científico publicado en 2002

Prediction of high-responding peptides for targeted protein assays by mass spectrometry

scientific article published on 25 January 2009

Prediction of response to therapy with ezatiostat in lower risk myelodysplastic syndrome

artículo científico publicado en 2012

Prognostically relevant gene signatures of high-grade serous ovarian carcinoma

artículo científico publicado en 2012

Proteomics, Post-translational Modifications, and Integrative Analyses Reveal Molecular Heterogeneity within Medulloblastoma Subgroups

scientific article published on 01 September 2018

Quantitative visualization of alternative exon expression from RNA-seq data

artículo científico publicado en 2015

RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure

artículo científico publicado en 2016

Reproducibility: In praise of open research measures

artículo científico publicado en 2013

Responses to Bacteria, Virus, and Malaria Distinguish the Etiology of Pediatric Clinical Pneumonia

artículo científico publicado en 2015

Role of Tet1/3 Genes and Chromatin Remodeling Genes in Cerebellar Circuit Formation

artículo científico publicado en 2015

Sequencing a genome by walking with clone-end sequences (abstract)

Sequencing a genome by walking with clone-end sequences: a mathematical analysis

artículo científico publicado en 1999

Subclass mapping: identifying common subtypes in independent disease data sets

artículo científico publicado en 2007

Systematic investigation of genetic vulnerabilities across cancer cell lines reveals lineage-specific dependencies in ovarian cancer

artículo científico publicado en 2011

Targeted tumor-penetrating siRNA nanocomplexes for credentialing the ovarian cancer oncogene ID4

artículo científico publicado en 2012

The Cancer Cell Line Encyclopedia enables predictive modelling of anticancer drug sensitivity

artículo científico publicado en 2012

The GenePattern Notebook Environment

artículo científico publicado en 2017

The Molecular Signatures Database (MSigDB) hallmark gene set collection

artículo científico publicado en 2015

The limitations of simple gene set enrichment analysis assuming gene independence

artículo científico publicado en 2012

Transcriptional Categorization of the Etiology of Pneumonia Syndrome in Pediatric Patients in Malaria-Endemic Areas

artículo científico publicado en 2016

Transcriptional profiling of Plasmodium falciparum parasites from patients with severe malaria identifies distinct low vs. high parasitemic clusters

artículo científico publicado en 2012

Using GenePattern for gene expression analysis

scientific article published on June 2008

Variant Review with the Integrative Genomics Viewer

artículo científico publicado en 2017

Whole-genome sequence assembly for mammalian genomes: Arachne 2.

artículo científico publicado en 2003

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