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Lista de obras de Alex Bateman

A comparison of Pfam and MEROPS: two databases, one comprehensive, and one specialised ⬇️

artículo científico publicado el 9 de mayo de 2003

A member of the immunoglobulin superfamily in bacteriophage T4

artículo científico publicado en 1997

A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

artículo científico publicado en 2022

A subgroup of light-driven sodium pumps with an additional Schiff base counterion

artículo científico publicado en 2024

Acetylation of Surface Carbohydrates in Bacterial Pathogens Requires Coordinated Action of a Two-Domain Membrane-Bound Acyltransferase

artículo científico publicado en 2020

Alternative splicing of intrinsically disordered regions and rewiring of protein interactions

artículo científico

An introduction to hidden Markov models

artículo científico publicado en 2007

An update from the Bioinformatics Editors

artículo científico publicado en 2005

AntiFam: a tool to help identify spurious ORFs in protein annotation

artículo científico publicado en 2012

Asparagine peptide lyases: a seventh catalytic type of proteolytic enzymes

artículo científico publicado en 2011

Bacterial Pleckstrin Homology Domains: A Prokaryotic Origin for the PH Domain

artículo científico publicado en 2010

Bacterial retrons encode phage-defending tripartite toxin–antitoxin systems

artículo científico publicado en 2022

Biocurators and biocuration: surveying the 21st century challenges

artículo científico publicado en 2012

Bioimage informatics: a new category in Bioinformatics ⬇️

artículo científico publicado en 2012

Bioinformatics for next generation sequencing

artículo científico publicado en 2009

Bioinformatics--The new home for protein sequence motifs

artículo científico publicado en 2006

CASP2 knowledge-based approach to distant homology recognition and fold prediction in CASP4.

artículo científico publicado en 2001

Caenorhabditis elegans AF4/FMR2 Family Homolog affl-2 Regulates Heat Shock Induced Gene Expression

artículo científico publicado en 2020

Cloud computing

artículo científico publicado en 2009

Comparative analysis of the polycystic kidney disease 1 (PKD1) gene reveals an integral membrane glycoprotein with multiple evolutionary conserved domains

artículo científico publicado en 1997

Complete genome sequence of the model actinomycete Streptomyces coelicolor A3(2) ⬇️

artículo científico publicado en 2002

Computational Strategies to Combat COVID-19: Useful Tools to Accelerate SARS-CoV-2 and Coronavirus Research

artículo científico publicado en 2020

Computational strategies to combat COVID-19: useful tools to accelerate SARS-CoV-2 and coronavirus research

artículo científico publicado en 2021

Corticostatic peptides ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1991

Corticostatic peptides cause nifedipine-sensitive volume reduction in jejunal villus enterocytes ⬇️

artículo científico publicado el 15 de enero de 1991

Corticostatins/defensins inhibit in vitro NK activity and cytokine production by human peripheral blood mononuclear cells

artículo científico publicado en 1996

Creating a specialist protein resource network: a meeting report for the protein bioinformatics and community resources retreat

artículo científico publicado en 2015

Cryo-EM structures of human RNA polymerase III in its unbound and transcribing states

artículo científico publicado en 2021

Curators of the world unite: the International Society of Biocuration

artículo científico publicado en 2010

DATABASE, The Journal of Biological Databases and Curation, is now the official journal of the International Society for Biocuration.

artículo científico publicado en 2013

DUFs: families in search of function

artículo científico publicado en 2010

Database Commons: A Catalog of Worldwide Biological Databases

artículo científico publicado en 2022

Databases, data tombs and dust in the wind

artículo científico publicado en 2008

Defining the remarkable structural malleability of a bacterial surface protein Rib domain implicated in infection ⬇️

scientific article published on 09 December 2019

Discovery of fibrillar adhesins across bacterial species

artículo científico publicado en 2021

Distant homology recognition using structural classification of proteins

artículo científico publicado en 1997

Distant homology recognition using structural classification of proteins

artículo científico publicado en 1997

Domain atrophy creates rare cases of functional partial protein domains

artículo científico publicado en 2015

Domain shuffling of a highly mutable ligand‐binding fold drives adhesin generation across the bacterial kingdom

artículo científico publicado en 2023

Domains in gene silencing and cell differentiation proteins: the novel PAZ domain and redefinition of the Piwi domain

artículo científico publicado en 2000

Dosage sensitivity shapes the evolution of copy-number varied regions.

artículo científico publicado en 2010

EDITORIAL

artículo científico publicado en 2006

EDITORIAL

artículo científico publicado en 2007

Editorial

artículo científico publicado en 2004

Editorial

artículo científico publicado en 2007

Enhanced protein domain discovery by using language modeling techniques from speech recognition.

artículo científico publicado en 2003

Enhanced protein domain discovery using taxonomy

artículo científico publicado en 2004

Eros is a novel transmembrane protein that controls the phagocyte respiratory burst and is essential for innate immunity

artículo científico publicado en 2017

Expanding the repertoire of human tandem repeat RNA-binding proteins

artículo científico publicado en 2023

Exploring Non-Coding RNAs in RNAcentral

artículo científico publicado en 2020

Fibronectin type III domains in yeast detected by a hidden Markov model

artículo científico publicado en 1996

Filling out the structural map of the NTF2-like superfamily

artículo científico publicado en 2013

GREENER principles for environmentally sustainable computational science

Gene Families

artículo científico publicado en 2005

Gene Ontology Consortium: going forward

artículo científico publicado en 2015

Gene Unprediction with Spurio: A tool to identify spurious protein sequences

artículo científico publicado en 2018

Genome of Acanthamoeba castellanii highlights extensive lateral gene transfer and early evolution of tyrosine kinase signaling

artículo científico publicado en 2013

Granulins, a novel class of peptide from leukocytes

artículo científico publicado en 1990

HMM-based databases in InterPro

artículo científico publicado en 2002

HMMER web server: 2015 update

artículo científico publicado en 2015

HOMSTRAD: adding sequence information to structure-based alignments of homologous protein families.

artículo científico publicado en 2001

Highly accurate protein structure prediction for the human proteome

How to use the MEROPS database and website to help understand peptidase specificity

scientific article published on 13 September 2020

INCREASING THE IMPACT OF BIOINFORMATICS

artículo científico publicado en 2005

ISCB computational biology Wikipedia competition

artículo científico publicado en 2013

Identifying Protein Domains with the Pfam Database

artículo científico publicado en 2008

Identifying protein domains with the Pfam database

artículo científico publicado en 2003

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2011: new developments in the family and domain prediction database

artículo científico publicado en 2012

InterPro in 2017-beyond protein family and domain annotations

artículo científico publicado en 2016

InterPro, progress and status in 2005

artículo científico publicado en 2005

InterPro--an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2000

InterPro: an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2002

InterPro: the integrative protein signature database

artículo científico publicado en 2009

Isolation and Characterization of Three Forms of Joining Peptide from Adult Human Pituitaries: Lack of Adrenal Androgen-Stimulating Activity* ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 1991

Isolation and biological activity of corticostatic peptides (anti-ACTH).

artículo científico publicado en 1989

Isolation and sequence of the granulin precursor cDNA from human bone marrow reveals tandem cysteine-rich granulin domains ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 1992

Key challenges for the creation and maintenance of specialist protein resources

artículo científico publicado en 2015

LUD, a new protein domain associated with lactate utilization

artículo científico publicado en 2013

Large-scale screening for novel low-affinity extracellular protein interactions

artículo científico publicado en 2008

MEROPS: the database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors

artículo científico publicado en 2012

MEROPS: the database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors

artículo científico publicado en 2014

MEROPS: the peptidase database

artículo científico publicado en 2010

Making your database available through Wikipedia: the pros and cons ⬇️

artículo científico publicado el 5 de diciembre de 2011

Members of the immunoglobulin superfamily in bacteria

artículo científico publicado en 1996

Membrane-bound progesterone receptors contain a cytochrome b5-like ligand-binding domain

artículo científico publicado en 2002

Metazoan Scc4 homologs link sister chromatid cohesion to cell and axon migration guidance

artículo científico publicado en 2006

Mining the draft human genome

artículo científico publicado en 2001

Modelling structural rearrangements in proteins using Euclidean distance matrices

artículo científico publicado en 2020

New Leadership for Bioinformatics

artículo científico publicado en 2004

New developments in the InterPro database

artículo científico publicado en 2007

New knowledge from old: in silico discovery of novel protein domains in Streptomyces coelicolor

artículo científico publicado en 2003

Non-Coding RNA Analysis Using the Rfam Database

article

On expert curation and scalability: UniProtKB/Swiss-Prot as a case study ⬇️

artículo científico publicado en 2017

On expert curation and sustainability: UniProtKB/Swiss-Prot as a case study

artículo científico publicado en 2016

Origins of peptidases

scientific article published on 01 August 2019

Outline structure of the human L1 cell adhesion molecule and the sites where mutations cause neurological disorders

artículo científico publicado en 1996

Outline structures for the extracellular domains of the fibroblast growth factor receptors

artículo científico publicado en 1995

Patterns of database citation in articles and patents indicate long-term scientific and industry value of biological data resources

artículo científico publicado en 2016

Pepsin homologues in bacteria

artículo científico publicado en 2009

Perspectives on tracking data reuse across biodata resources

Pfam 10 years on: 10,000 families and still growing

artículo científico publicado en 2008

Pfam 3.1: 1313 multiple alignments and profile HMMs match the majority of proteins

artículo científico publicado en 1999

Pfam: The protein families database in 2021

artículo científico publicado en 2020

Pfam: clans, web tools and services

artículo científico publicado en 2006

Pfam: multiple sequence alignments and HMM-profiles of protein domains

artículo científico publicado en 1998

Pfam: the protein families database

artículo científico publicado en 2014

Phospholipid scramblases and Tubby-like proteins belong to a new superfamily of membrane tethered transcription factors

artículo científico publicado en 2009

Post-translational modification of bovine pro-opiomelanocortin. Tyrosine sulfation and pyroglutamate formation, a mass spectrometric study

scientific article published on 01 December 1990

Predicting active site residue annotations in the Pfam database

artículo científico publicado en 2007

Protein interactions in human genetic diseases.

artículo científico publicado en 2008

Purification of cationic cystine-rich peptides from rat bone marrow. Primary structures and biological activity of the rat corticostatin family of peptides

artículo científico publicado el 2 de julio de 1992

Quantifying the mechanisms of domain gain in animal proteins

artículo científico publicado en 2010

QuickTree: building huge Neighbour-Joining trees of protein sequences

artículo científico publicado en 2002

RK-2: a novel rabbit kidney defensin and its implications for renal host defense

artículo científico publicado en 1998

RNAcentral: A vision for an international database of RNA sequences

artículo científico publicado en 2011

RNAcentral: a comprehensive database of non-coding RNA sequences

artículo científico publicado en 2017

RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences

artículo científico publicado en 2018

RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences

scholarly article published in Nucleic Acids Research

RNAcentral: an international database of ncRNA sequences

artículo científico publicado en 2014

RNIE: genome-wide prediction of bacterial intrinsic terminators

artículo científico publicado en 2011

Rapid identification of novel protein families using similarity searches

artículo científico publicado en 2018

Recent advances in biocuration: meeting report from the Fifth International Biocuration Conference

artículo científico publicado en 2012

Reuse of structural domain-domain interactions in protein networks

artículo científico publicado en 2007

Rfam 11.0: 10 years of RNA families

artículo científico publicado en 2013

Rfam 12.0: updates to the RNA families database

artículo científico publicado en 2015

Rfam 13.0: shifting to a genome-centric resource for non-coding RNA families

artículo científico publicado en 2017

Rfam 14: expanded coverage of metagenomic, viral and microRNA families

artículo científico publicado en 2020

Rfam 15: RNA families database in 2025

artículo científico publicado en 2024

Rfam: Wikipedia, clans and the "decimal" release

artículo científico publicado en 2011

Rfam: an RNA family database

artículo científico publicado en 2003

Rfam: annotating non-coding RNAs in complete genomes

artículo científico publicado en 2005

Rfam: updates to the RNA families database

artículo científico publicado en 2009

SCOOP: a simple method for identification of novel protein superfamily relationships

artículo científico publicado en 2007

Searching databases to find protein domain organization

artículo científico publicado en 2000

SnoPatrol: how many snoRNA genes are there?

artículo científico publicado en 2010

Software patents in Bioinformatics

artículo científico publicado en 2006

Solution structure of human myeloid-derived growth factor suggests a conserved function in the endoplasmic reticulum

scientific article published on 09 December 2019

Structural and functional analysis of a promoter of the human granulin/epithelin gene

artículo científico publicado en 1996

Structural genomics meets computational biology

artículo científico publicado en 2006

Structure and computational analysis of a novel protein with metallopeptidase-like and circularly permuted winged-helix-turn-helix domains reveals a possible role in modified polysaccharide biosynthesis

artículo científico publicado en 2014

Structure and distribution of pentapeptide repeats in bacteria ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 1998

Structure of a novel human granulocyte peptide with anti-ACTH activity

artículo científico publicado en 1988

Structure of the Escherichia coli ProQ RNA-binding protein

artículo científico publicado en 2017

TADOSS: computational estimation of tandem domain swap stability

artículo científico publicado en 2019

TOWARDS COORDINATED INTERNATIONAL SUPPORT OF CORE DATA RESOURCES FOR THE LIFE SCIENCES

artículo científico publicado en 2017

Tandem domain swapping: determinants of multidomain protein misfolding

artículo científico publicado en 2019

Tandem repeats lead to sequence assembly errors and impose multi-level challenges for genome and protein databases

artículo científico publicado en 2019

Ten simple rules for chairing a scientific session

artículo científico publicado en 2009

Ten simple rules for editing Wikipedia ⬇️

artículo científico publicado en 2010

Ten simple rules to make your computing more environmentally sustainable

artículo científico publicado en 2021

The BON domain: a putative membrane-binding domain

artículo científico publicado en 2003

The CHAP domain: a large family of amidases including GSP amidase and peptidoglycan hydrolases

artículo científico publicado en 2003

The COMBREX project: design, methodology, and initial results

artículo científico publicado en 2013

The DUTT1 gene, a novel NCAM family member is expressed in developing murine neural tissues and has an unusually broad pattern of expression

artículo científico publicado en 1998

The ENTH domain

artículo científico publicado en 2002

The European Bioinformatics Institute (EMBL-EBI) in 2021

artículo científico publicado en 2021

The G5 domain: a potential N-acetylglucosamine recognition domain involved in biofilm formation

artículo científico publicado en 2004

The Gene Ontology knowledgebase in 2023

scientific article published in 2023

The HMMER Web Server for Protein Sequence Similarity Search

artículo científico publicado en 2017

The Hotdog fold: wrapping up a superfamily of thioesterases and dehydratases

artículo científico publicado en 2004

The Human RNA-Binding Proteome and Its Dynamics During Arsenite-Induced Translational Arrest

The Human RNA-Binding Proteome and Its Dynamics during Translational Arrest

artículo científico publicado en 2018

The Importance of Biological Databases in Biological Discovery

artículo científico publicado en 2015

The InterPro database, 2003 brings increased coverage and new features

artículo científico publicado en 2003

The InterPro database, an integrated documentation resource for protein families, domains and functional sites

artículo científico publicado en 2001

The InterPro protein families and domains database: 20 years on

artículo científico publicado en 2020

The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years

artículo científico publicado en 2015

The MEROPS database of proteolytic enzymes, their substrates and inhibitors in 2017 and a comparison with peptidases in the PANTHER database.

artículo científico publicado en 2017

The PA domain: a protease-associated domain

artículo científico publicado en 2000

The PASTA domain: a beta-lactam-binding domain

artículo científico publicado en 2002

The PepSY domain: a regulator of peptidase activity in the microbial environment?

artículo científico publicado en 2004

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2004

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2012

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2010

The Pfam protein families database ⬇️

artículo científico publicado en 2008

The Pfam protein families database

artículo científico publicado en 2002

The Pfam protein families database in 2019

scholarly article by Sara El-Gebali et al published 24 October 2018 in Nucleic Acids Research

The Pfam protein families database.

artículo científico publicado en 2000

The Pfam protein families database: towards a more sustainable future

artículo científico publicado en 2015

The RNA WikiProject: community annotation of RNA families ⬇️

artículo científico publicado en 2008

The SGS3 protein involved in PTGS finds a family

artículo científico publicado en 2002

The SHOCT domain: a widespread domain under-represented in model organisms

artículo científico publicado en 2013

The SIS domain: a phosphosugar-binding domain

artículo científico publicado en 1999

The TROVE module: a common element in Telomerase, Ro and Vault ribonucleoproteins

artículo científico publicado en 2003

The YARHG domain: an extracellular domain in search of a function

artículo científico publicado en 2012

The challenge of increasing Pfam coverage of the human proteome

artículo científico publicado en 2013

The challenge of increasing Pfam coverage of the human proteome

artículo científico publicado en 2013

The characterisation of three types of genes that overlie copy number variable regions

artículo científico publicado en 2011

The corticostatic (anti-ACTH) and cytotoxic activity of peptides isolated from fetal, adult and tumor-bearing lung

scientific article published on 01 January 1987

The effect of HP-1 and related neutrophil granule peptides on DNA synthesis in HL60 cells

artículo científico publicado en 1991

The evolution of protein domain families.

artículo científico publicado en 2009

The immune-hypothalamic-pituitary-adrenal axis

artículo científico

The isolation and characterization of a novel corticostatin/defensin-like peptide from the kidney

artículo científico publicado en 1996

The isolation and identification of multiple forms of the neutrophil granule peptides from human leukemic cells

artículo científico publicado en 1991

The levels and biologic action of the human neutrophil granule peptide HP-1 in lung tumors ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 1992

The rise and fall of supervised machine learning techniques

artículo científico publicado en 2011

The structure of Jann_2411 (DUF1470) from Jannaschia sp. at 1.45 Å resolution reveals a new fold (the ABATE domain) and suggests its possible role as a transcription regulator

artículo científico publicado en 2010

The structure of a LysM domain from E. coli membrane-bound lytic murein transglycosylase D (MltD)

artículo científico publicado en 2000

The structure of a PKD domain from polycystin-1: implications for polycystic kidney disease

artículo científico publicado en 1999

The structure of a domain common to archaebacteria and the homocystinuria disease protein

artículo científico publicado en 1997

The structure of pyogenecin immunity protein, a novel bacteriocin-like immunity protein from Streptococcus pyogenes

artículo científico publicado en 2009

The systematic functional analysis of Plasmodium protein kinases identifies essential regulators of mosquito transmission

artículo científico publicado en 2010

The thrombospondin module 1 domain of the matricellular protein CCN3 shows an atypical disulfide pattern and incomplete CWR layers

artículo científico publicado en 2020

The tify family previously known as ZIM.

artículo científico publicado en 2007

The use of structure information to increase alignment accuracy does not aid homologue detection with profile HMMs

artículo científico publicado en 2002

Time to underpin Wikipedia wisdom ⬇️

artículo científico publicado el 9 de diciembre de 2010

Tissue-specific rewiring of signalling pathways through alternatively spliced disordered segments

artículo científico publicado en 2010

Tissue-specific splicing of disordered segments that embed binding motifs rewires protein interaction networks

artículo científico publicado en 2012

Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases

artículo científico publicado en 2011

Towards BioDBcore: a community-defined information specification for biological databases

artículo científico publicado en 2011

TreeFam v9: a new website, more species and orthology-on-the-fly

artículo científico publicado en 2014

Two Pfam protein families characterized by a crystal structure of protein lpg2210 from Legionella pneumophila

artículo científico publicado en 2013

Uncovering new families and folds in the natural protein universe

artículo científico publicado en 2023

UniProt-DAAC: domain architecture alignment and classification, a new method for automatic functional annotation in UniProtKB

artículo científico

Using the MEROPS Database for Proteolytic Enzymes and Their Inhibitors and Substrates

artículo científico publicado en 2014

Visualizing profile-profile alignment: pairwise HMM logos

artículo científico publicado en 2005

What is hidden in the darkness? Deep-learning assisted large-scale protein family curation uncovers novel protein families and folds

When will RNA get its AlphaFold moment?

artículo científico publicado en 2023

Yeast non-coding RNA interaction network

artículo científico

[In vitro effects of peptides of the corticostatin/defensin family on production of mitogen-induced cytokines]

scientific article published on 01 April 1995

[The autocrine-paracrine modulation of natural killer activity in man by peptides of the corticostatin-defensin family]

artículo científico publicado en 1993

iPfam: a database of protein family and domain interactions found in the Protein Data Bank

artículo científico publicado en 2014

iPfam: visualization of protein-protein interactions in PDB at domain and amino acid resolutions

artículo científico publicado en 2004

miRBase: microRNA sequences, targets and gene nomenclature

artículo científico publicado en 2006

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