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Lista de obras de Bonnie Berger

"Local rules" theory applied to polyomavirus polymorphic capsid assemblies

artículo científico publicado en 2000

2017 ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award given to Pavel Pevzner

artículo científico publicado en 2017

2017 ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award: Pavel Pevzner

artículo científico publicado en 2017

2017 ISCB Innovator Award: Aviv Regev

artículo científico publicado en 2017

2017 ISCB Innovator Award: Aviv Regev

2017 ISCB Overton Prize awarded to Christoph Bock

artículo científico publicado en 2017

2017 ISCB Overton Prize: Christoph Bock

artículo científico publicado en 2017

2017 Outstanding Contributions to ISCB Award: Fran Lewitter

artículo científico publicado en 2017

2017 Outstanding Contributions to ISCB Award: Fran Lewitter

artículo científico publicado en 2017

A Python-based programming language for high-performance computational genomics

artículo científico publicado en 2021

A computational framework for boosting confidence in high-throughput protein-protein interaction datasets

artículo científico publicado en 2012

A dictionary based approach for gene annotation

article

A gene expression profile of stem cell pluripotentiality and differentiation is conserved across diverse solid and hematopoietic cancers

artículo científico publicado en 2012

A global sampling approach to designing and reengineering RNA secondary structures

artículo científico publicado en 2012

A method for probing the mutational landscape of amyloid structure.

artículo científico publicado en 2011

A parameterized algorithm for protein structure alignment.

artículo científico publicado en 2007

A practical platform for blood biomarker study by using global gene expression profiling of peripheral whole blood

artículo científico publicado en 2009

A quantitative chaperone interaction network reveals the architecture of cellular protein homeostasis pathways

artículo científico publicado en 2014

A sampling framework for incorporating quantitative mass spectrometry data in protein interaction analysis

artículo científico publicado en 2013

A tree-decomposition approach to protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2005

ARACHNE: a whole-genome shotgun assembler

artículo científico publicado en 2002

Algorithms for protein structural motif recognition.

artículo científico publicado en 1995

Allelic decomposition and exact genotyping of highly polymorphic and structurally variant genes

artículo científico publicado en 2018

Allergic inflammatory memory in human respiratory epithelial progenitor cells

artículo científico publicado en 2018

An Evaluation Framework for Lossy Compression of Genome Sequencing Quality Values

artículo científico

An exact arithmetic toolbox for a consistent and reproducible structural analysis of metabolic network models

artículo científico publicado en 2014

An integrative approach to ortholog prediction for disease-focused and other functional studies

artículo científico publicado en 2011

An iterative method for improved protein structural motif recognition

An iterative method for improved protein structural motif recognition.

artículo científico publicado en 1997

Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans

artículo científico publicado en 2014

Ancient human genomes suggest three ancestral populations for present-day Europeans

Ancient west Eurasian ancestry in southern and eastern Africa

scientific article published on 03 February 2014

Assessing statistical significance in causal graphs

artículo científico publicado en 2012

Assessment of chemical mixtures and groundwater effects on Daphnia magna transcriptomics

artículo científico publicado en 2011

Automated real time constant-specificity surveillance for disease outbreaks

artículo científico publicado en 2007

BETASCAN: probable beta-amyloids identified by pairwise probabilistic analysis

artículo científico publicado en 2009

Building quantitative prediction models for tissue residue of two explosives compounds in earthworms from microarray gene expression data

artículo científico publicado en 2011

CHAINTWEAK: SAMPLING FROM THE NEIGHBOURHOOD OF A PROTEIN CONFORMATION

Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density in Diploid Genomes

artículo científico publicado en 2015

Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density in Diploid Genomes

Carnelian uncovers hidden functional patterns across diverse study populations from whole metagenome sequencing reads

artículo científico publicado en 2020

Compact Integration of Multi-Network Topology for Functional Analysis of Genes

artículo científico publicado en 2016

Comprehensive dissection of PDGF-PDGFR signaling pathways in PDGFR genetically defined cells

artículo científico publicado en 2008

Compressive genomics

artículo científico publicado en 2012

Compressive genomics for protein databases

artículo científico publicado en 2013

Compressive mapping for next-generation sequencing

scientific article published on April 2016

Computational Biology in the 21st Century: Scaling with Compressive Algorithms

artículo científico publicado en 2016

Computational analysis of noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2012

Computational solutions for omics data

artículo científico publicado en 2013

Conserved microRNA targeting in Drosophila is as widespread in coding regions as in 3'UTRs

artículo científico publicado en 2010

Conserved piRNA Expression from a Distinct Set of piRNA Cluster Loci in Eutherian Mammals

artículo científico publicado en 2015

CrossPlan: Systematic Planning of Genetic Crosses to Validate Mathematical Models

artículo científico publicado en 2018

Density-equalizing Euclidean minimum spanning trees for the detection of all disease cluster shapes

artículo científico publicado en 2007

Development of simulation tools for virus shell assembly. Final report

article

Diffusion Component Analysis: Unraveling Functional Topology in Biological Networks

article by Hyunghoon Cho et al published April 2015 in Lecture Notes in Computer Science

Discovering What Dimensionality Reduction Really Tells Us About RNA-Seq Data

artículo científico publicado en 2015

Efficient Algorithms for Probing the RNA Mutation Landscape

artículo científico publicado en 2008

Efficient Bayesian mixed-model analysis increases association power in large cohorts.

artículo científico publicado en 2015

Efficient Design of Compact Unstructured RNA Libraries Covering All k-mers

artículo científico publicado en 2015

Efficient integration of heterogeneous single-cell transcriptomes using Scanorama.

artículo científico publicado en 2019

Efficient moment-based inference of admixture parameters and sources of gene flow

artículo científico publicado en 2013

Efficient traversal of beta-sheet protein folding pathways using ensemble models

artículo científico publicado en 2011

Emerging technologies towards enhancing privacy in genomic data sharing

artículo científico publicado en 2019

Enabling Privacy-Preserving GWASs in Heterogeneous Human Populations

artículo científico publicado en 2016

Enhancing Evolutionary Couplings with Deep Convolutional Neural Networks

artículo científico publicado en 2017

Entropy-scaling search of massive biological data ⬇️

artículo científico publicado en 2015

Exercise makes you feel good, but does feeling good make you exercise?: an examination of obese dieters

artículo científico publicado en 2007

Explicitly disentangling image content from translation and rotation with spatial-VAE ⬇️

artículo científico publicado en 2019

Exploiting ontology graph for predicting sparsely annotated gene function

artículo científico publicado en 2015

Fast and accurate algorithms for protein side-chain packing

scholarly article by Jinbo Xu & Bonnie Berger published 1 July 2006 in Journal of the ACM

Fast characterization of segmental duplications in genome assemblies

scholarly article by Ibrahim Numanagic published in September 2018

Fast genotyping of known SNPs through approximate k-mer matching

artículo científico publicado en 2016

Finding RNA structure in the unstructured RBPome

artículo científico publicado en 2018

Fold recognition and accurate sequence-structure alignment of sequences directing beta-sheet proteins.

artículo científico publicado en 2006

GLOBAL ALIGNMENT OF MULTIPLE PROTEIN INTERACTION NETWORKS

Generalizable and Scalable Visualization of Single-Cell Data Using Neural Networks

artículo científico publicado en 2018

Generalizable visualization of mega-scale single-cell data

Genetic determinants of phosphate response in Drosophila

artículo científico publicado en 2013

Genetic evidence for recent population mixture in India

artículo científico publicado en 2013

Genome-Scale Networks Link Neurodegenerative Disease Genes to α-Synuclein through Specific Molecular Pathways

artículo científico publicado en 2017

Genomics in 2011: challenges and opportunities

artículo científico publicado en 2011

Geometric Sketching Compactly Summarizes the Single-Cell Transcriptomic Landscape

artículo científico publicado en 2019

Global alignment of multiple protein interaction networks with application to functional orthology detection

artículo científico publicado en 2008

Global alignment of multiple protein interaction networks.

artículo científico publicado en 2008

HapTree-X: An Integrative Bayesian Framework for Haplotype Reconstruction from Transcriptome and Genome Sequencing Data

article published in 2015

HapTree: A Novel Bayesian Framework for Single Individual Polyplotyping Using NGS Data

HapTree: a novel Bayesian framework for single individual polyplotyping using NGS data

artículo científico publicado en 2014

Herpesviral protein networks and their interaction with the human proteome

artículo científico publicado en 2005

HiCapTools: a software suite for probe design and proximity detection for targeted chromosome conformation capture applications.

artículo científico publicado en 2018

Hopper: a mathematically optimal algorithm for sketching biological data

artículo científico publicado en 2020

ISCB Ebola Award for Important Future Research on the Computational Biology of Ebola Virus

artículo científico publicado en 2015

ISCB Ebola Award for Important Future Research on the Computational Biology of Ebola Virus

artículo científico publicado en 2015

ISCB's Initial Reaction to The New England Journal of Medicine Editorial on Data Sharing

artículo científico publicado en 2016

ISCB's initial reaction to New England Journal of Medicine editorial on data sharing

artículo científico publicado en 2016

ISCB's initial reaction to New England Journal of Medicine editorial on data sharing

artículo científico publicado en 2016

ISMB 2012 Proceedings Papers Committee. July 15 to July 19, 2012, Long Beach, CA, USA. Editorial

artículo científico publicado en 2012

Identification of protein complexes by integrating multiple alignment of protein interaction networks

artículo científico publicado en 2017

Improved haplotype inference by exploiting long-range linking and allelic imbalance in RNA-seq datasets

scientific article published on 16 September 2020

Improving the power of GWAS and avoiding confounding from population stratification with PC-Select

artículo científico publicado en 2014

Inference of RhoGAP/GTPase regulation using single-cell morphological data from a combinatorial RNAi screen

artículo científico publicado en 2010

Inferring admixture histories of human populations using linkage disequilibrium

artículo científico publicado en 2013

Integrated single-cell analysis of multicellular immune dynamics during hyperacute HIV-1 infection

scientific article published on 23 March 2020

Integrative analysis of genetic data sets reveals a shared innate immune component in autism spectrum disorder and its co-morbidities

artículo científico publicado en 2016

IsoBase: a database of functionally related proteins across PPI networks

artículo científico publicado en 2011

IsoRankN: spectral methods for global alignment of multiple protein networks

artículo científico publicado en 2009

Joker de Bruijn: Covering k-Mers Using Joker Characters

article

Joker de Bruijn: Sequence Libraries to Cover All k-mers Using Joker Characters

artículo científico publicado en 2017

Kpax3: Bayesian bi-clustering of large sequence datasets

artículo científico publicado en 2018

LOCAL OPTIMIZATION FOR GLOBAL ALIGNMENT OF PROTEIN INTERACTION NETWORKS

LTHREADER: PREDICTION OF LIGAND-RECEPTOR INTERACTIONS USING LOCALIZED THREADING

LTHREADER: prediction of extracellular ligand-receptor interactions in cytokines using localized threading

artículo científico publicado en 2007

LTHREADER: prediction of ligand-receptor interactions using localized threading.

artículo científico publicado en 2007

Large-Margin Classification in Hyperbolic Space

scientific article published on 01 April 2019

Large-scale identification of genetic design strategies using local search

artículo científico publicado en 2009

Latent Variable Model for Aligning Barcoded Short-Reads Improves Downstream Analyses

LearnCoil-VMF: computational evidence for coiled-coil-like motifs in many viral membrane-fusion proteins

article

Learning Mutational Semantics ⬇️

Levenshtein Distance, Sequence Comparison and Biological Database Search

artículo científico publicado en 2020

Local optimization for global alignment of protein interaction networks.

artículo científico publicado en 2010

Local rules simulation of the kinetics of virus capsid self-assembly

artículo científico publicado en 1998

Low-Density Locality-Sensitive Hashing Boosts Metagenomic Binning

MSARI: multiple sequence alignments for statistical detection of RNA secondary structure

artículo científico publicado en 2004

Making sense out of massive data by going beyond differential expression

artículo científico publicado en 2012

Markov random fields reveal an N-terminal double beta-propeller motif as part of a bacterial hybrid two-component sensor system

artículo científico publicado en 2010

Matt: local flexibility aids protein multiple structure alignment.

artículo científico publicado en 2008

Message from the ISCB: 2017 ISCB Accomplishment by a Senior Scientist Award Given to Pavel Pevzner

artículo científico publicado en 2017

Message from the ISCB: 2017 ISCB Innovator Award Given to Aviv Regev

artículo científico publicado en 2017

Message from the ISCB: 2017 ISCB Overton Prize Awarded to Christoph Bock

artículo científico publicado en 2017

Message from the ISCB: 2017 Outstanding Contributions to ISCB Award Given to Fran Lewitter

artículo científico publicado en 2017

Message from the ISCB: ISCB Ebola award for important future research on the computational biology of Ebola virus

artículo científico publicado en 2015

Meta-analysis of C. elegans single-cell developmental data reveals multi-frequency oscillation in gene activation

artículo científico publicado en 2019

MetaMerge: scaling up genome-scale metabolic reconstructions, with application to Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2012

Metabolic Network Analysis Demystified

Metagenomic binning through low-density hashing.

artículo científico publicado en 2019

Methods in comparative genomics: genome correspondence, gene identification and regulatory motif discovery.

artículo científico publicado en 2004

Modeling Amorphization of Tetrahedral Structures Using Local Approaches

Modeling ensembles of transmembrane beta-barrel proteins.

artículo científico publicado en 2008

MultiCoil: a program for predicting two- and three-stranded coiled coils

artículo científico publicado en 1997

Multicoil2: predicting coiled coils and their oligomerization states from sequence in the twilight zone.

artículo científico publicado en 2011

Network topology and parameter estimation: from experimental design methods to gene regulatory network kinetics using a community based approach

artículo científico publicado en 2014

Novel Perspectives on Protein Structure Prediction

One Size Doesn't Fit All: Measuring Individual Privacy in Aggregate Genomic Data

scientific article published on 20 July 2015

Opposing effects of glutamine and asparagine govern prion formation by intrinsically disordered proteins

artículo científico publicado en 2011

Optimal contact map alignment of protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2008

Optimized Sequence Library Design for Efficient In Vitro Interaction Mapping

artículo científico publicado en 2017

Optimizing a global alignment of protein interaction networks

artículo científico publicado en 2013

PROBABILISTIC MODELING OF SYSTEMATIC ERRORS IN TWO-HYBRID EXPERIMENTS

Pertactin beta-helix folding mechanism suggests common themes for the secretion and folding of autotransporter proteins

artículo científico publicado en 2006

Phenotype prediction using regularized regression on genetic data in the DREAM5 Systems Genetics B Challenge

artículo científico publicado en 2011

Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

artículo científico publicado en 2019

Positive-unlabeled convolutional neural networks for particle picking in cryo-electron micrographs

Predicting and annotating catalytic residues: an information theoretic approach.

artículo científico publicado en 2007

Predicting the beta-helix fold from protein sequence data

artículo científico publicado en 2002

Predicting the β-helix fold from protein sequence data

Predicting transmembrane beta-barrels and interstrand residue interactions from sequence

artículo científico publicado en 2006

Preface: 14th International Conference on Research in Computational Molecular Biology (RECOMB 2010) ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2011

Principles of Systems Biology, No. 31

scientific article published on 01 August 2018

Privacy-Preserving Biomedical Database Queries with Optimal Privacy-Utility Trade-Offs

scientific article published on 28 April 2020

Probabilistic modeling of systematic errors in two-hybrid experiments.

artículo científico publicado en 2007

Protecting Genomic Data Privacy with Probabilistic Modeling

Proteomic and functional genomic landscape of receptor tyrosine kinase and ras to extracellular signal-regulated kinase signaling

artículo científico publicado en 2011

Quality score compression improves genotyping accuracy.

artículo científico publicado en 2015

RCK: accurate and efficient inference of sequence- and structure-based protein-RNA binding models from RNAcompete data.

artículo científico publicado en 2016

RNAiCut: automated detection of significant genes from functional genomic screens.

artículo científico publicado en 2009

RNAmutants: a web server to explore the mutational landscape of RNA secondary structures

scientific article published on 16 June 2009

Realizing privacy preserving genome-wide association studies

artículo científico publicado en 2016

Realizing private and practical pharmacological collaboration

artículo científico publicado en 2018

Reconstructing Austronesian population history in Island Southeast Asia

artículo científico publicado en 2014

Reconstructing Austronesian population history in Island Southeast Asia

article

Reconstructing Causal Biological Networks through Active Learning

artículo científico publicado en 2016

Reconstructing Roma history from genome-wide data

artículo científico publicado en 2013

Reconstruction of phyletic trees by global alignment of multiple metabolic networks

artículo científico publicado en 2013

Reply to "Do genome-scale models need exact solvers or clearer standards?".

artículo científico publicado en 2015

Revealing the spatial distribution of a disease while preserving privacy

artículo científico publicado en 2008

SARS-CoV-2 Receptor ACE2 Is an Interferon-Stimulated Gene in Human Airway Epithelial Cells and Is Detected in Specific Cell Subsets across Tissues

artículo científico publicado en 2020

SMURFLite: combining simplified Markov random fields with simulated evolution improves remote homology detection for beta-structural proteins into the twilight zone

artículo científico publicado en 2012

STITCHER: Dynamic assembly of likely amyloid and prion β-structures from secondary structure predictions

artículo científico publicado en 2011

STRUCT2NET: INTEGRATING STRUCTURE INTO PROTEIN-PROTEIN INTERACTION PREDICTION

Secure genome-wide association analysis using multiparty computation

artículo científico publicado en 2018

SemanticDx: a prototype to facilitate use of biostatistics at the point-of-care

artículo científico publicado en 2008

Sequencing a genome by walking with clone-end sequences (abstract)

Simultaneous alignment and folding of protein sequences

artículo científico publicado en 2014

Sparse Estimation for Structural Variability

Sparse estimation for structural variability

artículo científico publicado en 2011

Squeakr: an exact and approximate k-mer counting system

artículo científico publicado en 2018

Statistical Binning for Barcoded Reads Improves Downstream Analyses

scientific article published on 01 August 2018

Struct2Net: a web service to predict protein-protein interactions using a structure-based approach

artículo científico publicado en 2010

Struct2net: integrating structure into protein-protein interaction prediction.

artículo científico publicado en 2006

Structure-based prediction reveals capping motifs that inhibit β-helix aggregation

artículo científico publicado en 2011

Structure-based whole-genome realignment reveals many novel noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2013

Structured States of Disordered Proteins from Genomic Sequences

artículo científico publicado en 2016

TRILOGY: Discovery of sequence-structure patterns across diverse proteins.

artículo científico publicado en 2002

The Fourth Moment Method

article by Bonnie Berger published August 1997 in SIAM Journal on Computing

The association between mood states and physical activity in postmenopausal, obese, sedentary women.

artículo científico publicado en 2006

The genetic prehistory of southern Africa

artículo científico publicado en 2012

Tight Bounds for the Maximum Acyclic Subgraph Problem

Topaz-Denoise: general deep denoising models for cryoEM and cryoET

scientific article published on 15 October 2020

Traversing the k-mer Landscape of NGS Read Datasets for Quality Score Sparsification

artículo científico publicado en 2014

Two-Variance-Component Model Improves Genetic Prediction in Family Datasets.

artículo científico publicado en 2015

Unusually effective microRNA targeting within repeat-rich coding regions of mammalian mRNAs

artículo científico publicado en 2011

Visualization of clustered protocadherin neuronal self-recognition complexes

artículo científico publicado en 2019

Voices of biotech

artículo científico publicado en 2016

Widespread macromolecular interaction perturbations in human genetic disorders

scientific journal article

Wrap-and-Pack: a new paradigm for beta structural motif recognition with application to recognizing beta trefoils.

artículo científico publicado en 2005

diffloop: a computational framework for identifying and analyzing differential DNA loops from sequencing data

artículo científico publicado en 2018

iWRAP: An interface threading approach with application to prediction of cancer-related protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2010

transFold: a web server for predicting the structure and residue contacts of transmembrane beta-barrels

artículo científico publicado en 2006

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