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Lista de obras de Edward R. Dougherty

A CoD-based reduction algorithm for designing stationary control policies on Boolean networks

artículo científico publicado en 2010

A CoD-based stationary control policy for intervening in large gene regulatory networks ⬇️

artículo científico publicado el 18 de octubre de 2011

A Systems Biology Approach in Therapeutic Response Study for Different Dosing Regimens—a Modeling Study of Drug Effects on Tumor Growth using Hybrid Systems ⬇️

artículo científico publicado el 27 de febrero de 2012

A comparison study of optimal and suboptimal intervention policies for gene regulatory networks in the presence of uncertainty

artículo científico publicado en 2014

A systematic model of the LC-MS proteomics pipeline

artículo científico publicado en 2012

Accelerated search for BaTiO3-based piezoelectrics with vertical morphotropic phase boundary using Bayesian learning

artículo científico publicado en 2016

Accurate and reliable cancer classification based on probabilistic inference of pathway activity

artículo científico publicado en 2009

Adaptive intervention in probabilistic boolean networks

artículo científico publicado en 2009

An Optimization-Based Framework for the Transformation of Incomplete Biological Knowledge into a Probabilistic Structure and Its Application to the Utilization of Gene/Protein Signaling Pathways in Discrete Phenotype Classification

artículo científico publicado en 2015

An experimental design framework for Markovian gene regulatory networks under stationary control policy

article

Analysis and modeling of time-course gene-expression profiles from nanomaterial-exposed primary human epidermal keratinocytes

artículo científico publicado en 2009

Analytical Study of Performance of Linear Discriminant Analysis in Stochastic Settings

artículo científico publicado en 2013

Application of the Bayesian MMSE estimator for classification error to gene expression microarray data ⬇️

artículo científico publicado el 5 de mayo de 2011

Assessing the efficacy of molecularly targeted agents on cell line-based platforms by using system identification

artículo científico publicado en 2012

BPDA - A Bayesian peptide detection algorithm for mass spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 29 de septiembre de 2010

BPDA2d—a 2D global optimization-based Bayesian peptide detection algorithm for liquid chromatograph–mass spectrometry ⬇️

artículo científico publicado el 6 de diciembre de 2011

Bayesian Regression with Network Prior: Optimal Bayesian Filtering Perspective

artículo científico publicado en 2016

Big data need big theory too

artículo científico publicado en 2016

Binarization of microarray data on the basis of a mixture model.

artículo científico publicado en 2003

Bolstered error estimation

Boolean relationships among genes responsive to ionizing radiation in the NCI 60 ACDS.

artículo científico publicado en 2004

Cancer therapy design based on pathway logic ⬇️

artículo científico publicado el 30 de diciembre de 2010

Causality, Randomness, Intelligibility, and the Epistemology of the Cell ⬇️

artículo científico publicado el 1 de junio de 2010

Characterization of drug efficacy regions based on dosage and frequency schedules

artículo científico publicado el 9 de noviembre de 2010

Characterization of the effectiveness of reporting lists of small feature sets relative to the accuracy of the prior biological knowledge.

artículo científico publicado en 2010

Chemopreventive n-3 polyunsaturated fatty acids reprogram genetic signatures during colon cancer initiation and progression in the rat.

artículo científico publicado en 2004

Classification of quantized small sample data

Classification with reject option in gene expression data

artículo científico publicado en 2008

Classifier Design Given an Uncertainty Class of Feature Distributions via Regularized Maximum Likelihood and the Incorporation of Biological Pathway Knowledge in Steady-State Phenotype Classification

artículo científico publicado en 2013

Coefficient of determination in nonlinear signal processing

article

Comparing automatic and manual image processing in FLARE assay analysis for colon carcinogenesis.

artículo científico publicado en 2005

Comparison of gene regulatory networks via steady-state trajectories

artículo científico

Conditioning-based modeling of contextual genomic regulation

artículo científico publicado en 2009

Confidence intervals for the true classification error conditioned on the estimated error

artículo científico publicado en 2006

Corrected small-sample estimation of the Bayes error

artículo científico publicado en 2003

Cross-validation under separate sampling: strong bias and how to correct it

artículo científico publicado en 2014

Decorrelation of the true and estimated classifier errors in high-dimensional settings

artículo científico

Design of binary filters by sequential basis expansion

Detecting Multivariate Gene Interactions in RNA-Seq Data Using Optimal Bayesian Classification

artículo científico publicado en 2015

Detecting periodic genes from irregularly sampled gene expressions: a comparison study

artículo científico publicado en 2008

Dynamical modeling of drug effect using hybrid systems

artículo científico publicado en 2012

Dynamical modeling of uncertain interaction-based genomic networks

artículo científico publicado en 2015

Effect of separate sampling on classification accuracy

artículo científico publicado en 2013

Efficient experimental design for uncertainty reduction in gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2015

Erratum to: Efficient experimental design for uncertainty reduction in gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2015

Estimating conditional probabilities for the detection of unfavorable copy number alterations in a targeted therapy

artículo científico publicado en 2013

Evaluating dynamic effects of copy number alterations on gene expression using a single transcription model

artículo científico publicado en 2012

Evaluating gene set enrichment analysis via a hybrid data model

artículo científico publicado en 2014

External control in Markovian genetic regulatory networks: the imperfect information case

artículo científico publicado en 2004

From biological pathways to regulatory networks ⬇️

artículo científico publicado el 15 de diciembre de 2010

Fuzzy intervention in biological phenomena

artículo científico publicado en 2012

Gene clustering based on clusterwide mutual information

artículo científico publicado en 2004

Gene perturbation and intervention in probabilistic Boolean networks

artículo científico publicado en 2002

Gene selection: a Bayesian variable selection approach

artículo científico publicado en 2003

Generating Boolean networks with a prescribed attractor structure

artículo científico publicado en 2005

Genetic regulatory networks

artículo científico publicado en 2007

Genetic test bed for feature selection

artículo científico publicado en 2006

Genomic signal processing

artículo científico publicado en 2009

Growing genetic regulatory networks from seed genes

artículo científico publicado en 2004

Guest Editorial-Special Collection Topic: Statistical Systems Theory in Cancer Modeling, Diagnosis, and Therapy.

artículo científico publicado en 2018

High-dimensional bolstered error estimation

artículo científico publicado en 2011

How many samples are needed to build a classifier: a general sequential approach

artículo científico publicado en 2004

Identification of combination gene sets for glioma classification.

artículo científico publicado en 2002

Identification of diagnostic subnetwork markers for cancer in human protein-protein interaction network ⬇️

artículo científico publicado el 7 de octubre de 2010

Identification of signature genes by microarray for acute myeloid leukemia without maturation and acute promyelocytic leukemia with t(15;17)(q22;q12)(PML/RARalpha).

artículo científico publicado en 2003

Identifying genes involved in cyclic processes by combining gene expression analysis and prior knowledge

artículo científico

Identifying mechanistic similarities in drug responses ⬇️

artículo científico publicado el 15 de mayo de 2012

Impact of missing value imputation on classification for DNA microarray gene expression data--a model-based study

artículo científico publicado en 2009

Incorporating biological prior knowledge for Bayesian learning via maximal knowledge-driven information priors

artículo científico publicado en 2017

Incorporating prior knowledge induced from stochastic differential equations in the classification of stochastic observations

artículo científico publicado en 2016

Incorporation of Biological Pathway Knowledge in the Construction of Priors for Optimal Bayesian Classification

artículo científico publicado en 2014

Inference from clustering with application to gene-expression microarrays

artículo científico publicado en 2002

Inference of Boolean networks using sensitivity regularization

artículo científico

Inference of a probabilistic Boolean network from a single observed temporal sequence

artículo científico

Inferring connectivity of genetic regulatory networks using information-theoretic criteria

artículo científico publicado en 2008

Inferring gene regulatory networks from time series data using the minimum description length principle

artículo científico publicado en 2006

Insight into redox-regulated gene networks in vascular cells

artículo científico publicado en 2007

Integrating Multiscale Modeling with Drug Effects for Cancer Treatment

artículo científico publicado en 2015

Intervention in Biological Phenomena Modeled by S-Systems ⬇️

artículo científico publicado el 17 de diciembre de 2010

Intervention in a family of Boolean networks

artículo científico publicado en 2005

Intervention in context-sensitive probabilistic Boolean networks

artículo científico publicado en 2004

Intervention in context-sensitive probabilistic Boolean networks revisited

artículo científico publicado en 2009

Intervention in gene regulatory networks via a stationary mean-first-passage-time control policy

artículo científico publicado en 2008

Intervention in gene regulatory networks via greedy control policies based on long-run behavior

artículo científico publicado en 2009

Intervention in gene regulatory networks via phenotypically constrained control policies based on long-run behavior

artículo científico publicado en 2011

Intervention in gene regulatory networks with maximal phenotype alteration

artículo científico publicado en 2013

Intrinsically Bayesian robust classifier for single-cell gene expression trajectories in gene regulatory networks.

artículo científico publicado en 2018

Intrinsically Multivariate Predictive Genes

article

Is cross-validation better than resubstitution for ranking genes?

artículo científico publicado en 2004

Is cross-validation valid for small-sample microarray classification?

artículo científico publicado en 2004

Learning restricted Boolean network model by time-series data

artículo científico publicado en 2014

MCMC implementation of the optimal Bayesian classifier for non-Gaussian models: model-based RNA-Seq classification

artículo científico publicado en 2014

Missing-value estimation using linear and non-linear regression with Bayesian gene selection

artículo científico publicado en 2003

Modeling and systematic analysis of biomarker validation using selected reaction monitoring

artículo científico publicado en 2014

Modeling the next generation sequencing sample processing pipeline for the purposes of classification

artículo científico publicado en 2013

Moments and Root-Mean-Square Error of the Bayesian MMSE Estimator of Classification Error in the Gaussian Model

scientific article published on June 2014

Morphological spot counting from stacked images for automated analysis of gene copy numbers by fluorescence in situ hybridization

artículo científico publicado en 2002

Multiple-rule bias in the comparison of classification rules ⬇️

artículo científico publicado el 5 de mayo de 2011

Newton, laplace, and the epistemology of systems biology

artículo científico publicado en 2012

Noise factor analysis for cDNA microarrays

artículo científico publicado en 2004

Noise-injected neural networks show promise for use on small-sample expression data

artículo científico publicado en 2006

Noninvasive detection of candidate molecular biomarkers in subjects with a history of insulin resistance and colorectal adenomas

scientific article published on 26 May 2009

Normalization benefits microarray-based classification

artículo científico publicado en 2006

On the epistemological crisis in genomics

artículo científico publicado en 2008

On the impoverishment of scientific education

artículo científico publicado en 2013

On the limitations of biological knowledge

artículo científico publicado en 2012

On the long-run sensitivity of probabilistic Boolean networks

artículo científico publicado en 2008

On the number of close-to-optimal feature sets.

artículo científico publicado en 2006

Optimal clustering with missing values.

artículo científico publicado en 2019

Optimal constrained stationary intervention in gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2008

Optimal intervention strategies for cyclic therapeutic methods

artículo científico publicado en 2008

Optimal number of features as a function of sample size for various classification rules

artículo científico publicado en 2004

Performance of feature selection methods

artículo científico publicado en 2009

Performance reproducibility index for classification

artículo científico publicado en 2012

Phenotype Classification Using Moment Features of Single-Cell Data.

artículo científico publicado en 2018

Probabilistic Boolean Networks: a rule-based uncertainty model for gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2002

Probabilistic reconstruction of the tumor progression process in gene regulatory networks in the presence of uncertainty

artículo científico publicado en 2011

Quantification of the impact of feature selection on the variance of cross-validation error estimation

artículo científico

RNAi microarray analysis in cultured mammalian cells

artículo científico publicado en 2003

Ratio statistics of gene expression levels and applications to microarray data analysis

artículo científico publicado en 2002

Recent advances in intervention in markovian regulatory networks

artículo científico publicado en 2009

Recovering genetic regulatory networks from chromatin immunoprecipitation and steady-state microarray data

artículo científico publicado en 2008

Reducing confounding and suppression effects in TCGA data: an integrated analysis of chemotherapy response in ovarian cancer

artículo científico publicado en 2012

Reporting bias when using real data sets to analyze classification performance

artículo científico publicado en 2009

Review of stochastic hybrid systems with applications in biological systems modeling and analysis

artículo científico publicado en 2017

Scalable Optimal Bayesian Classification of Single-Cell Trajectories under Regulatory Model Uncertainty

Scientific knowledge is possible with small-sample classification

artículo científico publicado en 2013

Sequential Experimental Design for Optimal Structural Intervention in Gene Regulatory Networks Based on the Mean Objective Cost of Uncertainty

article

Sequential Therapeutic Response Modeling for Tumor Treatment Using Computational Hybrid Control Systems Approach

artículo científico publicado en 2017

Simulation of cDNA microarrays via a parameterized random signal model

artículo científico publicado en 2002

Small-sample precision of ROC-related estimates

artículo científico publicado en 2010

Spectral analysis on time-course expression data: detecting periodic genes using a real-valued iterative adaptive approach

artículo científico publicado en 2013

Spectral preprocessing for clustering time-series gene expressions

artículo científico publicado en 2009

State reduction for network intervention in probabilistic Boolean networks ⬇️

artículo científico publicado el 17 de octubre de 2010

Steady-state analysis of genetic regulatory networks modelled by probabilistic boolean networks

artículo científico publicado en 2003

Stochastic modeling of the relationship between copy number and gene expression based on transcriptional logic

artículo científico publicado en 2011

Strong feature sets from small samples

artículo científico publicado en 2002

Superior feature-set ranking for small samples using bolstered error estimation

artículo científico publicado en 2004

Systematic reverse engineering of network topologies: a case study of resettable bistable cellular responses

artículo científico publicado en 2014

Systems biology for organotypic cell cultures

artículo científico publicado en 2016

The Illusion of Distribution-Free Small-Sample Classification in Genomics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de agosto de 2011

The Model-Based Study of the Effectiveness of Reporting Lists of Small Feature Sets Using RNA-Seq Data

artículo científico publicado en 2017

The impact of function perturbations in Boolean networks

artículo científico publicado en 2007

The role of certain Post classes in Boolean network models of genetic networks

artículo científico publicado en 2003

Time-Based Switching Control of Genetic Regulatory Networks: Toward Sequential Drug Intake for Cancer Therapy

artículo científico publicado en 2017

Tracking transcriptional activities with high-content epifluorescent imaging ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2012

Translational science: epistemology and the investigative process

artículo científico publicado en 2009

Unbiased bootstrap error estimation for linear discriminant analysis

artículo científico publicado en 2014

Unraveling gene-gene interactions regulated by ligands of the aryl hydrocarbon receptor

artículo científico publicado en 2004

Unraveling gene-gene interactions regulated by ligands of the aryl hydrocarbon receptor

article

Using the minimum description length principle to reduce the rate of false positives of best-fit algorithms

artículo científico publicado en 2014

Validation of gene regulatory network inference based on controllability

artículo científico publicado en 2013

Validation of gene regulatory networks: scientific and inferential ⬇️

artículo científico publicado el 22 de diciembre de 2010

Validation of inference procedures for gene regulatory networks

artículo científico publicado en 2007

What should be expected from feature selection in small-sample settings

artículo científico publicado en 2006

Which is better for cDNA-microarray-based classification: ratios or direct intensities

artículo científico publicado en 2004

Which is better: holdout or full-sample classifier design?

artículo científico

A fast Branch-and-Bound algorithm for U-curve feature selection ⬇️

artículo científico

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