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Lista de obras de Jeffrey Skolnick

A comprehensive survey of small-molecule binding pockets in proteins

artículo científico publicado en 2013

A knowledge-based approach for predicting gene-disease associations

artículo científico publicado en 2016

A minimal physically realistic protein-like lattice model: designing an energy landscape that ensures all-or-none folding to a unique native state

artículo científico publicado en 2003

A scoring function for docking ligands to low-resolution protein structures

artículo científico publicado en 2005

A threading-based method (FINDSITE) for ligand-binding site prediction and functional annotation

artículo científico publicado en 2007

A threading-based method for the prediction of DNA-binding proteins with application to the human genome.

artículo científico publicado en 2009

APoc: large-scale identification of similar protein pockets

artículo científico publicado en 2013

Ab initio modeling of small proteins by iterative TASSER simulations

artículo científico publicado en 2007

Ab initio protein structure prediction on a genomic scale: application to the Mycoplasma genitalium genome

artículo científico publicado en 2002

Ab initio protein structure prediction using chunk-TASSER

artículo científico publicado en 2007

Aerobic uranium (VI) bioprecipitation by metal-resistant bacteria isolated from radionuclide- and metal-contaminated subsurface soils

artículo científico publicado en 2007

Analysis of TASSER-based CASP7 protein structure prediction results.

artículo científico publicado en 2007

Application of sparse NMR restraints to large-scale protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2004

Are predicted protein structures of any value for binding site prediction and virtual ligand screening?

artículo científico publicado en 2013

Are protein-protein interfaces special regions on a protein's surface?

artículo científico publicado en 2015

Assessment of programs for ligand binding affinity prediction

artículo científico publicado en 2008

Automated structure prediction of weakly homologous proteins on a genomic scale

artículo científico publicado en 2004

Benchmarking of TASSER in the ab initio limit.

artículo científico publicado en 2007

Benchmarking of TASSER_2.0: an improved protein structure prediction algorithm with more accurate predicted contact restraints

artículo científico publicado en 2008

Benchmarking of dimeric threading and structure refinement

artículo científico publicado en 2006

Career accomplishments of Harold A. Scheraga

artículo científico publicado en 2012

Chemical space of Escherichia coli dihydrofolate reductase inhibitors: New approaches for discovering novel drugs for old bugs

artículo científico publicado en 2018

Comparison of lattice Monte Carlo dynamics and Brownian dynamics folding pathways of α-helical hairpins

article

Comparison of structure-based and threading-based approaches to protein functional annotation

artículo científico publicado en 2010

Comprehensive Structural and Functional Characterization of the Human Kinome by Protein Structure Modeling and Ligand Virtual Screening ⬇️

artículo científico publicado el 25 de octubre de 2010

Comprehensive prediction of drug-protein interactions and side effects for the human proteome

artículo científico publicado en 2015

Computer simulation of the folding of coiled coils

Computer simulations of protein folding with a small number of distance restraints

artículo científico publicado en 2002

Correction to Rational Design of Novel Allosteric Dihydrofolate Reductase Inhibitors Showing Antibacterial Effects on Drug-Resistant Escherichia coli Escape Variants.

artículo científico publicado en 2018

Correction: Structure Modeling of All Identified G Protein–Coupled Receptors in the Human Genome

artículo científico publicado en 2006

Cross-Reactivity Virtual Profiling of the Human Kinome by X-ReactKIN: A Chemical Systems Biology Approach ⬇️

artículo científico publicado el 8 de noviembre de 2010

Crowding and hydrodynamic interactions likely dominate in vivo macromolecular motion ⬇️

artículo científico publicado el 11 de octubre de 2010

DBD-Hunter: a knowledge-based method for the prediction of DNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2008

DNA Internal Motion Likely Accelerates Protein Target Search in a Packed Nucleoid

artículo científico publicado en 2017

Development and benchmarking of TASSER(iter) for the iterative improvement of protein structure predictions.

artículo científico publicado en 2007

Development and large scale benchmark testing of the PROSPECTOR_3 threading algorithm

artículo científico publicado en 2004

Development of a physics-based force field for the scoring and refinement of protein models

artículo científico publicado en 2008

Development of unified statistical potentials describing protein-protein interactions.

artículo científico publicado en 2003

Docking of small ligands to low-resolution and theoretically predicted receptor structures

artículo científico publicado en 2002

Dynamic simulation of concentrated macromolecular solutions with screened long-range hydrodynamic interactions: algorithm and limitations

artículo científico publicado en 2013

EFICAz2.5: application of a high-precision enzyme function predictor to 396 proteomes ⬇️

artículo científico publicado el 24 de agosto de 2012

EFICAz2: enzyme function inference by a combined approach enhanced by machine learning

artículo científico publicado en 2009

EFICAz: a comprehensive approach for accurate genome-scale enzyme function inference

artículo científico publicado en 2004

ENTPRISE-X: Predicting disease-associated frameshift and nonsense mutations.

artículo científico publicado en 2018

ENTPRISE: An Algorithm for Predicting Human Disease-Associated Amino Acid Substitutions from Sequence Entropy and Predicted Protein Structures

artículo científico publicado en 2016

Editorial overview

artículo científico publicado en 2009

Effects of confinement on models of intracellular macromolecular dynamics

artículo científico publicado en 2015

Efficient algorithm for the reconstruction of a protein backbone from the ?-carbon coordinates

Efficient prediction of nucleic acid binding function from low-resolution protein structures.

artículo científico publicado en 2006

Electrostatic Persistence Length of a Wormlike Polyelectrolyte

article published in 1977

Experimental validation of FINDSITE(comb) virtual ligand screening results for eight proteins yields novel nanomolar and micromolar binders

artículo científico publicado en 2014

FINDSITE(X): a structure-based, small molecule virtual screening approach with application to all identified human GPCRs

artículo científico publicado en 2012

FINDSITE(comb): a threading/structure-based, proteomic-scale virtual ligand screening approach

artículo científico publicado en 2012

FINDSITE: A New Approach for Virtual Ligand Screening of Proteins and Virtual Target Screening of Biomolecules

artículo científico publicado en 2018

FINDSITE: a combined evolution/structure-based approach to protein function prediction

artículo científico publicado en 2009

FINDSITE: a threading-based approach to ligand homology modeling

artículo científico publicado en 2009

FINDSITE‐metal: Integrating evolutionary information and machine learning for structure‐based metal‐binding site prediction at the proteome level ⬇️

artículo científico publicado el 6 de diciembre de 2010

Fast procedure for reconstruction of full-atom protein models from reduced representations.

artículo científico publicado en 2008

Fr-TM-align: a new protein structural alignment method based on fragment alignments and the TM-score

artículo científico publicado en 2008

From nonspecific DNA-protein encounter complexes to the prediction of DNA-protein interactions

artículo científico publicado en 2009

Further evidence for the likely completeness of the library of solved single domain protein structures

artículo científico publicado en 2012

GOAP: a generalized orientation-dependent, all-atom statistical potential for protein structure prediction

artículo científico publicado en 2011

GS-align for glycan structure alignment and similarity measurement.

artículo científico publicado en 2015

High precision multi-genome scale reannotation of enzyme function by EFICAz

artículo científico publicado en 2006

How Well is Enzyme Function Conserved as a Function of Pairwise Sequence Identity? ⬇️

artículo científico publicado el 31 de octubre de 2003

How special is the biochemical function of native proteins?

artículo científico publicado en 2016

Hurt, tired and queasy: Specific variants in the ATPase domain of the TRAP1 mitochondrial chaperone are associated with common, chronic "functional" symptomatology including pain, fatigue and gastrointestinal dysmotility

artículo científico publicado en 2015

Identification of metabolites with anticancer properties by computational metabolomics

artículo científico publicado en 2008

Implications of the small number of distinct ligand binding pockets in proteins for drug discovery, evolution and biochemical function

artículo científico publicado en 2015

Improving threading algorithms for remote homology modeling by combining fragment and template comparisons

artículo científico publicado en 2010

In quest of an empirical potential for protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2006

Insights into Disease-Associated Mutations in the Human Proteome through Protein Structural Analysis

artículo científico publicado en 2015

Insights into the slow-onset tight-binding inhibition of Escherichia coli dihydrofolate reductase: detailed mechanistic characterization of pyrrolo [3,2-f] quinazoline-1,3-diamine and its derivatives as novel tight-binding inhibitors

artículo científico publicado en 2015

Interplay of physics and evolution in the likely origin of protein biochemical function

artículo científico publicado en 2013

Krylov subspace methods for computing hydrodynamic interactions in Brownian dynamics simulations ⬇️

artículo científico publicado el 14 de agosto de 2012

LIGSIFT: an open-source tool for ligand structural alignment and virtual screening

artículo científico publicado en 2014

Large-scale assessment of the utility of low-resolution protein structures for biochemical function assignment.

artículo científico publicado en 2004

Learning Protein Folding Energy Functions

artículo científico publicado en 2011

Local energy landscape flattening: parallel hyperbolic Monte Carlo sampling of protein folding.

artículo científico publicado en 2002

M-TASSER: an algorithm for protein quaternary structure prediction

artículo científico publicado en 2007

MEDICASCY: A Machine Learning Approach for Predicting Small-Molecule Drug Side Effects, Indications, Efficacy, and Modes of Action

scientific article published on 02 April 2020

MULTIPROSPECTOR: an algorithm for the prediction of protein-protein interactions by multimeric threading

artículo científico publicado en 2002

Memories of Harold Scheraga

scientific article published on 17 March 2021

Metabolomics identifies the intersection of phosphoethanolamine with menaquinone-triggered apoptosis in an in vitro model of leukemia

artículo científico publicado en 2015

Microbial genomes have over 72% structure assignment by the threading algorithm PROSPECTOR_Q.

artículo científico publicado en 2004

Multimeric threading-based prediction of protein-protein interactions on a genomic scale: application to the Saccharomyces cerevisiae proteome

artículo científico publicado en 2003

New benchmark metrics for protein‐protein docking methods ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2011

Numerical study of the entropy loss of dimerization and the folding thermodynamics of the GCN4 leucine zipper

artículo científico publicado en 2002

On the importance of composite protein multiple ligand interactions in protein pockets

artículo científico publicado en 2016

On the importance of hydrodynamic interactions in lipid membrane formation

artículo científico publicado en 2013

On the origin and highly likely completeness of single-domain protein structures.

artículo científico publicado en 2006

On the role of physics and evolution in dictating protein structure and function

artículo científico publicado en 2014

Origin of intrinsic 3(10)-helix versus strand stability in homopolypeptides and its implications for the accuracy of the Amber force field

artículo científico publicado en 2007

PSiFR: an integrated resource for prediction of protein structure and function.

artículo científico publicado en 2010

Performance of the Pro-sp3-TASSER server in CASP8

artículo científico publicado en 2009

Perspective: On the importance of hydrodynamic interactions in the subcellular dynamics of macromolecules

artículo científico publicado en 2016

PoLi: A Virtual Screening Pipeline Based on Template Pocket and Ligand Similarity.

artículo científico publicado en 2015

Pocket detection and interaction-weighted ligand-similarity search yields novel high-affinity binders for Myocilin-OLF, a protein implicated in glaucoma

artículo científico publicado en 2017

Prediction of physical protein-protein interactions

artículo científico publicado en 2005

Protein Folding and Dynamics─An Overview on the Occasion of Harold Scheraga’s 100th Birthday

artículo científico publicado en 2023

Protein fragment reconstruction using various modeling techniques

artículo científico publicado en 2003

Protein model quality assessment prediction by combining fragment comparisons and a consensus C(alpha) contact potential

artículo científico publicado en 2008

Protein model refinement using an optimized physics-based all-atom force field

artículo científico publicado en 2008

Protein structure prediction by pro-Sp3-TASSER.

artículo científico publicado en 2009

Putting the pathway back into protein folding

artículo científico publicado en 2005

Q-Dock(LHM): Low-resolution refinement for ligand comparative modeling.

artículo científico publicado en 2010

Q-Dock: Low-resolution flexible ligand docking with pocket-specific threading restraints

artículo científico publicado en 2008

Rational Design of Novel Allosteric Dihydrofolate Reductase Inhibitors Showing Antibacterial Effects on Drug-Resistant Escherichia coli Escape Variants

artículo científico publicado en 2017

Reply to Zimmerman et al.: The space of single domain protein structures is continuous and highly connected.

artículo científico publicado en 2009

Repurposed FDA-approved drugs targeting genes influencing aging can extend lifespan and healthspan in rotifers

artículo científico publicado en 2018

Repurposing FDA-approved drugs for anti-aging therapies

scientific article published on 02 August 2016

Restricted N-glycan conformational space in the PDB and its implication in glycan structure modeling

artículo científico publicado en 2013

SPICKER: a clustering approach to identify near-native protein folds

artículo científico publicado en 2004

Segment assembly, structure alignment and iterative simulation in protein structure prediction

artículo científico publicado en 2013

Sliding of proteins non-specifically bound to DNA: Brownian dynamics studies with coarse-grained protein and DNA models

artículo científico publicado en 2014

Structural space of protein–protein interfaces is degenerate, close to complete, and highly connected ⬇️

artículo científico publicado el 13 de diciembre de 2010

Structure modeling of all identified G protein-coupled receptors in the human genome

artículo científico publicado en 2006

TASSER-Lite: an automated tool for protein comparative modeling

artículo científico publicado en 2006

TASSER-based refinement of NMR structures

artículo científico publicado en 2006

TASSER: an automated method for the prediction of protein tertiary structures in CASP6.

artículo científico publicado en 2005

TASSER_WT: a protein structure prediction algorithm with accurate predicted contact restraints for difficult protein targets ⬇️

artículo científico publicado el 3 de noviembre de 2010

TASSER_low-zsc: an approach to improve structure prediction using low z-score-ranked templates

artículo científico publicado en 2010

TM-align: a protein structure alignment algorithm based on the TM-score

artículo científico publicado en 2005

TOUCHSTONE II: a new approach to ab initio protein structure prediction

artículo científico publicado en 2003

TOUCHSTONE: a unified approach to protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2003

TOUCHSTONEX: protein structure prediction with sparse NMR data.

artículo científico publicado en 2003

Template-based protein structure modeling using TASSER(VMT.).

artículo científico publicado en 2011

Tertiary structure predictions on a comprehensive benchmark of medium to large size proteins

artículo científico publicado en 2004

The PDB is a covering set of small protein structures

artículo científico publicado en 2003

The continuity of protein structure space is an intrinsic property of proteins

artículo científico publicado en 2009

The crystal structure of a tetrahydrofolate-bound dihydrofolate reductase reveals the origin of slow product release

artículo científico publicado en 2018

The distribution of ligand-binding pockets around protein-protein interfaces suggests a general mechanism for pocket formation ⬇️

artículo científico publicado el 21 de febrero de 2012

The mosaic genome of Anaeromyxobacter dehalogenans strain 2CP-C suggests an aerobic common ancestor to the delta-proteobacteria

artículo científico publicado en 2008

The protein structure prediction problem could be solved using the current PDB library

artículo científico publicado en 2005

The utility of geometrical and chemical restraint information extracted from predicted ligand-binding sites in protein structure refinement

artículo científico publicado en 2010

Theory and simulation

artículo científico publicado en 2013

Tribute to Harold A. Scheraga

artículo científico publicado en 2020

Unfolding of globular proteins: monte carlo dynamics of a realistic reduced model

artículo científico publicado en 2003

Use of residual dipolar couplings as restraints in ab initio protein structure prediction.

artículo científico publicado en 2003

WeFold: a coopetition for protein structure prediction

artículo científico publicado en 2014

What is the relationship between the global structures of apo and holo proteins?

artículo científico publicado en 2008

Why Is There a Glass Ceiling for Threading Based Protein Structure Prediction Methods?

artículo científico publicado en 2016

Why not consider a spherical protein? Implications of backbone hydrogen bonding for protein structure and function ⬇️

artículo científico publicado el 8 de junio de 2011

iAlign: a method for the structural comparison of protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2010

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