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Lista de obras de Andrew J. Roger

A Eukaryote without a Mitochondrial Organelle.

artículo científico publicado en 2016

A Functional Tom70 in the Human Parasite Blastocystis sp.: Implications for the Evolution of the Mitochondrial Import Apparatus

artículo científico publicado en 2010

A New Divergent Type of Eukaryotic Methionine Adenosyltransferase is Present in Multiple Distantly Related Secondary Algal Lineages

artículo científico publicado en 2008

A SUF Fe-S cluster biogenesis system in the mitochondrion-related organelles of the anaerobic protist Pygsuia

artículo científico publicado en 2014

A Single Tim Translocase in the Mitosomes of Giardia intestinalis Illustrates Convergence of Protein Import Machines in Anaerobic Eukaryotes

artículo científico publicado en 2018

A class frequency mixture model that adjusts for site-specific amino acid frequencies and improves inference of protein phylogeny

artículo científico publicado en 2008

A cyanobacterial gene in nonphotosynthetic protists--an early chloroplast acquisition in eukaryotes?

artículo científico publicado en 2002

A genomic survey of the fish parasite Spironucleus salmonicida indicates genomic plasticity among diplomonads and significant lateral gene transfer in eukaryote genome evolution

artículo científico publicado en 2007

A large number of nuclear genes in the human parasite blastocystis require mRNA polyadenylation to create functional termination codons

artículo científico publicado en 2014

A natural toroidal microswimmer with a rotary eukaryotic flagellum

scientific article published on 10 June 2019

A phylogenetic mixture model for the identification of functionally divergent protein residues

artículo científico publicado en 2011

A phylogenomic investigation into the origin of metazoa.

artículo científico publicado en 2008

A wide diversity of previously undetected free-living relatives of diplomonads isolated from marine/saline habitats.

artículo científico publicado en 2010

Accelerated Estimation of Frequency Classes in Site-Heterogeneous Profile Mixture Models

artículo científico publicado en 2018

Adaptations to High Salt in a Halophilic Protist: Differential Expression and Gene Acquisitions through Duplications and Gene Transfers

artículo científico publicado en 2017

Aggregative multicellularity evolved independently in the eukaryotic supergroup Rhizaria

artículo científico publicado en 2012

Amoeba stages in the deepest branching heteroloboseans, including Pharyngomonas: evolutionary and systematic implications

artículo científico publicado en 2012

An amino acid substitution-selection model adjusts residue fitness to improve phylogenetic estimation

artículo científico publicado en 2014

An ancestral bacterial division system is widespread in eukaryotic mitochondria.

artículo científico publicado en 2015

An independent heterotachy model and its implications for phylogeny and divergence time estimation

artículo científico publicado en 2007

An updated phylogeny of the Alphaproteobacteria reveals that the parasitic Rickettsiales and Holosporales have independent origins

artículo científico publicado en 2019

Anaeramoebae are a divergent lineage of eukaryotes that shed light on the transition from anaerobic mitochondria to hydrogenosomes

artículo científico publicado en 2021

Ancient origin of the integrin-mediated adhesion and signaling machinery

artículo científico publicado en 2010

Arginine deiminase pathway enzymes: evolutionary history in metamonads and other eukaryotes

artículo científico publicado en 2016

Assessing functional divergence in EF-1alpha and its paralogs in eukaryotes and archaebacteria

artículo científico publicado en 2003

Between a Pod and a Hard Test: The Deep Evolution of Amoebae.

artículo científico publicado en 2017

Biases in phylogenetic estimation can be caused by random sequence segments

artículo científico publicado en 2005

Can commercial protection be good for research?

artículo científico publicado en 2002

Capsaspora owczarzaki is an independent opisthokont lineage.

artículo científico publicado en 2004

Cell evolution: mitochondria in hiding

artículo científico publicado en 2002

Characterization of <i>Skoliomonas</i> gen. nov., a haloalkaliphilic anaerobe related to barthelonids (Metamonada)

artículo científico publicado en 2024

Combined morphological and phylogenomic re-examination of malawimonads, a critical taxon for inferring the evolutionary history of eukaryotes.

artículo científico publicado en 2018

Comprehensive multigene phylogenies of excavate protists reveal the evolutionary positions of "primitive" eukaryotes.

artículo científico publicado en 2005

Conditions under which distributions of edge length ratios on phylogenetic trees can be used to order evolutionary events

Convergence and constraint in eukaryotic release factor 1 (eRF1) domain 1: the evolution of stop codon specificity.

artículo científico publicado en 2002

Corrigendum Correction to "Novel hydrogenosomes in the microaerophilic jakobid Stygiella incarcerata".

artículo científico publicado en 2017

Covarion shifts cause a long-branch attraction artifact that unites microsporidia and archaebacteria in EF-1alpha phylogenies.

artículo científico publicado en 2004

Demystifying Eukaryote Lateral Gene Transfer (Response to Martin 2017 DOI: 10.1002/bies.201700115)

article

Diversity and origins of anaerobic metabolism in mitochondria and related organelles

artículo científico publicado en 2015

Early evolution within kinetoplastids (euglenozoa), and the late emergence of trypanosomatids.

artículo científico publicado en 2004

Ellobiopsids of the genus Thalassomyces are alveolates

artículo científico publicado en 2004

Environmental Breviatea harbour mutualistic Arcobacter epibionts

artículo científico publicado en 2016

Erratum to: On the reversibility of parasitism: adaptation to a free-living lifestyle via gene acquisitions in the diplomonad Trepomonas sp. PC1.

artículo científico publicado en 2016

Estimating and comparing the rates of gene discovery and expressed sequence tag (EST) frequencies in EST surveys

artículo científico publicado en 2004

Estimation of rates-across-sites distributions in phylogenetic substitution models

artículo científico publicado en 2003

Eukaryotic Evolution: Getting to the Root of the Problem

artículo científico publicado en 2002

Eukaryotic evolution: early origin of canonical introns.

artículo científico publicado en 2002

Eukaryotic pyruvate formate lyase and its activating enzyme were acquired laterally from a Firmicute

artículo científico publicado en 2011

Evidence for Golgi bodies in proposed 'Golgi-lacking' lineages

artículo científico publicado en 2003

Evidence for a hydrogenosomal-type anaerobic ATP generation pathway in Acanthamoeba castellanii

artículo científico publicado en 2013

Evolution of Fe/S cluster biogenesis in the anaerobic parasite Blastocystis.

artículo científico publicado en 2012

Evolution of four gene families with patchy phylogenetic distributions: influx of genes into protist genomes

artículo científico publicado en 2006

Evolution of glutamate dehydrogenase genes: evidence for lateral gene transfer within and between prokaryotes and eukaryotes

artículo científico publicado en 2003

Evolution of the cytosolic iron-sulfur cluster assembly machinery in Blastocystis species and other microbial eukaryotes

artículo científico publicado en 2013

Evolution: revisiting the root of the eukaryote tree

artículo científico publicado en 2009

Evolutionary analyses of the small subunit of glutamate synthase: gene order conservation, gene fusions, and prokaryote-to-eukaryote lateral gene transfers

artículo científico publicado en 2002

Evolutionary history of "early-diverging" eukaryotes: the excavate taxon Carpediemonas is a close relative of Giardia.

artículo científico publicado en 2002

Expanded phylogenies of canonical and non-canonical types of methionine adenosyltransferase reveal a complex history of these gene families in eukaryotes

artículo científico publicado en 2009

Extreme genome diversity in the hyper-prevalent parasitic eukaryote Blastocystis.

artículo científico publicado en 2017

Extreme mitochondrial reduction in a novel group of free-living metamonads

artículo científico publicado en 2024

Fast Statistical Tests for Detecting Heterotachy in Protein Evolution ⬇️

artículo científico publicado el 22 de febrero de 2011

First multigene analysis of Archamoebae (Amoebozoa: Conosa) robustly reveals its phylogeny and shows that Entamoebidae represents a deep lineage of the group

artículo científico publicado en 2016

Fitting Nonstationary General-Time-Reversible Models to Obtain Edge-Lengths and Frequencies for the Barry–Hartigan Model ⬇️

artículo científico publicado el 16 de abril de 2012

Functional Divergence and Convergent Evolution in the Plastid-Targeted Glyceraldehyde-3-Phosphate Dehydrogenases of Diverse Eukaryotic Algae ⬇️

artículo científico publicado el 30 de julio de 2013

Gene content evolution in Discobid mitochondria deduced from the phylogenetic position and complete mitochondrial genome of Tsukubamonas globosa.

artículo científico publicado en 2014

Gene conversion and the evolution of euryarchaeal chaperonins: a maximum likelihood-based method for detecting conflicting phylogenetic signals

scientific article published on 01 August 2002

Gene duplication and gene conversion shape the evolution of archaeal chaperonins

artículo científico publicado en 2002

Gene fusion, fission, lateral transfer, and loss: Not-so-rare events in the evolution of eukaryotic ATP citrate lyase

article

Gene transfers from nanoarchaeota to an ancestor of diplomonads and parabasalids

artículo científico publicado en 2004

Genetic evidence for a mitochondriate ancestry in the 'amitochondriate' flagellate Trimastix pyriformis

artículo científico publicado en 2008

Group II Intron-Mediated Trans-Splicing in the Gene-Rich Mitochondrial Genome of an Enigmatic Eukaryote, Diphylleia rotans

artículo científico publicado en 2016

Hemimastigophora is a novel supra-kingdom-level lineage of eukaryotes

artículo científico publicado en 2018

Inferring functional constraints and divergence in protein families using 3D mapping of phylogenetic information.

artículo científico publicado en 2003

Insights into the evolutionary origin and genome architecture of the unicellular opisthokonts Capsaspora owczarzaki and Sphaeroforma arctica

artículo científico publicado en 2006

Invasion and persistence of a selfish gene in the Cnidaria

artículo científico publicado en 2006

Lateral Gene Transfer Mechanisms and Pan-genomes in Eukaryotes

scientific article published on 19 August 2020

Lateral Gene Transfer in the Adaptation of the Anaerobic Parasite Blastocystis to the Gut.

artículo científico publicado en 2017

Lateral Transfer of an EF-1α Gene

article

Lateral gene transfer and gene duplication played a key role in the evolution of Mastigamoeba balamuthi hydrogenosomes

artículo científico publicado en 2015

Lateral transfer of tetrahymanol-synthesizing genes has allowed multiple diverse eukaryote lineages to independently adapt to environments without oxygen

artículo científico publicado en 2012

Leaving negative ancestors behind.

artículo científico publicado en 2016

Likelihood, parsimony, and heterogeneous evolution

artículo científico publicado en 2005

Localization and nucleotide specificity of Blastocystis succinyl-CoA synthetase

artículo científico publicado en 2008

Microbial Eukaryotes that Lack Sterols

artículo científico publicado en 2017

Microbial eukaryotes have adapted to hypoxia by horizontal acquisitions of a gene involved in rhodoquinone biosynthesis

artículo científico publicado en 2018

Minimal cytosolic iron-sulfur cluster assembly machinery of Giardia intestinalis is partially associated with mitosomes.

artículo científico publicado en 2016

Mitochondrial Genome Evolution and a Novel RNA Editing System in Deep-Branching Heteroloboseids

artículo científico publicado en 2017

Modeling Site Heterogeneity with Posterior Mean Site Frequency Profiles Accelerates Accurate Phylogenomic Estimation

artículo científico publicado en 2017

Modelling prokaryote gene content

artículo científico publicado en 2006

Molecular clocks provide little information to date methanogenic Archaea

artículo científico publicado en 2018

Molecular phylogeny of diplomonads and enteromonads based on SSU rRNA, alpha-tubulin and HSP90 genes: implications for the evolutionary history of the double karyomastigont of diplomonads

artículo científico publicado en 2008

Multigene Phylogenies of Diverse Carpediemonas-like Organisms Identify the Closest Relatives of ‘Amitochondriate’ Diplomonads and Retortamonads

artículo científico publicado en 2012

Novel Hydrogenosomes in the Microaerophilic Jakobid Stygiella incarcerata

scientific article published on 08 June 2016

Novel mitochondrion-related organelles in the anaerobic amoeba Mastigamoeba balamuthi

artículo científico publicado en 2007

Nuclear genetic codes with a different meaning of the UAG and the UAA codon

artículo científico publicado en 2017

Nuclear genome sequence of the plastid-lacking cryptomonad Goniomonas avonlea provides insights into the evolution of secondary plastids

artículo científico publicado en 2018

Nucleomorph and plastid genome sequences of the chlorarachniophyte Lotharella oceanica: convergent reductive evolution and frequent recombination in nucleomorph-bearing algae

artículo científico publicado en 2014

On inconsistency of the neighbor-joining, least squares, and minimum evolution estimation when substitution processes are incorrectly modeled.

artículo científico publicado en 2004

On reduced amino acid alphabets for phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2007

On the Use of Information Criteria for Model Selection in Phylogenetics

artículo científico publicado en 2020

On the age of eukaryotes: evaluating evidence from fossils and molecular clocks

artículo científico publicado en 2014

On the correlation between genomic G+C content and optimal growth temperature in prokaryotes: data quality and confounding factors

artículo científico publicado en 2006

On the reversibility of parasitism: adaptation to a free-living lifestyle via gene acquisitions in the diplomonad Trepomonas sp. PC1.

artículo científico publicado en 2016

Organelles in Blastocystis that blur the distinction between mitochondria and hydrogenosomes

artículo científico publicado en 2008

Organelles that illuminate the origins of Trichomonas hydrogenosomes and Giardia mitosomes

artículo científico publicado en 2017

Osmoadaptative Strategy and Its Molecular Signature in Obligately Halophilic Heterotrophic Protists

artículo científico publicado en 2016

PROCOV: maximum likelihood estimation of protein phylogeny under covarion models and site-specific covarion pattern analysis

artículo científico publicado en 2009

Parallel re-modeling of EF-1α function: divergent EF-1α genes co-occur with EFL genes in diverse distantly related eukaryotes

artículo científico publicado en 2013

PhyloFisher: A phylogenomic package for resolving eukaryotic relationships ⬇️

artículo científico publicado en 2021

Phylogenetic analyses of diplomonad genes reveal frequent lateral gene transfers affecting eukaryotes.

artículo científico publicado en 2003

Phylogenetic artifacts can be caused by leucine, serine, and arginine codon usage heterogeneity: dinoflagellate plastid origins as a case study

artículo científico publicado en 2004

Phylogenetic distributions and histories of proteins involved in anaerobic pyruvate metabolism in eukaryotes

artículo científico publicado en 2009

Phylogenetic estimation under codon models can be biased by codon usage heterogeneity

artículo científico publicado en 2006

Phylogenetic relationships within the Opisthokonta based on phylogenomic analyses of conserved single-copy protein domains

artículo científico publicado en 2011

Phylogenomic analyses support the monophyly of Excavata and resolve relationships among eukaryotic "supergroups"

artículo científico publicado en 2009

Phylogenomic evidence for separate acquisition of plastids in cryptophytes, haptophytes, and stramenopiles

artículo científico publicado en 2010

Phylogenomics Places Orphan Protistan Lineages in a Novel Eukaryotic Super-Group

artículo científico publicado en 2018

Phylogenomics Reveals Convergent Evolution of Lifestyles in Close Relatives of Animals and Fungi

artículo científico publicado en 2015

Phylogenomics demonstrates that breviate flagellates are related to opisthokonts and apusomonads

artículo científico publicado en 2013

Phylogenomics places orphan protistan lineages in a novel eukaryotic super-group

Predicting proteomes of mitochondria and related organelles from genomic and expressed sequence tag data

artículo científico publicado en 2009

Problems With Estimation of Ancestral Frequencies Under Stationary Models ⬇️

artículo científico publicado el 4 de septiembre de 2012

Protein phylogenies robustly resolve the deep-level relationships within Euglenozoa.

artículo científico publicado en 2004

Recombination between elongation factor 1alpha genes from distantly related archaeal lineages

artículo científico publicado en 2006

Reply to 'Eukaryote lateral gene transfer is Lamarckian'

scientific article published on 01 May 2018

Reproducing the manual annotation of multiple sequence alignments using a SVM classifier

artículo científico publicado en 2009

Retortamonad flagellates are closely related to diplomonads--implications for the history of mitochondrial function in eukaryote evolution

artículo científico publicado en 2002

Sawyeria marylandensis (Heterolobosea) has a hydrogenosome with novel metabolic properties

artículo científico publicado en 2010

Splintrons in Giardia intestinalis: Spliceosomal introns in a split form ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2011

Split introns in the genome of Giardia intestinalis are excised by spliceosome-mediated trans-splicing.

artículo científico publicado en 2011

Split-specific bootstrap measures for quantifying phylogenetic stability and the influence of taxon selection

artículo científico publicado en 2016

Stage-specific requirement for Isa1 and Isa2 proteins in the mitochondrion of Trypanosoma brucei and heterologous rescue by human and Blastocystis orthologues

Stage-specific requirement for Isa1 and Isa2 proteins in the mitochondrion of Trypanosoma brucei and heterologous rescue by human and Blastocystis orthologues

artículo científico publicado en 2011

Statistical analysis of expressed sequence tags

artículo científico publicado en 2009

Testing congruence in phylogenomic analysis

artículo científico publicado en 2008

Testing for covarion-like evolution in protein sequences

artículo científico publicado en 2006

Testing for differences in rates-across-sites distributions in phylogenetic subtrees.

artículo científico publicado en 2002

The Biochemical Adaptations of Mitochondrion-Related Organelles of Parasitic and Free-Living Microbial Eukaryotes to Low Oxygen Environments

The Capsaspora genome reveals a complex unicellular prehistory of animals

artículo científico publicado en 2013

The Diversity of Mitochondrion-Related Organelles Amongst Eukaryotic Microbes

The Earliest Stages of Mitochondrial Adaptation to Low Oxygen Revealed in a Novel Rhizarian.

artículo científico publicado en 2016

The New Tree of Eukaryotes

artículo científico publicado en 2019

The Origin and Diversification of Mitochondria

artículo científico publicado en 2017

The Origin of Mitochondrial Cristae from Alphaproteobacteria

artículo científico publicado en 2017

The Oxymonad Genome Displays Canonical Eukaryotic Complexity in the Absence of a Mitochondrion

artículo científico publicado en 2019

The Parameters of the Barry and Hartigan General Markov Model Are Statistically NonIdentifiable ⬇️

artículo científico publicado el 6 de abril de 2011

The Probability of Correctly Resolving a Split as an Experimental Design Criterion in Phylogenetics ⬇️

artículo científico publicado el 15 de febrero de 2012

The Relative Importance of Modeling Site Pattern Heterogeneity Versus Partition-Wise Heterotachy in Phylogenomic Inference

scientific article published on 01 November 2019

The Site-Wise Log-Likelihood Score is a Good Predictor of Genes under Positive Selection ⬇️

artículo científico publicado el 18 de abril de 2013

The changing view of eukaryogenesis - fossils, cells, lineages and how they all come together

artículo científico publicado en 2016

The draft nuclear genome sequence and predicted mitochondrial proteome of Andalucia godoyi, a protist with the most gene-rich and bacteria-like mitochondrial genome

artículo científico publicado en 2020

The evolutionary history of kinetoplastids and their kinetoplasts

artículo científico publicado en 2002

The glycolytic pathway of Trimastix pyriformis is an evolutionary mosaic

artículo científico publicado en 2006

The interface of protein structure, protein biophysics, and molecular evolution

artículo científico publicado en 2012

The origin and diversification of eukaryotes: problems with molecular phylogenetics and molecular clock estimation

artículo científico publicado en 2006

The origins of multicellularity: a multi-taxon genome initiative

artículo científico publicado en 2007

The other eukaryotes in light of evolutionary protistology

article by Maureen A. O’Malley et al published 22 December 2012 in Biology and Philosophy

The real 'kingdoms' of eukaryotes

artículo científico publicado en 2004

The tangled past of eukaryotic enzymes involved in anaerobic metabolism

artículo científico

Timing the Origins of Multicellular Eukaryotes Through Phylogenomics and Relaxed Molecular Clock Analyses

Topological estimation biases with covarion evolution

artículo científico publicado en 2007

Toward resolving the eukaryotic tree: the phylogenetic positions of jakobids and cercozoans.

artículo científico publicado en 2007

Unexpected organellar locations of ESCRT machinery in Giardia intestinalis and complex evolutionary dynamics spanning the transition to parasitism in the lineage Fornicata

artículo científico publicado en 2021

Using confidence set heuristics during topology search improves the robustness of phylogenetic inference

artículo científico publicado en 2006

libcov: a C++ bioinformatic library to manipulate protein structures, sequence alignments and phylogeny

artículo científico publicado en 2005

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