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Lista de obras de Mathieu Blanchette

A Probabilistic Model for Sequence Alignment with Context-Sensitive Indels ⬇️

artículo científico publicado el 27 de septiembre de 2011

A call for benchmarking transposable element annotation methods

artículo científico publicado en 2015

A critical assessment of topologically associating domain prediction tools

artículo científico publicado en 2017

A flexible ancestral genome reconstruction method based on gapped adjacencies ⬇️

artículo científico publicado el 19 de diciembre de 2012

A low-latency, big database system and browser for storage, querying and visualization of 3D genomic data

artículo científico publicado en 2015

A newly uncovered group of distantly related lysine methyltransferases preferentially interact with molecular chaperones to regulate their activity

artículo científico publicado en 2013

A practical algorithm for estimation of the maximum likelihood ancestral reconstruction error.

artículo científico publicado en 2010

A probabilistic approach for SNP discovery in high-throughput human resequencing data

artículo científico publicado en 2009

A whole genome study and identification of specific carcinogenic regions of the human papilloma viruses

artículo científico publicado en 2009

Algorithms for phylogenetic footprinting

artículo científico publicado en 2002

An N-ethyl-N-nitrosourea (ENU)-induced dominant negative mutation in the JAK3 kinase protects against cerebral malaria

artículo científico publicado en 2012

An analytic approach for interpretable predictive models in high-dimensional data in the presence of interactions with exposures

artículo científico publicado en 2018

An approximation algorithm for the Noah's Ark problem with random feature loss

artículo científico publicado en 2011

An atlas of over 90,000 conserved noncoding sequences provides insight into crucifer regulatory regions

artículo científico publicado en 2013

Ancestors 1.0: a web server for ancestral sequence reconstruction

artículo científico publicado en 2009

BH3-ligand regulates access of MCL-1 to its E3 ligase

artículo científico publicado en 2005

BigDataScript: a scripting language for data pipelines

artículo científico publicado en 2014

CeFra-seq reveals broad asymmetric mRNA and noncoding RNA distribution profiles in Drosophila and human cells

artículo científico publicado en 2017

Chromatin conformation signatures of cellular differentiation

artículo científico publicado en 2009

Classifying leukemia types with chromatin conformation data

artículo científico publicado en 2014

Combining computational prediction of cis-regulatory elements with a new enhancer assay to efficiently label neuronal structures in the medaka fish

artículo científico publicado en 2011

Computation and analysis of genomic multi-sequence alignments

artículo científico publicado en 2007

Computational analysis of whole-genome differential allelic expression data in human

artículo científico publicado en 2010

Computational prediction of the localization of microRNAs within their pre-miRNA ⬇️

artículo científico publicado el 8 de junio de 2013

Computing Chromosome Conformation ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2010

Detecting non-coding selective pressure in coding regions

artículo científico publicado en 2007

Detection of locally over-represented GO terms in protein-protein interaction networks

artículo científico publicado en 2010

Discovery of cell compartment specific protein-protein interactions using affinity purification combined with tandem mass spectrometry

artículo científico publicado en 2012

Discovery of regulatory elements by a computational method for phylogenetic footprinting

artículo científico publicado en 2002

Evolutionarily conserved sequence elements that positively regulate IFN-gamma expression in T cells

scholarly article

Exact and heuristic algorithms for the Indel Maximum Likelihood Problem

artículo científico publicado en 2007

Exploiting ancestral mammalian genomes for the prediction of human transcription factor binding sites ⬇️

artículo científico publicado el 19 de diciembre de 2012

FootPrinter3: phylogenetic footprinting in partially alignable sequences

artículo científico publicado en 2006

FootPrinter: A program designed for phylogenetic footprinting

artículo científico publicado en 2003

French Intensive Care Society, International congress - Réanimation 2016

artículo científico publicado en 2016

Functional 5' UTR motif discovery with LESMoN: Local Enrichment of Sequence Motifs in biological Networks

artículo científico publicado en 2017

Gene maps linearization using genomic rearrangement distances

artículo científico publicado en 2007

Genetic map refinement using a comparative genomic approach

artículo científico publicado en 2009

Genome-wide computational prediction of transcriptional regulatory modules reveals new insights into human gene expression

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide orchestration of cardiac functions by the orphan nuclear receptors ERRalpha and gamma

artículo científico publicado en 2007

Global patterns of cis variation in human cells revealed by high-density allelic expression analysis

artículo científico publicado en 2009

HIFI: estimating DNA-DNA interaction frequency from Hi-C data at restriction-fragment resolution

artículo científico publicado en 2020

High-resolution mapping of the protein interaction network for the human transcription machinery and affinity purification of RNA polymerase II-associated complexes

artículo científico publicado en 2009

Hox in motion: tracking HoxA cluster conformation during differentiation

artículo científico publicado en 2013

Identification and characterization of multi-species conserved sequences

artículo científico publicado en 2003

Improving the prediction of mRNA extremities in the parasitic protozoan Leishmania

artículo científico publicado en 2008

Into the heart of darkness: large-scale clustering of human non-coding DNA.

artículo científico publicado en 2004

Learning the Game: Decoding the Differences between Novice and Expert Players in a Citizen Science Game with Millions of Players

artículo científico publicado en 2024

Long-range regulation is a major driving force in maintaining genome integrity

artículo científico publicado en 2009

Mapping association between long-range cis-regulatory regions and their target genes using synteny

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2011

Methylation of the DNA/RNA-binding protein Kin17 by METTL22 affects its association with chromatin.

artículo científico publicado en 2013

Modeling contaminants in AP-MS/MS experiments

artículo científico publicado en 2010

Models and algorithms for genome rearrangement with positional constraints

artículo científico publicado en 2016

Nuclear import of RNA polymerase II is coupled with nucleocytoplasmic shuttling of the RNA polymerase II-associated protein 2

artículo científico publicado en 2013

On the inference of parsimonious indel evolutionary scenarios

artículo científico publicado en 2006

Open-Phylo: a customizable crowd-computing platform for multiple sequence alignment

artículo científico publicado en 2013

PAM multiplicity marks genomic target sites as inhibitory to CRISPR-Cas9 editing

artículo científico publicado en 2015

PReMod: a database of genome-wide mammalian cis-regulatory module predictions

artículo científico publicado en 2006

PhyME: a probabilistic algorithm for finding motifs in sets of orthologous sequences

artículo científico publicado en 2004

Phylo: A Citizen Science Approach for Improving Multiple Sequence Alignment ⬇️

artículo científico publicado el 7 de marzo de 2012

Phylogenetic and Genomic Analyses Resolve the Origin of Important Plant Genes Derived from Transposable Elements

artículo científico publicado en 2016

Population whole-genome bisulfite sequencing across two tissues highlights the environment as the principal source of human methylome variation

artículo científico publicado en 2015

Positional mapping and candidate gene analysis of the mouse Ccs3 locus that regulates differential susceptibility to carcinogen-induced colorectal cancer

artículo científico publicado en 2013

Predicting direct protein interactions from affinity purification mass spectrometry data ⬇️

artículo científico publicado el 29 de octubre de 2010

Predicting site-specific human selective pressure using evolutionary signatures ⬇️

artículo científico publicado el 1 de julio de 2011

Prediction of human miRNA target genes using computationally reconstructed ancestral mammalian sequences

artículo científico publicado en 2016

Prediction of tissue-specific cis-regulatory modules using Bayesian networks and regression trees

artículo científico publicado en 2007

Presence of Candida cell wall derived polysaccharides in the sera of intensive care unit patients: relation with candidaemia and Candida colonisation

artículo científico publicado en 2014

Proceedings of Réanimation 2017, the French Intensive Care Society International Congress

artículo científico publicado en 2017

Proceedings of the First International Conference on Phylogenomics. March 15-19, 2006. Quebec, Canada

artículo científico publicado en 2007

Reconstructing contiguous regions of an ancestral genome

artículo científico publicado en 2006

Reconstructing large regions of an ancestral mammalian genome in silico

artículo científico publicado en 2004

Reconstruction of full-length LINE-1 progenitors from ancestral genomes

artículo científico publicado en 2022

SPARCS: a web server to analyze (un)structured regions in coding RNA sequences

artículo científico publicado en 2013

Seeder: discriminative seeding DNA motif discovery

artículo científico publicado en 2008

Specific dysregulation of IFNγ production by natural killer cells confers susceptibility to viral infection

artículo científico publicado en 2014

Steps towards a repertoire of comprehensive maps of human protein interaction networks: the Human Proteotheque Initiative (HuPI)

artículo científico publicado en 2008

StructMiner: a tool for alignment and detection of conserved secondary structure.

artículo científico publicado en 2004

Systematic analysis of the protein interaction network for the human transcription machinery reveals the identity of the 7SK capping enzyme

artículo científico publicado en 2007

The Capsella rubella genome and the genomic consequences of rapid mating system evolution

artículo científico publicado en 2013

The protein interaction network of the human transcription machinery reveals a role for the conserved GTPase RPAP4/GPN1 and microtubule assembly in nuclear import and biogenesis of RNA polymerase II

artículo científico publicado en 2010

The relationship between DNA methylation, genetic and expression inter-individual variation in untransformed human fibroblasts

artículo científico publicado en 2014

The three-dimensional architecture of Hox cluster silencing

artículo científico publicado en 2010

Three-dimensional modeling of chromatin structure from interaction frequency data using Markov chain Monte Carlo sampling ⬇️

artículo científico publicado el 25 de octubre de 2011

Variant histone H2A.Z is globally localized to the promoters of inactive yeast genes and regulates nucleosome positioning

artículo científico publicado en 2005

[Triple fungal infection in a patient with liver cirrhosis]

artículo científico publicado en 2012

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