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Lista de obras de Alfonso Valencia

A catalogue of 863 Rett-syndrome-causing MECP2 mutations and lessons learned from data integration

artículo científico publicado en 2021

A common structural scaffold in CTD phosphatases that supports distinct catalytic mechanisms.

artículo científico publicado en 2013

A computational approach inspired by simulated annealing to study the stability of protein interaction networks in cancer and neurological disorders

A gene network for navigating the literature

artículo científico publicado en 2004

A hierarchical unsupervised growing neural network for clustering gene expression patterns

artículo científico publicado en 2001

A molecular hypothesis to explain direct and inverse co-morbidities between Alzheimer's Disease, Glioblastoma and Lung cancer

artículo científico publicado en 2017

A sentence sliding window approach to extract protein annotations from biomedical articles

artículo científico publicado en 2005

A single residue substitution causes a switch from the dual DNA binding specificity of plant transcription factor MYB.Ph3 to the animal c-MYB specificity

artículo científico

A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

artículo científico publicado en 2022

A text-mining perspective on the requirements for electronically annotated abstracts

artículo científico publicado en 2008

ACRATA: a novel electron transfer domain associated to apoptosis and cancer

artículo científico publicado en 2004

APPRIS 2017: principal isoforms for multiple gene sets

artículo científico publicado en 2017

APPRIS WebServer and WebServices

artículo científico publicado en 2015

APPRIS: annotation of principal and alternative splice isoforms

artículo científico publicado en 2012

Aberrant Rab11-dependent trafficking of the neuronal glutamate transporter EAAC1 causes oxidative stress and cell death in Huntington's disease

scientific article published on March 2010

Addressing sex bias in biological databases worldwide

Alternative Splicing May Not Be the Key to Proteome Complexity

artículo científico publicado en 2016

Alternative splicing and co-option of transposable elements: the case of TMPO/LAP2α and ZNF451 in mammals

artículo científico publicado en 2015

Alternatively Spliced Homologous Exons Have Ancient Origins and Are Highly Expressed at the Protein Level.

artículo científico publicado en 2015

Alzheimer's disease and cancer: current epidemiological evidence for a mutual protection

artículo científico publicado en 2014

An ATPase domain common to prokaryotic cell cycle proteins, sugar kinases, actin, and hsp70 heat shock proteins

artículo científico publicado el 15 de agosto de 1992

An Overview of BioCreative II.5.

artículo científico

An analysis of the Sargasso Sea resource and the consequences for database composition

artículo científico publicado en 2006

An epistatic interaction between the PAX8 and STK17B genes in papillary thyroid cancer susceptibility.

artículo científico publicado en 2013

An expanded evaluation of protein function prediction methods shows an improvement in accuracy

artículo científico publicado en 2016

An integrated approach to the interpretation of single amino acid polymorphisms within the framework of CATH and Gene3D.

artículo científico publicado en 2009

Analyzing the first drafts of the human proteome.

artículo científico publicado en 2014

Anna Tramontano 1957-2017.

artículo científico publicado en 2017

Anorexia nervosa and cancer: a protocol for a systematic review and meta-analysis of observational studies.

artículo científico publicado en 2017

Are promyelocytic leukaemia protein nuclear bodies a scaffold for caspase-2 programmed cell death?

artículo científico publicado en 2007

Assessment of copy number variation using the Illumina Infinium 1M SNP-array: a comparison of methodological approaches in the Spanish Bladder Cancer/EPICURO study

artículo científico publicado en 2011

Assessment of intramolecular contact predictions for CASP7.

artículo científico publicado en 2007

Assessment of predictions submitted for the CASP7 function prediction category.

artículo científico publicado en 2007

Association Between Germline Mutations in BRF1, a Subunit of the RNA Polymerase III Transcription Complex, and Hereditary Colorectal Cancer.

artículo científico publicado en 2017

Association of Anorexia Nervosa With Risk of Cancer: A Systematic Review and Meta-analysis

scientific article published on 05 June 2019

Automated alphabet reduction for protein datasets.

artículo científico publicado en 2009

Automatic annotation of protein function

artículo científico publicado en 2005

Automatic classification of protein functions from the literature

artículo científico publicado en 2003

Automatic extraction of biological information from scientific text: protein-protein interactions

artículo científico publicado en 1999

Automatic identification of informative regions with epigenomic changes associated to hematopoiesis

Automatic identification of informative regions with epigenomic changes associated to hematopoiesis.

artículo científico publicado en 2017

BIOLITMAP: a web-based geolocated, temporal and thematic visualization of the evolution of bioinformatics publications

artículo científico publicado en 2019

BRCA1 is a novel regulator of metabolic function in skeletal muscle

artículo científico publicado en 2014

BRICHOS: a conserved domain in proteins associated with dementia, respiratory distress and cancer

artículo científico publicado en 2002

Big data analytics for personalized medicine

scientific article published on 06 April 2019

BioC: a minimalist approach to interoperability for biomedical text processing

artículo científico publicado en 2013

BioCreative-IV virtual issue

artículo científico publicado en 2014

Bioinformatics Analysis of Pancreas Cancer Genome in High-Throughput Genomic Technologies

Bioinformatics and Computational Biology at the crossroads of post-genomic technology

Bioinformatics and cancer research: building bridges for translational research

artículo científico publicado en 2008

Bionemo: molecular information on biodegradation metabolism

artículo científico publicado en 2008

CARGO: a web portal to integrate customized biological information

artículo científico publicado en 2007

CD8+ T Cells from Human Neonates Are Biased toward an Innate Immune Response.

artículo científico publicado en 2016

CHEMDNER: The drugs and chemical names extraction challenge

artículo científico publicado en 2015

CImbinator: a web-based tool for drug synergy analysis in small- and large-scale datasets

artículo científico publicado en 2017

COVID-19 Flow-Maps an open geographic information system on COVID-19 and human mobility for Spain

publication published on 30 November 2021

Can bibliographic pointers for known biological data be found automatically? Protein interactions as a case study

artículo científico publicado en 2001

Cancer and central nervous system disorders: protocol for an umbrella review of systematic reviews and updated meta-analyses of observational studies

artículo científico publicado en 2017

Chapter 14: Cancer genome analysis

artículo científico publicado en 2012

Characterization of pathogenic germline mutations in human protein kinases

artículo científico publicado en 2011

CheNER: chemical named entity recognizer.

artículo científico publicado en 2013

ChiPPI: a novel method for mapping chimeric protein-protein interactions uncovers selection principles of protein fusion events in cancer

artículo científico publicado en 2017

ChiTaRS 2.1--an improved database of the chimeric transcripts and RNA-seq data with novel sense-antisense chimeric RNA transcripts

artículo científico publicado en 2014

ChiTaRS: a database of human, mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data.

artículo científico publicado en 2012

Chimeras taking shape: potential functions of proteins encoded by chimeric RNA transcripts

artículo científico publicado en 2012

Chromatin Regulators as a Guide for Cancer Treatment Choice

artículo científico publicado en 2016

Co-evolution and co-adaptation in protein networks

artículo científico publicado en 2008

Colorectal cancer classification based on gene expression is not associated with FOLFIRI response

Comparative proteomics reveals a significant bias toward alternative protein isoforms with conserved structure and function

artículo científico publicado en 2012

Comparison of algorithms for the detection of cancer drivers at subgene resolution

artículo científico

Computational approaches to identify functional genetic variants in cancer genomes

artículo científico publicado en 2013

Computational methods for the prediction of protein interactions

artículo científico publicado en 2002

Conservation of coevolving protein interfaces bridges prokaryote-eukaryote homologies in the twilight zone

artículo científico publicado en 2016

Correction to "Analyzing the first drafts of the human proteome".

artículo científico publicado en 2015

Correlated mutations and residue contacts in proteins

artículo científico publicado en 1994

Correlated mutations contain information about protein-protein interaction 1 1Edited by A. R. Fersht

artículo científico publicado el 29 de agosto de 1997

DNA methylation profiles and their relationship with cytogenetic status in adult acute myeloid leukemia

artículo científico publicado en 2010

DNA methylation profiling identifies candidate genes for the pathogenesis of hepatosplenic T-cell lymphoma

article

Data mining of molecular dynamics trajectories of nucleic acids

artículo científico publicado en 2006

Defining functional distances over gene ontology

artículo científico publicado en 2008

Design and methodological characteristics of studies using observational routinely collected health data for investigating the link between cancer and neurodegenerative diseases: protocol for a meta-research study

artículo científico publicado en 2022

Detection of significant protein coevolution

artículo científico publicado en 2015

Distinct DNA methylomes of newborns and centenarians

artículo científico publicado en 2012

Dynamics of Transcription Regulation in Human Bone Marrow Myeloid Differentiation to Mature Blood Neutrophils

artículo científico publicado en 2018

Early bioinformatics: the birth of a discipline--a personal view

artículo científico publicado en 2003

EcID. A database for the inference of functional interactions in E. coli

artículo científico publicado en 2008

Effective use of sequence correlation and conservation in fold recognition

artículo científico publicado en 1999

Elucidating the molecular basis of MSH2-deficient tumors by combined germline and somatic analysis.

artículo científico publicado en 2017

Emerging methods in protein co-evolution

artículo científico

Enhancing the prediction of protein pairings between interacting families using orthology information

artículo científico publicado en 2008

EnrichNet: network-based gene set enrichment analysis.

artículo científico publicado en 2012

Epigenetic and Transcriptional Variability Shape Phenotypic Plasticity

artículo científico publicado en 2017

Epigenomic Co-localization and Co-evolution Reveal a Key Role for 5hmC as a Communication Hub in the Chromatin Network of ESCs

artículo científico publicado en 2016

Erratum to: The UBC-40 Urothelial Bladder Cancer Cell Line Index: a genomic resource for functional studies.

artículo científico publicado en 2015

Erratum to: The UBC-40 Urothelial Bladder Cancer cell line index: a genomic resource for functional studies

artículo científico publicado en 2016

Evaluation of annotation strategies using an entire genome sequence

artículo científico publicado en 2003

Evaluation of text-mining systems for biology: overview of the Second BioCreative community challenge

artículo científico publicado en 2008

Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells

artículo científico publicado en 2012

Evolution of the Ras Superfamily of GTPases

Extending pathways and processes using molecular interaction networks to analyse cancer genome data

artículo científico publicado en 2010

Extracting information automatically from biological literature

artículo científico publicado en 2001

Extraction of human kinase mutations from literature, databases and genotyping studies

artículo científico publicado en 2009

Extreme genomic erosion after recurrent demographic bottlenecks in the highly endangered Iberian lynx

artículo científico publicado en 2016

FUN-L: gene prioritization for RNAi screens

artículo científico

FireDB--a database of functionally important residues from proteins of known structure

artículo científico publicado en 2006

FireDB: a compendium of biological and pharmacologically relevant ligands

artículo científico publicado en 2013

FragKB: structural and literature annotation resource of conserved peptide fragments and residues

artículo científico publicado en 2010

From cancer genomes to cancer models: bridging the gaps

artículo científico publicado en 2009

From residue coevolution to protein conformational ensembles and functional dynamics

artículo científico publicado en 2015

GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare

artículo científico publicado en 2021

GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project

artículo científico publicado en 2012

Gene order in Prokaryotes: conservation and implications

article

Genetic Drivers of Epigenetic and Transcriptional Variation in Human Immune Cells

artículo científico publicado en 2016

Genome-wide analysis of Pax8 binding provides new insights into thyroid functions

artículo científico publicado en 2012

Genome-wide analysis of differential transcriptional and epigenetic variability across human immune cell types

artículo científico publicado en 2017

Germline Mutations in FAN1 Cause Hereditary Colorectal Cancer by Impairing DNA Repair.

artículo científico publicado en 2015

Germline variation in the oxidative DNA repair genes NUDT1 and OGG1 is not associated with hereditary colorectal cancer or polyposis

article

Getting personalized cancer genome analysis into the clinic: the challenges in bioinformatics

artículo científico publicado el 30 de julio de 2012

Heteromeric amino acid transporters: biochemistry, genetics, and physiology

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2001

High-confidence prediction of global interactomes based on genome-wide coevolutionary networks

artículo científico publicado en 2008

Higher gene expression variability in the more aggressive subtype of chronic lymphocytic leukemia

artículo científico publicado en 2015

ISCB's Initial Reaction to The New England Journal of Medicine Editorial on Data Sharing

artículo científico publicado en 2016

ISCB's initial reaction to New England Journal of Medicine editorial on data sharing

artículo científico publicado en 2016

ISCB's initial reaction to New England Journal of Medicine editorial on data sharing

artículo científico publicado en 2016

ISMB 2003 Text Mining SIG Meeting Report

artículo científico publicado en 2003

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identifying ELIXIR Core Data Resources

artículo científico publicado en 2016

Implementing the iHOP concept for navigation of biomedical literature

artículo científico publicado en 2005

Incorporating information on predicted solvent accessibility to the co-evolution-based study of protein interactions

artículo científico publicado en 2012

Inference of functional relations in predicted protein networks with a machine learning approach

artículo científico publicado en 2010

Information Retrieval and Text Mining Technologies for Chemistry.

artículo científico publicado en 2017

IntAct: an open source molecular interaction database

artículo científico publicado en 2004

Integrated next-generation sequencing and avatar mouse models for personalized cancer treatment

artículo científico publicado en 2014

Integrating epigenomic data and 3D genomic structure with a new measure of chromatin assortativity

artículo científico publicado en 2016

Integration of biological data by kernels on graph nodes allows prediction of new genes involved in mitotic chromosome condensation

artículo científico publicado en 2014

International network of cancer genome projects

artículo científico publicado en 2010

Interoperability with Moby 1.0--it's better than sharing your toothbrush!

artículo científico publicado en 2008

Interpretation of the consequences of mutations in protein kinases: combined use of bioinformatics and text mining

artículo científico publicado en 2012

Intrinsic errors in genome annotation

artículo científico publicado en 2001

Introducing meta-services for biomedical information extraction

artículo científico publicado en 2008

Introduction BIOSAPIENS: A European Network of Excellence to develop genome annotation resources

article

Intronic CNVs and gene expression variation in human populations

article

Intronic CNVs cause gene expression variation in human population

article

Inverse and direct cancer comorbidity in people with central nervous system disorders: a meta-analysis of cancer incidence in 577,013 participants of 50 observational studies

artículo científico publicado en 2014

JDet: interactive calculation and visualization of function-related conservation patterns in multiple sequence alignments and structures

artículo científico publicado en 2011

KinMutRF: a random forest classifier of sequence variants in the human protein kinase superfamily

artículo científico publicado en 2016

Late-replicating CNVs as a source of new genes

scientific article published on 15 December 2013

Late-replicating CNVs as a source of new genes.

artículo científico publicado en 2014

Life cycles of successful genes

article

LimTox: a web tool for applied text mining of adverse event and toxicity associations of compounds, drugs and genes

artículo científico publicado en 2017

Linking genes to literature: text mining, information extraction, and retrieval applications for biology

artículo científico publicado en 2008

MARVEL: a conserved domain involved in membrane apposition events

artículo científico publicado en 2002

MIB2 variants altering NOTCH signalling result in left ventricle hypertrabeculation/non-compaction and are associated with Ménétrier-like gastropathy

artículo científico publicado en 2016

Mining Information on Protein Function from Text

Modular organization in the reductive evolution of protein-protein interaction networks

artículo científico publicado en 2007

Molecular Inverse Comorbidity between Alzheimer's Disease and Lung Cancer: New Insights from Matrix Factorization

artículo científico publicado en 2019

Molecular evidence for the inverse comorbidity between central nervous system disorders and cancers detected by transcriptomic meta-analyses

artículo científico publicado en 2014

Mosaic uniparental disomies and aneuploidies as large structural variants of the human genome

artículo científico publicado en 2010

Most Alternative Isoforms Are Not Functionally Important.

artículo científico publicado en 2017

Most highly expressed protein-coding genes have a single dominant isoform.

artículo científico publicado en 2015

Multiple evidence strands suggest that there may be as few as 19,000 human protein-coding genes

artículo científico publicado en 2014

Multiple sequence alignments as tools for protein structure and function prediction.

artículo científico publicado en 2003

Mutated genes, pathways and processes in tumours

artículo científico publicado el 17 de septiembre de 2010

MyMiner: a web application for computer-assisted biocuration and text annotation

artículo científico publicado en 2012

NOTCH pathway inactivation promotes bladder cancer progression

artículo científico publicado en 2015

Next generation community assessment of biomedical entity recognition web servers: metrics, performance, interoperability aspects of BeCalm

scientific article published on 24 June 2019

No paradox, no progress: inverse cancer comorbidity in people with other complex diseases

artículo científico publicado en 2011

Non-coding recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia

artículo científico publicado en 2015

Novel domain combinations in proteins encoded by chimeric transcripts

artículo científico publicado en 2012

Overview of BioCreAtIvE: critical assessment of information extraction for biology

artículo científico publicado en 2005

Overview of the BioCreative III Workshop

artículo científico publicado en 2011

Overview of the protein-protein interaction annotation extraction task of BioCreative II

artículo científico publicado en 2008

PLAN2L: a web tool for integrated text mining and literature-based bioentity relation extraction

artículo científico publicado en 2009

POLE and POLD1 mutations in 529 kindred with familial colorectal cancer and/or polyposis: review of reported cases and recommendations for genetic testing and surveillance

artículo científico publicado en 2016

PROTEIN INTERACTIONS EXTRACTED FROM GENOMES AND PAPERS

article published in 2007

PanDrugs: a novel method to prioritize anticancer drug treatments according to individual genomic data.

artículo científico publicado en 2018

Pathway and network analysis of cancer genomes

artículo científico publicado en 2015

Patient Dossier: Healthcare queries over distributed resources

scientific article published on 17 October 2019

Patient-specific Boolean models of signalling networks guide personalised treatments

artículo científico publicado en 2022

Pitfalls of protein sequence analysis

artículo científico publicado en 1996

Precision medicine needs pioneering clinical bioinformaticians.

artículo científico publicado en 2017

Predicted residue-residue contacts can help the scoring of 3D models

artículo científico publicado en 2010

Predicting Protein Relationships to Human Pathways through a Relational Learning Approach Based on Simple Sequence Features

artículo científico publicado en 2014

Prediction of protein-protein interactions from evolutionary information.

artículo científico publicado en 2003

Prioritization of pathogenic mutations in the protein kinase superfamily

artículo científico publicado en 2012

Progress and challenges in predicting protein-protein interaction sites

artículo científico publicado en 2009

Protein co-evolution, co-adaptation and interactions

artículo científico publicado en 2008

Protein interaction: same network, different hubs

artículo científico publicado en 2003

Proteomics studies confirm the presence of alternative protein isoforms on a large scale

artículo científico publicado en 2008

RUbioSeq: a suite of parallelized pipelines to automate exome variation and bisulfite-seq analyses

artículo científico publicado en 2013

Rare disease research workflow using multilayer networks elucidates the molecular determinants of severity in Congenital Myasthenic Syndromes

artículo científico publicado en 2024

Recurrent inactivation of STAG2 in bladder cancer is not associated with aneuploidy.

artículo científico publicado en 2013

Reductive genome evolution in Buchnera aphidicola

artículo científico publicado en 2003

Retrieval and Discovery of Cell Cycle Literature and Proteins by Means of Machine Learning, Text Mining and Network Analysis

scholarly article by Martin Krallinger et al published 2014 in Advances in Intelligent Systems and Computing

Risk of mortality among children, adolescents, and adults with autism spectrum disorder or attention deficit hyperactivity disorder and their first-degree relatives: a protocol for a systematic review and meta-analysis of observational studies

artículo científico publicado en 2017

SPOC: a widely distributed domain associated with cancer, apoptosis and transcription

artículo científico publicado en 2004

Selection of organisms for the co-evolution-based study of protein interactions

artículo científico publicado en 2011

Similarity of phylogenetic trees as indicator of protein–protein interaction

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2001

Somatic Embryonic FGFR2 Mutations in Keratinocytic Epidermal Nevi.

artículo científico publicado en 2016

Structure-PPi: a module for the annotation of cancer-related single-nucleotide variants at protein-protein interfaces

artículo científico publicado en 2015

Structure-based prediction of the Saccharomyces cerevisiae SH3-ligand interactions

artículo científico publicado en 2009

Subfunctionalization via adaptive evolution influenced by genomic context: the case of histone chaperones ASF1a and ASF1b

artículo científico publicado en 2013

Summary of the BioLINK SIG 2013 meeting at ISMB/ECCB 2013.

artículo científico publicado en 2014

Systemic approaches to biodegradation

artículo científico publicado en 2008

TSEMA: interactive prediction of protein pairings between interacting families

artículo científico publicado en 2006

Text mining for the biocuration workflow

artículo científico publicado en 2012

Text-mining and information-retrieval services for molecular biology

artículo científico publicado en 2005

The Allelic Landscape of Human Blood Cell Trait Variation and Links to Common Complex Disease

artículo científico publicado en 2016

The BLUEPRINT Data Analysis Portal.

artículo científico publicado en 2016

The BioLink SIG Workshop at ISMB2004

artículo científico publicado en 2005

The CHEMDNER corpus of chemicals and drugs and its annotation principles

artículo científico publicado en 2015

The ELIXIR Human Copy Number Variations Community: building bioinformatics infrastructure for research

scientific article published on 13 October 2020

The Functional Genomics Network in the evolution of biological text mining over the past decade

artículo científico publicado en 2012

The Protein-Protein Interaction tasks of BioCreative III: classification/ranking of articles and linking bio-ontology concepts to full text

artículo científico publicado en 2011

The REGIA database (RegiaDB): status, limitations and future developments

artículo científico publicado en 2002

The UBC-40 Urothelial Bladder Cancer cell line index: a genomic resource for functional studies

artículo científico publicado en 2015

The dynamic DNA methylomes of double-stranded DNA viruses associated with human cancer

artículo científico publicado en 2009

The evolutionary fate of alternatively spliced homologous exons after gene duplication

artículo científico publicado en 2015

The implications of alternative splicing in the ENCODE protein complement

artículo científico publicado en 2007

The organization of the microbial biodegradation network from a systems-biology perspective

artículo científico publicado en 2003

The potential clinical impact of the release of two drafts of the human proteome

artículo científico publicado en 2015

The pseudo GTPase CENP-M drives human kinetochore assembly

artículo científico publicado en 2014

The ras protein family: evolutionary tree and role of conserved amino acids

artículo científico publicado en 1991

The structural coverage of the human proteome before and after AlphaFold

artículo científico publicado en 2022

The success (or not) of HUGO nomenclature

artículo científico publicado en 2006

TopoGSA: network topological gene set analysis

artículo científico publicado en 2010

Towards a detailed atlas of protein–protein interactions

artículo científico publicado el 26 de julio de 2013

Towards the prediction of protein interaction partners using physical docking

artículo científico publicado en 2011

Transcriptional dissection of pancreatic tumors engrafted in mice.

artículo científico publicado en 2014

Transcriptome characterization by RNA sequencing identifies a major molecular and clinical subdivision in chronic lymphocytic leukemia

artículo científico publicado en 2013

Transcriptomic metaanalyses of autistic brains reveals shared gene expression and biological pathway abnormalities with cancer

article

Translational disease interpretation with molecular networks.

artículo científico publicado en 2009

TreeDet: a web server to explore sequence space

artículo científico publicado en 2006

Uncovering the molecular machinery of the human spindle--an integration of wet and dry systems biology

artículo científico publicado en 2012

Unveiling new disease, pathway, and gene associations via multi-scale neural network

artículo científico publicado en 2020

Whole-genome fingerprint of the DNA methylome during human B cell differentiation

artículo científico publicado en 2015

Whole-genome sequencing identifies recurrent mutations in chronic lymphocytic leukaemia

artículo científico publicado en 2011

YAdumper: extracting and translating large information volumes from relational databases to structured flat files

artículo científico publicado en 2004

firestar--advances in the prediction of functionally important residues

artículo científico publicado en 2011

firestar--prediction of functionally important residues using structural templates and alignment reliability

artículo científico publicado en 2007

iHOP web services

artículo científico publicado en 2007

wKinMut-2: Identification and Interpretation of Pathogenic Variants in Human Protein Kinases.

artículo científico publicado en 2015

wKinMut: an integrated tool for the analysis and interpretation of mutations in human protein kinases

artículo científico publicado en 2013