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Lista de obras de Timothy John Phillip Hubbard

18th Sir Hans Krebs lecture. Knowledge-based protein modelling and design

artículo científico publicado en 1988

A Bayesian deconvolution strategy for immunoprecipitation-based DNA methylome analysis

artículo científico publicado en 2008

A browser for expression data

artículo científico publicado en 2000

A census of human cancer genes

artículo científico publicado en 2004

A comparison of peak callers used for DNase-Seq data

artículo científico publicado en 2014

A machine learning strategy to identify candidate binding sites in human protein-coding sequence

artículo científico publicado en 2006

A new trade framework for global healthcare R&D;

artículo científico publicado en 2004

A physical map of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

A specification for defining and annotating regions of macromolecular structures

artículo científico publicado en 1995

Accurate and sensitive peptide identification with Mascot Percolator

artículo científico publicado en 2009

Adding some SPICE to DAS.

artículo científico publicado en 2005

An integrated resource for genome-wide identification and analysis of human tissue-specific differentially methylated regions (tDMRs)

artículo científico publicado en 2008

An interactive genome browser of association results from the UK10K cohorts project

artículo científico publicado en 2015

An overview of Ensembl

artículo científico publicado en 2004

Analysis and assessment of ab initio three-dimensional prediction, secondary structure, and contacts prediction

artículo científico publicado en 1999

Analysis of diagnoses extracted from electronic health records in a large mental health case register.

artículo científico publicado en 2017

AnnoTrack - a tracking system for genome annotation ⬇️

artículo científico publicado el 5 de octubre de 2010

Assessing sequence comparison methods with reliable structurally identified distant evolutionary relationships

artículo científico publicado en 1998

Assessment of novel fold targets in CASP4: predictions of three-dimensional structures, secondary structures, and interresidue contacts

artículo científico publicado en 2001

Assessment of transcript reconstruction methods for RNA-seq

artículo científico publicado en 2013

Automated PDF highlighting to support faster curation of literature for Parkinson's and Alzheimer's disease

artículo científico publicado en 2017

BioJava

scholarly article

Biological information: making it accessible and integrated (and trying to make sense of it).

artículo científico publicado en 2002

CASP5 target classification

artículo científico publicado en 2003

Cancer gene discovery in mouse and man.

artículo científico publicado en 2009

Characterisation of mental health conditions in social media using Informed Deep Learning

artículo científico publicado en 2017

Characterizing genetic variants for clinical action

artículo científico publicado en 2014

Chromatin Accessibility Data Sets Show Bias Due to Sequence Specificity of the DNase I Enzyme ⬇️

artículo científico publicado el 26 de julio de 2013

Combining RT-PCR-seq and RNA-seq to catalog all genic elements encoded in the human genome

artículo científico publicado en 2012

Comparative analysis of pseudogenes across three phyla

artículo científico publicado en 2014

Comparative analysis of the transcriptome across distant species

artículo científico publicado en 2014

Comparison of Mascot and X!Tandem performance for low and high accuracy mass spectrometry and the development of an adjusted Mascot threshold

artículo científico publicado en 2008

Comparison of solvent-inaccessible cores of homologous proteins: definitions useful for protein modelling

article

Computational detection and location of transcription start sites in mammalian genomic DNA

artículo científico publicado en 2002

Corrigendum: Characterisation of mental health conditions in social media using Informed Deep Learning

artículo científico publicado en 2017

Critical assessment of methods of protein structure prediction (CASP)--round 6.

artículo científico publicado en 2005

Critical assessment of methods of protein structure prediction (CASP)-round V.

artículo científico publicado en 2003

Critical assessment of methods of protein structure prediction (CASP): Round II

scholarly article by John Moult published in January 1997

Critical assessment of methods of protein structure prediction (CASP): round II.

artículo científico publicado en 1997

Critical assessment of methods of protein structure prediction (CASP): round III.

artículo científico publicado en 1999

Critical assessment of methods of protein structure prediction (CASP): round IV.

artículo científico publicado en 2001

Critical assessment of methods of protein structure prediction-Round VII

artículo científico publicado en 2007

Current status and new features of the Consensus Coding Sequence database

artículo científico publicado en 2014

DNA sequence and analysis of human chromosome 9

artículo científico publicado en 2004

DNA sequence of human chromosome 17 and analysis of rearrangement in the human lineage

artículo científico publicado en 2006

Dalliance: interactive genome viewing on the web.

artículo científico

Data growth and its impact on the SCOP database: new developments

artículo científico publicado en 2008

Databases and tools for browsing genomes

artículo científico publicado en 2002

Defining functional DNA elements in the human genome

artículo científico publicado en 2014

Developing and implementing an institute-wide data sharing policy ⬇️

artículo científico publicado el 28 de septiembre de 2011

Discovery of candidate disease genes in ENU-induced mouse mutants by large-scale sequencing, including a splice-site mutation in nucleoredoxin

artículo científico publicado en 2009

Domain insertions in protein structures

artículo científico publicado en 2004

EGASP: the human ENCODE Genome Annotation Assessment Project

artículo científico publicado en 2006

Ensembl 2002: accommodating comparative genomics

artículo científico publicado en 2003

Ensembl 2005

artículo científico publicado en 2005

Ensembl 2006.

artículo científico publicado en 2006

Ensembl 2007

artículo científico publicado en 2007

Ensembl 2008

artículo científico publicado en 2008

Ensembl 2009

artículo científico publicado en 2009

Ensembl 2011

artículo científico publicado en 2011

Ensembl 2012

artículo científico publicado en 2012

Ensembl 2013

artículo científico publicado en 2013

Ensembl 2014

artículo científico publicado en 2014

Ensembl's 10th year

artículo científico publicado en 2010

Erratum to: Making sense of big data in health research: towards an EU action plan

artículo científico publicado en 2016

Erratum: The DNA sequence and biological annotation of human chromosome

scientific article published in Nature

Evaluation of GRCh38 and de novo haploid genome assemblies demonstrates the enduring quality of the reference assembly

artículo científico publicado en 2017

Evidence for transcript networks composed of chimeric RNAs in human cells

artículo científico publicado en 2012

First Protein Engineering Centres Meeting at CAPE/GBF on May 22–24, 1991

artículo científico publicado en 1993

Fold recognition and ab initio structure predictions using hidden Markov models and beta-strand pair potentials

artículo científico publicado en 1995

From identification to validation to gene count.

artículo científico publicado en 2010

GENCODE reference annotation for the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2019

GENCODE: Creating a Validated Manually Annotated Geneset for the Whole Human Genome

GENCODE: Creating a Validated Manually Annotated Geneset for the Whole Human Genome

GENCODE: producing a reference annotation for ENCODE

artículo científico publicado en 2006

GENCODE: the reference human genome annotation for The ENCODE Project

artículo científico publicado en 2012

GLASS: a tool to visualize protein structure prediction data in three dimensions and evaluate their consistency

artículo científico publicado en 1998

Gathering them in to the fold

artículo científico publicado en 1996

Gene duplications in H. influenzae

artículo científico publicado en 1995

Genome-wide end-sequenced BAC resources for the NOD/MrkTac() and NOD/ShiLtJ() mouse genomes

artículo científico publicado en 2009

Genomic anatomy of the Tyrp1 (brown) deletion complex

artículo científico publicado en 2006

Global implementation of genomic medicine: We are not alone

artículo científico publicado en 2015

Heat-shock proteins during growth and sporulation of Bacillus subtilis

artículo científico publicado en 1985

ITFoM – The IT Future of Medicine

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Initial sequencing and analysis of the human genome

artículo científico publicado en 2001

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Integrating biological data--the Distributed Annotation System

artículo científico publicado en 2008

Integrating sequence and structural biology with DAS

artículo científico publicado en 2007

Intermediate sequences increase the detection of homology between sequences

artículo científico publicado en 1997

Landscape of transcription in human cells

artículo científico publicado en 2012

Large-scale discovery of promoter motifs in Drosophila melanogaster

artículo científico publicado en 2006

Large-scale mutagenesis in p19(ARF)- and p53-deficient mice identifies cancer genes and their collaborative networks

artículo científico publicado en 2008

Lessons learned from the initial sequencing of the pig genome: comparative analysis of an 8 Mb region of pig chromosome 17.

artículo científico publicado en 2007

Making sense of big data in health research: Towards an EU action plan

artículo científico publicado en 2016

MaxBench: evaluation of sequence and structure comparison methods

artículo científico publicado en 2002

Metamotifs--a generative model for building families of nucleotide position weight matrices

artículo científico publicado en 2010

Mining the draft human genome

artículo científico publicado en 2001

Modernizing reference genome assemblies

artículo científico publicado en 2011

NestedMICA: sensitive inference of over-represented motifs in nucleic acid sequence

artículo científico publicado en 2005

New horizons in sequence analysis

artículo científico publicado en 1997

New tools and expanded data analysis capabilities at the Protein Structure Prediction Center

artículo científico publicado en 2007

Novel candidate cancer genes identified by a large-scale cross-species comparative oncogenomics approach

artículo científico publicado en 2010

Numerical criteria for the evaluation of ab initio predictions of protein structure.

artículo científico publicado en 1997

Open annotation offers a democratic solution to genome sequencing

scientific article published in Nature

Petabyte-scale innovations at the European Nucleotide Archive

artículo científico publicado en 2008

Population statistics of protein structures: lessons from structural classifications

artículo científico publicado en 1997

Prediction of the structure of GroES and its interaction with GroEL.

artículo científico publicado en 1995

Prediction targets of CASP4

scientific article published on 01 January 2001

Prepublication data sharing

artículo científico publicado en 2009

Priorities for nucleotide trace, sequence and annotation data capture at the Ensembl Trace Archive and the EMBL Nucleotide Sequence Database

artículo científico publicado en 2008

Prizes for innovation of new medicines and vaccines.

artículo científico publicado en 2009

Prominent use of distal 5' transcription start sites and discovery of a large number of additional exons in ENCODE regions

artículo científico publicado en 2007

Protein engineering and design

artículo científico publicado en 1989

Protein folds in the all-beta and all-alpha classes

artículo científico publicado en 1997

Protein structure prediction: playing the fold

artículo científico publicado en 1996

Pseudogenes in the mouse lineage: transcriptional activity and strain-specific history

RMS/coverage graphs: a qualitative method for comparing three-dimensional protein structure predictions.

artículo científico publicado en 1999

Reply to Brunet and Doolittle: Both selected effect and causal role elements can influence human biology and disease

artículo científico publicado en 2014

SCOP database in 2002: refinements accommodate structural genomics ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

SCOP database in 2004: refinements integrate structure and sequence family data

artículo científico publicado en 2004

SCOP, Structural Classification of Proteins database: applications to evaluation of the effectiveness of sequence alignment methods and statistics of protein structural data

artículo científico publicado en 1998

SCOP: a Structural Classification of Proteins database

artículo científico publicado en 1999

SCOP: a Structural Classification of Proteins database

artículo científico publicado en 1997

SCOP: a structural classification of proteins database

artículo científico publicado en 2000

SCOP: a structural classification of proteins database for the investigation of sequences and structures

artículo científico publicado en 1995

SISYPHUS--structural alignments for proteins with non-trivial relationships

artículo científico publicado en 2007

SPEM: a parser for EMBL style flat file database entries

artículo científico publicado en 1998

Sequence comparisons using multiple sequences detect three times as many remote homologues as pairwise methods

artículo científico publicado en 1998

Shotgun proteomics aids discovery of novel protein-coding genes, alternative splicing, and "resurrected" pseudogenes in the mouse genome

artículo científico publicado en 2011

Systematic evaluation of spliced alignment programs for RNA-seq data

artículo científico publicado en 2013

The 100 000 Genomes Project: bringing whole genome sequencing to the NHS

artículo científico publicado en 2018

The DNA sequence and analysis of human chromosome 13

artículo científico publicado en 2004

The DNA sequence and analysis of human chromosome 6

artículo científico publicado en 2003

The DNA sequence and biological annotation of human chromosome

artículo científico publicado en 2006

The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 10

artículo científico publicado en 2004

The DNA sequence and comparative analysis of human chromosome 20

artículo científico publicado en 2001

The DNA sequence of the human X chromosome

artículo científico publicado en 2005

The Ensembl genome database project

artículo científico publicado en 2002

The GENCODE exome: sequencing the complete human exome

artículo científico publicado en 2011

The GENCODE human gene set

artículo científico publicado en 2010

The GENCODE human gene set

article

The GENCODE pseudogene resource

artículo científico publicado en 2012

The GENCODE v7 catalog of human long noncoding RNAs: analysis of their gene structure, evolution, and expression

artículo científico publicado en 2012

The Protein Feature Ontology: a tool for the unification of protein feature annotations

artículo científico publicado en 2008

The Vertebrate Genome Annotation (Vega) database

artículo científico publicado en 2005

The consensus coding sequence (CCDS) project: Identifying a common protein-coding gene set for the human and mouse genomes

artículo científico publicado en 2009

The origins, evolution, and functional potential of alternative splicing in vertebrates

artículo científico publicado en 2011

The role of heat-shock and chaperone proteins in protein folding: possible molecular mechanisms

artículo científico publicado en 1991

The significance of performance ranking in CASP--response to Marti-Renom et al.

artículo científico publicado en 2002

The solution structure of the S1 RNA binding domain: a member of an ancient nucleic acid-binding fold

artículo científico publicado en 1997

The vertebrate genome annotation (Vega) database

artículo científico publicado en 2007

The zebrafish reference genome sequence and its relationship to the human genome

artículo científico publicado en 2013

Transcriptional activity and strain-specific history of mouse pseudogenes

artículo científico publicado en 2020

Understanding protein structure: using scop for fold interpretation

artículo científico publicado en 1996

Update on protein structure prediction: results of the 1995 IRBM workshop

artículo científico publicado en 1996

Using neural networks for prediction of the subcellular location of proteins

artículo científico publicado en 1998

What can we learn from noncoding regions of similarity between genomes?

artículo científico publicado en 2004

ddbRNA: detection of conserved secondary structures in multiple alignments

artículo científico publicado en 2003

iMotifs: an integrated sequence motif visualization and analysis environment

artículo científico publicado en 2010

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