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Lista de obras de Laxmi Parida

A Combinatorial Approach to Automatic Discovery of Cluster-Patterns

A minimal descriptor of an ancestral recombinations graph

artículo científico publicado en 2011

A new method to reconstruct recombination events at a genomic scale

artículo científico publicado en 2010

APBC 2010. The Eighth Asia Pacific Bioinformatics Conference Bangalore, India, 18-21 January 2010.

artículo científico publicado en 2010

ARG-based genome-wide analysis of cacao cultivars.

artículo científico publicado en 2012

Analysis on GENIE reveals novel recurrent variants that affect molecular diagnosis of sizable number of cancer patients

artículo científico publicado en 2019

Ancestral Recombinations Graph: A Reconstructability Perspective Using Random-Graphs Framework ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2010

Application of Genome Wide Association and Genomic Prediction for Improvement of Cacao Productivity and Resistance to Black and Frosty Pod Diseases.

artículo científico publicado en 2017

Assessing pooled BAC and whole genome shotgun strategies for assembly of complex genomes.

artículo científico publicado en 2011

Author Correction: Liquid versus tissue biopsy for detecting acquired resistance and tumor heterogeneity in gastrointestinal cancers

scientific article published on 01 December 2019

BAC sequencing using pooled methods

artículo científico publicado en 2015

Bacterial modification of the host glycosaminoglycan heparan sulfate modulates SARS-CoV-2 infectivity

artículo científico publicado en 2020

Characterizing redescriptions using persistent homology to isolate genetic pathways contributing to pathogenesis.

artículo científico publicado en 2016

Combinatorial pattern discovery approach for the folding trajectory analysis of a beta-hairpin

artículo científico publicado en 2005

Comparative exomics of Phalaris cultivars under salt stress

artículo científico publicado en 2014

Comparing sequencing assays and human-machine analyses in actionable genomics for glioblastoma

artículo científico publicado en 2017

Conservative extraction of over-represented extensible motifs

artículo científico publicado en 2005

Constructing near-perfect phylogenies with multiple homoplasy events

artículo científico publicado en 2006

Correction to: Sequencing and curation strategies for identifying candidate glioblastoma treatments

scientific article published on 02 August 2019

Correction: Evaluation of Methods for De Novo Genome Assembly from High-Throughput Sequencing Reads Reveals Dependencies That Affect the Quality of the Results

artículo científico publicado en 2011

Correction: Evaluation of Methods for De Novo Genome Assembly from High-Throughput Sequencing Reads Reveals Dependencies That Affect the Quality of the Results.

artículo científico publicado en 2011

Correction: Population Differentiation of Southern Indian Male Lineages Correlates with Agricultural Expansions Predating the Caste System.

artículo científico publicado en 2013

Dark-matter matters: Discriminating subtle blood cancers using the darkest DNA

scientific article published on 30 August 2019

Data-driven encoding for quantitative genetic trait prediction

artículo científico publicado en 2015

Dictionary-driven protein annotation

artículo científico publicado en 2002

Discovering patterns in gene order.

artículo científico

Discovering topological motifs using a compact notation

artículo científico publicado en 2007

Does encoding matter? A novel view on the quantitative genetic trait prediction problem

artículo científico publicado en 2016

EMPress Enables Tree-Guided, Interactive, and Exploratory Analyses of Multi-omic Data Sets

scientific article published on 15 March 2021

Effect of sampling on the extent and accuracy of the inferred genetic history of recombining genome.

artículo científico publicado en 2014

Efficient Algorithms for Sequence Analysis with Entropic Profiles

artículo científico publicado en 2016

Efficient algorithms for polyploid haplotype phasing.

artículo científico publicado en 2018

Emergence of Drift Variants That May Affect COVID-19 Vaccine Development and Antibody Treatment

scientific article published on 26 April 2020

Enhancing Next-Generation Sequencing-Guided Cancer Care Through Cognitive Computing

artículo científico publicado en 2017

Estimating the ancestral recombinations graph (ARG) as compatible networks of SNP patterns

artículo científico publicado en 2008

Evaluating Clinical Genome Sequence Analysis by Watson for Genomics

artículo científico publicado en 2018

Evaluation of methods for de novo genome assembly from high-throughput sequencing reads reveals dependencies that affect the quality of the results

artículo científico publicado en 2011

Explainable AI reveals changes in skin microbiome composition linked to phenotypic differences

Food authentication from shotgun sequencing reads with an application on high protein powders

artículo científico publicado en 2019

Functional pathways in respiratory tract microbiome separate COVID-19 from community-acquired pneumonia patients

artículo científico publicado en 2020

Gapped permutation pattern discovery for gene order comparisons

artículo científico publicado en 2007

Gene proximity analysis across whole genomes via PQ trees.

artículo científico publicado en 2005

Genome-wide signatures of male-mediated migration shaping the Indian gene pool

artículo científico publicado en 2015

Haplotype assembly of autotetraploid potato using integer linear programing

scientific article published on 01 September 2019

Haplotype assembly of autotetraploid potato using integer linear programing

scientific article published on 01 November 2019

Hierarchically Labeled Database Indexing Allows Scalable Characterization of Microbiomes

scientific article published on 17 March 2020

Human Skin, Oral, and Gut Microbiomes Predict Chronological Age

scientific article published on 11 February 2020

IPED2: Inheritance Path based Pedigree Reconstruction Algorithm for Complicated Pedigrees

artículo científico publicado en 2017

IPED: inheritance path-based pedigree reconstruction algorithm using genotype data

artículo científico publicado en 2013

IRiS: construction of ARG networks at genomic scales

artículo científico publicado en 2011

In silico pattern-based analysis of the human cytomegalovirus genome

artículo científico publicado en 2003

Incremental paradigms of motif discovery

artículo científico publicado en 2004

Lies, Gosh Darn Lies, and Not Enough Good Statistics: Why Epidemic Model Parameter Estimation Fails

artículo científico publicado en 2020

Linear time algorithms to construct populations fitting multiple constraint distributions at genomic scales

artículo científico publicado en 2017

Liquid versus tissue biopsy for detecting acquired resistance and tumor heterogeneity in gastrointestinal cancers

artículo científico publicado en 2019

Longitudinal Single-Cell Dynamics of Chromatin Accessibility and Mitochondrial Mutations in Chronic Lymphocytic Leukemia Mirror Disease History

artículo científico publicado en 2021

MINT: Mutual Information Based Transductive Feature Selection for Genetic Trait Prediction

artículo científico publicado en 2016

MUSE: A MULTI-LOCUS SAMPLING-BASED EPISTASIS ALGORITHM FOR QUANTITATIVE GENETIC TRAIT PREDICTION.

artículo científico publicado en 2016

Microbial context predicts SARS-CoV-2 prevalence in patients and the hospital built environment

artículo científico publicado en 2020

Minimizing recombinations in consensus networks for phylogeographic studies

artículo científico publicado en 2009

Mining, compressing and classifying with extensible motifs

artículo científico publicado en 2006

Neolithic mitochondrial haplogroup H genomes and the genetic origins of Europeans

artículo científico publicado en 2013

Nonredundant Representation of Ancestral Recombinations Graphs ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2012

Novel applications of multitask learning and multiple output regression to multiple genetic trait prediction

artículo científico publicado en 2016

PROTERAN: animated terrain evolution for visual analysis of patterns in protein folding trajectory

artículo científico publicado en 2006

Permutation pattern discovery in biosequences

artículo científico publicado en 2004

Population Differentiation of Southern Indian Male Lineages Correlates with Agricultural Expansions Predating the Caste System ⬇️

artículo científico publicado el 28 de noviembre de 2012

Proceedings of The Twelfth Annual RECOMB Comparative Genomics Conference.

artículo científico publicado en 2014

Recombination gives a new insight in the effective population size and the history of the old world human populations

artículo científico publicado en 2011

Recombination networks as genetic markers in a human variation study of the Old World

artículo científico publicado en 2011

Sampling ARG of multiple populations under complex configurations of subdivision and admixture

artículo científico publicado en 2015

Sequencing and curation strategies for identifying candidate glioblastoma treatments

scientific article published on 25 April 2019

Sequencing of a QTL-rich region of the Theobroma cacao genome using pooled BACs and the identification of trait specific candidate genes

artículo científico publicado en 2011

Signal enrichment with strain-level resolution in metagenomes using topological data analysis

artículo científico publicado en 2019

SimBA: simulation algorithm to fit extant-population distributions

artículo científico publicado en 2015

Statistical significance of large gene clusters

artículo científico publicado en 2007

Sum of parts is greater than the whole: inference of common genetic history of populations

artículo científico publicado en 2013

The genome sequence of the most widely cultivated cacao type and its use to identify candidate genes regulating pod color

artículo científico publicado en 2013

The lipogenic regulator SREBF2 induces Transferrin in circulating melanoma cells and suppresses ferroptosis

artículo científico publicado en 2020

The web server of IBM's Bioinformatics and Pattern Discovery group

artículo científico publicado en 2003

Transcriptome characterization and differentially expressed genes under flooding and drought stress in the biomass grasses Phalaris arundinacea and Dactylis glomerata

scientific article published on 01 October 2019

Ultrametric networks: a new tool for phylogenetic analysis ⬇️

artículo científico publicado el 5 de marzo de 2013

Using PQ structures for genomic rearrangement phylogeny

artículo científico publicado en 2006

Utilizing stability criteria in choosing feature selection methods yields reproducible results in microbiome data

artículo científico publicado en 2021

VARUN: Discovering Extensible Motifs under Saturation Constraints ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2010

Variable-Selection Emerges on Top in Empirical Comparison of Whole-Genome Complex-Trait Prediction Methods

artículo científico publicado en 2015

Variant analysis of SARS-CoV-2 genomes

artículo científico publicado en 2020

Watson for Genomics: Moving Personalized Medicine Forward

artículo científico publicado en 2016

iXora: exact haplotype inferencing and trait association.

artículo científico publicado en 2013

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