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Lista de obras de Webb Miller

28-way vertebrate alignment and conservation track in the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2007

A file comparison program

A framework for collaborative analysis of ENCODE data: making large-scale analyses biologist-friendly

artículo científico publicado en 2007

A genome sequence resource for the aye-aye (Daubentonia madagascariensis), a nocturnal lemur from Madagascar

artículo científico publicado en 2012

Aligning two sequences within a specified diagonal band

artículo científico publicado en 1992

An effective method for detecting gene conversion events in whole genomes

artículo científico publicado en 2010

An initial strategy for the systematic identification of functional elements in the human genome by low-redundancy comparative sequencing

artículo científico publicado en 2005

Analyses of deep mammalian sequence alignments and constraint predictions for 1% of the human genome

artículo científico publicado en 2007

Analysis of complete mitochondrial genomes from extinct and extant rhinoceroses reveals lack of phylogenetic resolution

artículo científico publicado en 2009

Author Correction: Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

artículo científico publicado en 2022

Aye-aye population genomic analyses highlight an important center of endemism in northern Madagascar

artículo científico publicado en 2013

BLAST algorithm

algorithm in bioinformatics that finds regions of local similarity between molecular sequences

Basic local alignment search tool

artículo científico publicado en 1990

CAGE: Combinatorial Analysis of Gene-cluster Evolution

artículo científico publicado en 2010

Calling SNPs without a reference sequence

artículo científico publicado en 2010

Candidate genes required for embryonic development: a comparative analysis of distal mouse chromosome 14 and human chromosome 13q22.

artículo científico publicado en 2002

CleaveLand: a pipeline for using degradome data to find cleaved small RNA targets

artículo científico publicado en 2008

Comparative Genomic Analysis Using the UCSC Genome Browser

Comparative analysis of the alpha-like globin clusters in mouse, rat, and human chromosomes indicates a mechanism underlying breaks in conserved synteny

artículo científico publicado en 2004

Comparative and demographic analysis of orang-utan genomes

artículo científico publicado en 2011

Comparative and population mitogenomic analyses of Madagascar's extinct, giant 'subfossil' lemurs

artículo científico publicado en 2014

Comparative genome sequence analysis of the Bpa/Str region in mouse and Man

artículo científico publicado en 2000

Comparative genomic analysis using the UCSC genome browser

artículo científico publicado en 2007

Comparative genomics

artículo científico publicado en 2004

Comparative sequence of human and mouse BAC clones from the mnd2 region of chromosome 2p13

artículo científico publicado en 1999

Comparison of sequencing platforms for single nucleotide variant calls in a human sample

artículo científico publicado en 2013

Complete Khoisan and Bantu genomes from southern Africa

artículo científico publicado en 2010

Complete genome sequence of Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2

artículo científico publicado en 2001

Complete mitochondrial genome of a Pleistocene jawbone unveils the origin of polar bear

artículo científico publicado en 2010

Computational reconstruction of ancestral DNA sequences

artículo científico publicado en 2008

Conversion events in gene clusters

artículo científico publicado en 2011

Covariation in frequencies of substitution, deletion, transposition, and recombination during eutherian evolution

artículo científico publicado en 2003

DUPCAR: reconstructing contiguous ancestral regions with duplications

artículo científico publicado en 2008

Dancing with Complement C4 and the RP-C4-CYP21-TNX (RCCX) Modules of the Major Histocompatibility Complex ⬇️

artículo científico publicado el 1 de enero de 2003

Distinguishing regulatory DNA from neutral sites

artículo científico publicado en 2003

Dynamics of the epigenetic landscape during erythroid differentiation after GATA1 restoration

artículo científico publicado en 2011

ESPERR: learning strong and weak signals in genomic sequence alignments to identify functional elements

artículo científico publicado en 2006

Elephantid Genomes Reveal the Molecular Bases of Woolly Mammoth Adaptations to the Arctic

artículo científico publicado en 2015

EnteriX 2003: Visualization tools for genome alignments of Enterobacteriaceae

artículo científico publicado en 2003

Erythroid GATA1 function revealed by genome-wide analysis of transcription factor occupancy, histone modifications, and mRNA expression

artículo científico publicado en 2009

Evaluation of methods for detecting conversion events in gene clusters ⬇️

artículo científico publicado el 15 de febrero de 2011

Evaluation of regulatory potential and conservation scores for detecting cis-regulatory modules in aligned mammalian genome sequences

artículo científico publicado en 2005

Evolution and functional classification of vertebrate gene deserts

artículo científico publicado en 2004

Evolution's cauldron: duplication, deletion, and rearrangement in the mouse and human genomes

artículo científico publicado en 2003

Evolutionarily conserved elements in vertebrate, insect, worm, and yeast genomes

artículo científico publicado en 2005

Evolutionary and Biomedical Insights from the Rhesus Macaque Genome

artículo científico publicado en 2007

Evolutionary history reconstruction for Mammalian complex gene clusters

artículo científico publicado en 2009

Experimental validation of predicted mammalian erythroid cis-regulatory modules

artículo científico publicado en 2006

Fast-evolving noncoding sequences in the human genome

artículo científico publicado en 2007

Finding cis-regulatory elements using comparative genomics: some lessons from ENCODE data

artículo científico publicado en 2007

Functional and binding studies of HS3.2 of the beta-globin locus control region

artículo científico publicado en 2002

Functional architecture of deleterious genetic variants in the Wrangel Island mammoth genome

GALA, a database for genomic sequence alignments and annotations

artículo científico publicado en 2003

Galaxy: a platform for interactive large-scale genome analysis

artículo científico publicado en 2005

Gapped BLAST and PSI-BLAST: a new generation of protein database search programs ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 1997

Gene Length and Proximity to Neighbors Affect Genome-Wide Expression Levels ⬇️

artículo científico publicado el 12 de noviembre de 2003

Generation and annotation of the DNA sequences of human chromosomes 2 and 4

artículo científico publicado en 2005

Generation and comparative analysis of approximately 3.3 Mb of mouse genomic sequence orthologous to the region of human chromosome 7q11.23 implicated in Williams syndrome

artículo científico publicado en 2002

Genetic diversity and population structure of the endangered marsupial Sarcophilus harrisii (Tasmanian devil)

artículo científico publicado en 2011

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome analysis of the platypus reveals unique signatures of evolution

artículo científico publicado en 2008

Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

artículo científico publicado en 2004

Genome-wide analysis of signatures of selection in populations of African honey bees (Apis mellifera) using new web-based tools

artículo científico publicado en 2015

Genome-wide identification of conserved regulatory function in diverged sequences

artículo científico publicado en 2011

Genomic structure and functional control of the Dlx3-7 bigene cluster

artículo científico publicado en 2002

HbVar database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations: 2007 update

artículo científico publicado en 2007

Human-macaque comparisons illuminate variation in neutral substitution rates

artículo científico publicado en 2008

Human-mouse alignments with BLASTZ

artículo científico publicado en 2003

Identification and analysis of functional elements in 1% of the human genome by the ENCODE pilot project

artículo científico publicado en 2007

Identification and classification of conserved RNA secondary structures in the human genome

artículo científico publicado en 2006

Identification of indels in next-generation sequencing data

artículo científico publicado en 2015

Improvements in the HbVar database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations for population and sequence variation studies

artículo científico publicado en 2004

Improvements to GALA and dbERGE II: databases featuring genomic sequence alignment, annotation and experimental results

artículo científico publicado en 2005

Inferring the Recent Duplication History of a Gene Cluster

article

Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome

artículo científico publicado en 2002

Interpretation of custom designed Illumina genotype cluster plots for targeted association studies and next-generation sequence validation

artículo científico publicado en 2010

Intraspecific phylogenetic analysis of Siberian woolly mammoths using complete mitochondrial genomes

artículo científico publicado en 2008

Khoisan hunter-gatherers have been the largest population throughout most of modern-human demographic history

artículo científico publicado en 2014

Mobile DNA in Old World monkeys: a glimpse through the rhesus macaque genome

artículo científico publicado en 2007

Molecular and genomic data identify the closest living relative of primates

artículo científico publicado en 2007

Mulan: multiple-sequence local alignment and visualization for studying function and evolution

artículo científico publicado en 2004

MultiPipMaker and supporting tools: Alignments and analysis of multiple genomic DNA sequences

artículo científico publicado en 2003

MultiPipMaker: comparative alignment server for multiple DNA sequences

artículo científico publicado en 2005

Optimal alignments in linear space

artículo científico publicado en 1988

Optimization methods for selecting founder individuals for captive breeding or reintroduction of endangered species.

artículo científico publicado en 2010

Patterns of insertions and their covariation with substitutions in the rat, mouse, and human genomes

scientific article published on April 2004

PhenCode: connecting ENCODE data with mutations and phenotype

artículo científico publicado en 2007

Phylogenomic resources at the UCSC Genome Browser

artículo científico publicado en 2008

PipMaker: a World Wide Web server for genomic sequence alignments

artículo científico publicado en 2003

PipTools: a computational toolkit to annotate and analyze pairwise comparisons of genomic sequences

artículo científico publicado en 2002

Polar bears exhibit genome-wide signatures of bioenergetic adaptation to life in the arctic environment

artículo científico publicado en 2014

Prepublication data sharing

artículo científico publicado en 2009

Recharacterization of ancient DNA miscoding lesions: insights in the era of sequencing-by-synthesis

artículo científico publicado en 2007

Reconstructing contiguous regions of an ancestral genome

artículo científico publicado en 2006

Reconstructing large regions of an ancestral mammalian genome in silico

artículo científico publicado en 2004

Reconstructing the Evolutionary History of Complex Human Gene Clusters

article

Regulatory potential scores from genome-wide three-way alignments of human, mouse, and rat

artículo científico publicado en 2004

Revealing mammalian evolutionary relationships by comparative analysis of gene clusters

artículo científico publicado en 2012

Sequence and comparative analysis of the chicken genome provide unique perspectives on vertebrate evolution

artículo científico publicado en 2004

Sequence conservation at human and mouse orthologous common fragile regions, FRA3B/FHIT and Fra14A2/Fhit

artículo científico publicado en 2001

Sequencing and analysis of a South Asian-Indian personal genome

artículo científico publicado en 2012

Sequencing the nuclear genome of the extinct woolly mammoth

artículo científico publicado en 2008

Sex determination by SRY PCR and sequencing of Tasmanian devil facial tumour cell lines reveals non-allograft transmission

artículo científico publicado en 2016

Significance of interspecies matches when evolutionary rate varies

artículo científico publicado en 2003

Some Phenotype Association Tools in Galaxy: Looking for Disease SNPs in a Full Genome ⬇️

artículo científico publicado el 1 de septiembre de 2012

Systematic documentation and analysis of human genetic variation in hemoglobinopathies using the microattribution approach

artículo científico publicado en 2011

The Chlamydomonas reinhardtii plastid chromosome: islands of genes in a sea of repeats

artículo científico publicado en 2002

The infinite sites model of genome evolution

artículo científico publicado en 2008

The mitochondrial genome sequence of the Tasmanian tiger (Thylacinus cynocephalus)

artículo científico publicado en 2009

Transcription-associated mutational asymmetry in mammalian evolution

artículo científico publicado en 2003

Transcriptional enhancement by GATA1-occupied DNA segments is strongly associated with evolutionary constraint on the binding site motif.

artículo científico publicado en 2008

Updates of the HbVar database of human hemoglobin variants and thalassemia mutations

artículo científico publicado en 2013

Use of subtractive hybridization for comprehensive surveys of prokaryotic genome differences

artículo científico publicado en 2002

Using genomic data to unravel the root of the placental mammal phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Whole-genome shotgun sequencing of mitochondria from ancient hair shafts

artículo científico publicado en 2007

zPicture: dynamic alignment and visualization tool for analyzing conservation profiles

artículo científico publicado en 2004

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