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Lista de obras de Dmitriy M. Chudakov

A Crystallographic Study of Bright Far-Red Fluorescent Protein mKate Reveals pH-induced cis-trans Isomerization of the Chromophore

artículo científico publicado en 2008

A genetically encoded photosensitizer

artículo científico publicado en 2005

A high-throughput assay for quantitative measurement of PCR errors

artículo científico publicado en 2017

A mechanism for expansion of regulatory T-cell repertoire and its role in self-tolerance

artículo científico publicado en 2015

A monomeric red fluorescent protein with low cytotoxicity

artículo científico publicado en 2012

Adoptive Immunotherapy Based on Chain-Centric TCRs in Treatment of Infectious Diseases

artículo científico publicado en 2020

Age-related decrease in TCR repertoire diversity measured with deep and normalized sequence profiling

artículo científico

An overview of immunoinformatics approaches and databases linking T cell receptor repertoires to their antigen specificity

artículo científico publicado en 2019

Antigen receptor repertoire profiling from RNA-seq data.

artículo científico publicado en 2017

Astroglia are a possible cellular substrate of angiotensin(1-7) effects in the rostral ventrolateral medulla

artículo científico publicado en 2010

B cells, plasma cells and antibody repertoires in the tumour microenvironment

scientific article published on 27 January 2020

Bright far-red fluorescent protein for whole-body imaging

artículo científico publicado en 2007

Bright monomeric red fluorescent protein with an extended fluorescence lifetime

artículo científico publicado en 2007

CXCR3 Identifies Human Naive CD8+ T Cells with Enhanced Effector Differentiation Potential

artículo científico publicado en 2019

Cell culture medium affects GFP photostability: a solution

artículo científico publicado en 2009

Chromophore environment provides clue to "kindling fluorescent protein" riddle

artículo científico publicado en 2002

Chromophore-assisted light inactivation (CALI) using the phototoxic fluorescent protein KillerRed.

artículo científico publicado en 2006

Chromoproteins of the green fluorescent protein family: properties and applications

artículo científico publicado en 2008

Circular Permutation of Red Fluorescent Proteins

artículo científico publicado en 2011

Common pathway for the red chromophore formation in fluorescent proteins and chromoproteins

artículo científico publicado en 2004

Comparative analysis of murine T-cell receptor repertoires.

artículo científico publicado en 2017

Comparative study reveals better far-red fluorescent protein for whole body imaging

artículo científico publicado en 2015

Contribution of functional KIR3DL1 to ankylosing spondylitis.

artículo científico publicado en 2010

Conversion of red fluorescent protein into a bright blue probe

artículo científico publicado en 2008

Crystallographic study of red fluorescent protein eqFP578 and its far-red variant Katushka reveals opposite pH-induced isomerization of chromophore

artículo científico publicado en 2011

Detecting T cell receptors involved in immune responses from single repertoire snapshots

artículo científico publicado en 2019

Discovery and properties of GFP-like proteins from nonbioluminescent anthozoa

artículo científico publicado en 2006

Distinctive properties of identical twins' TCR repertoires revealed by high-throughput sequencing.

artículo científico publicado en 2014

Dynamics of Individual T Cell Repertoires: From Cord Blood to Centenarians

artículo científico

Experimental models of arthritis in which pathogenesis is dependent on TNF expression.

artículo científico publicado en 2014

Exploring the pre-immune landscape of antigen-specific T cells

artículo científico publicado en 2018

Extracellular calcium depletion transiently elevates oxygen consumption in neurosecretory PC12 cells through activation of mitochondrial Na+/Ca2+ exchange

artículo científico publicado en 2010

Far-red fluorescent proteins evolved from a blue chromoprotein from Actinia equina

artículo científico publicado en 2005

Far-red fluorescent tags for protein imaging in living tissues

artículo científico publicado en 2009

Fast and precise protein tracking using repeated reversible photoactivation

artículo científico publicado en 2006

Fast reversibly photoswitching red fluorescent proteins for live-cell RESOLFT nanoscopy

artículo científico publicado en 2018

First autologous hematopoietic SCT for ankylosing spondylitis: a case report and clues to understanding the therapy

scientific article published on 12 March 2012

Fluorescent proteins and their applications in imaging living cells and tissues

artículo científico publicado en 2010

Fluorescent proteins as a toolkit for in vivo imaging

artículo científico publicado en 2005

Fluorescent proteins as light-inducible photochemical partners

scientific article published on 30 July 2010

Functionally specialized human CD4<sup>+</sup> T cell subsets express physicochemically distinct TCRs

artículo científico publicado en 2020

Genetically encoded intracellular sensors based on fluorescent proteins.

artículo científico publicado en 2007

Genetically encoded photoimmunosensitizer

artículo científico publicado en 2011

Green fluorescent proteins are light-induced electron donors

artículo científico publicado en 2009

HRES-1/Rab4 promotes the formation of LC3(+) autophagosomes and the accumulation of mitochondria during autophagy

artículo científico publicado en 2014

HRES-1/Rab4-mediated depletion of Drp1 impairs mitochondrial homeostasis and represents a target for treatment in SLE.

artículo científico publicado en 2013

Hetero-oligomeric tagging diminishes non-specific aggregation of target proteins fused with Anthozoa fluorescent proteins.

artículo científico publicado en 2003

High-quality full-length immunoglobulin profiling with unique molecular barcoding.

artículo científico publicado en 2016

High-throughput identification of antigen-specific TCRs by TCR gene capture

artículo científico publicado en 2013

Huge Overlap of Individual TCR Beta Repertoires.

artículo científico publicado en 2013

Human Miltons associate with mitochondria and induce microtubule-dependent remodeling of mitochondrial networks

article

Identification of the amino acid residues responsible for the reversible photoconversion of the monomeric red fluorescent protein TagRFP protein

artículo científico publicado en 2010

In vivo imaging of ligand receptor binding with Gaussia luciferase complementation

artículo científico publicado en 2011

Individual characterization of stably expanded T cell clones in ankylosing spondylitis patients.

artículo científico publicado en 2009

Innovation: Photoactivatable fluorescent proteins.

artículo científico publicado en 2005

Insertion of the voltage-sensitive domain into circularly permuted red fluorescent protein as a design for genetically encoded voltage sensor.

artículo científico publicado en 2017

Interconversion of Anthozoa GFP-like fluorescent and non-fluorescent proteins by mutagenesis

artículo científico publicado en 2002

Intratumoral immunoglobulin isotypes predict survival in lung adenocarcinoma subtypes

artículo científico publicado en 2019

Kindling fluorescent protein from Anemonia sulcata: dark-state structure at 1.38 A resolution

artículo científico publicado en 2005

Kindling fluorescent proteins for precise in vivo photolabeling

artículo científico publicado en 2003

Light-induced blockage of cell division with a chromatin-targeted phototoxic fluorescent protein

artículo científico publicado en 2011

Local fitness landscape of the green fluorescent protein

artículo científico publicado en 2016

Longitudinal high-throughput TCR repertoire profiling reveals the dynamics of T cell memory formation after mild COVID-19 infection

artículo científico publicado en 2021

MAGERI: Computational pipeline for molecular-barcoded targeted resequencing.

artículo científico publicado en 2017

MHC-II alleles shape the CDR3 repertoires of conventional and regulatory naïve CD4+ T cells

artículo científico publicado en 2020

Method for identification of condition-associated public antigen receptor sequences. ⬇️

artículo científico publicado en 2018

MiTCR: software for T-cell receptor sequencing data analysis.

artículo científico publicado en 2013

MiXCR: software for comprehensive adaptive immunity profiling.

artículo científico publicado en 2015

Molecular Mechanism of a Green-Shifted, pH-Dependent Red Fluorescent Protein mKate Variant

artículo científico publicado en 2011

Mother and child T cell receptor repertoires: deep profiling study.

artículo científico publicado en 2013

Near-infrared fluorescent proteins

artículo científico publicado en 2010

New class of blue animal pigments based on Frizzled and Kringle protein domains

artículo científico publicado en 2004

Next generation sequencing for TCR repertoire profiling: platform-specific features and correction algorithms.

artículo científico publicado en 2012

Optogenetic experimentation on astrocytes ⬇️

artículo científico publicado el 1 de noviembre de 2010

Optogenetic in vivo cell manipulation in KillerRed-expressing zebrafish transgenics

artículo científico publicado en 2010

Pairing of T-cell receptor chains via emulsion PCR.

artículo científico publicado en 2013

Persisting fetal clonotypes influence the structure and overlap of adult human T cell receptor repertoires

artículo científico publicado en 2017

Photoswitchable cyan fluorescent protein as a FRET donor

artículo científico publicado en 2006

Photoswitchable cyan fluorescent protein for protein tracking

artículo científico publicado en 2004

Practical and reliable FRET/FLIM pair of fluorescent proteins

artículo científico publicado en 2009

Preparing unbiased T-cell receptor and antibody cDNA libraries for the deep next generation sequencing profiling.

artículo científico publicado en 2013

Primary and secondary anti-viral response captured by the dynamics and phenotype of individual T cell clones

scientific article published on 21 February 2020

Quantitative profiling of immune repertoires for minor lymphocyte counts using unique molecular identifiers.

artículo científico

Quantitative tracking of T cell clones after haematopoietic stem cell transplantation.

artículo científico publicado en 2011

Reliability of immune receptor rearrangements as genetic markers for minimal residual disease monitoring.

artículo científico publicado en 2016

Reply to "Evaluation of immune repertoire inference methods from RNA-seq data"

scientific article published on 01 November 2018

Sequencing rare T-cell populations

artículo científico publicado en 2015

Single fluorescent protein-based Ca2+ sensors with increased dynamic range.

artículo científico publicado en 2007

Single high-dose treatment with glucosaminyl-muramyl dipeptide is ineffective in treating ankylosing spondylitis

scientific article published on 30 November 2010

Single-cell analysis of glandular T cell receptors in Sjögren's syndrome.

artículo científico publicado en 2016

Spectrally-resolved response properties of the three most advanced FRET based fluorescent protein voltage probes

artículo científico publicado en 2009

Structural basis for bathochromic shift of fluorescence in far-red fluorescent proteins eqFP650 and eqFP670

artículo científico publicado en 2012

Structural basis for the fast maturation of Arthropoda green fluorescent protein.

artículo científico publicado en 2006

Structure of the red fluorescent protein from a lancelet (Branchiostoma lanceolatum): a novel GYG chromophore covalently bound to a nearby tyrosine

artículo científico publicado en 2013

Substrate recognition of anthrax lethal factor examined by combinatorial and pre-steady-state kinetic approaches

artículo científico publicado en 2009

Substrate specificity of the anthrax lethal factor

scientific article published on 01 January 2008

T-cell tracking, safety, and effect of low-dose donor memory T-cell infusions after αβ T cell-depleted hematopoietic stem cell transplantation

scientific article published on 17 November 2020

TCR usage, gene expression and function of two distinct FOXP3(+)Treg subsets within CD4(+)CD25(hi) T cells identified by expression of CD39 and CD45RO.

artículo científico publicado en 2015

Targeting cancer cells by using an antireceptor antibody-photosensitizer fusion protein

artículo científico publicado en 2009

The Structure of Ca2+ Sensor Case16 Reveals the Mechanism of Reaction to Low Ca2+ Concentrations

artículo científico publicado en 2010

Three-dimensional structure of yellow fluorescent protein zYFP538 from Zoanthus sp. at the resolution 1.8 angstrom

artículo científico publicado en 2007

Towards error-free profiling of immune repertoires.

artículo científico

Tracking intracellular protein movements using photoswitchable fluorescent proteins PS-CFP2 and Dendra2.

artículo científico publicado en 2007

Two independent routes of post-translational chemistry in fluorescent protein FusionRed

artículo científico publicado en 2020

Two subsets of stem-like CD8+ memory T cell progenitors with distinct fate commitments in humans

artículo científico publicado en 2020

Use of green fluorescent protein (GFP) and its homologs for in vivo protein motility studies.

artículo científico publicado en 2003

Using photoactivatable fluorescent protein Dendra2 to track protein movement

artículo científico publicado en 2007

VDJtools: Unifying Post-analysis of T Cell Receptor Repertoires.

artículo científico publicado en 2015

VDJviz: a versatile browser for immunogenomics data.

artículo científico publicado en 2016

Visualizing compound transgenic zebrafish in development: a tale of green fluorescent protein and KillerRed

artículo científico publicado en 2011

Wnt/β-Catenin Signaling Induces Integrin α4β1 in T Cells and Promotes a Progressive Neuroinflammatory Disease in Mice.

artículo científico publicado en 2017

Yellow fluorescent protein phiYFPv (Phialidium): structure and structure-based mutagenesis

artículo científico publicado en 2013

tcR: an R package for T cell receptor repertoire advanced data analysis.

artículo científico publicado en 2015

γδ T-cell Receptors Derived from Breast Cancer-Infiltrating T Lymphocytes Mediate Antitumor Reactivity

scientific article published on 04 February 2020

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