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Lista de obras de David Bartel

3' UTR-isoform choice has limited influence on the stability and translational efficiency of most mRNAs in mouse fibroblasts

artículo científico publicado en 2013

A Network of Noncoding Regulatory RNAs Acts in the Mammalian Brain

scientific article published on 07 June 2018

A Seed Mismatch Enhances Argonaute2-Catalyzed Cleavage and Partially Rescues Severely Impaired Cleavage Found in Fish

artículo científico publicado en 2017

A bifunctional tRNA for in vitro selection

artículo científico publicado en 2002

A biochemical framework for RNA silencing in plants

artículo científico publicado en 2003

A class I ligase ribozyme with reduced Mg2+ dependence: Selection, sequence analysis, and identification of functional tertiary interactions.

artículo científico publicado en 2009

A portable RNA sequence whose recognition by a synthetic antibody facilitates structural determination

artículo científico publicado en 2010

A ribozyme that ligates RNA to protein

artículo científico publicado en 2002

A single Hox locus in Drosophila produces functional microRNAs from opposite DNA strands

artículo científico publicado en 2008

A two-hit trigger for siRNA biogenesis in plants

artículo científico publicado en 2006

A uniform system for microRNA annotation

artículo científico publicado en 2003

A viral suppressor of RNA silencing differentially regulates the accumulation of short interfering RNAs and micro-RNAs in tobacco

artículo científico publicado en 2002

AGO1 homeostasis entails coexpression of MIR168 and AGO1 and preferential stabilization of miR168 by AGO1

artículo científico publicado en 2006

Allelic imbalance sequencing reveals that single-nucleotide polymorphisms frequently alter microRNA-directed repression

artículo científico publicado en 2009

An oxocarbenium-ion intermediate of a ribozyme reaction indicated by kinetic isotope effects

artículo científico publicado en 2003

Antiquity of microRNAs and their targets in land plants

artículo científico publicado en 2005

Assessing the ceRNA hypothesis with quantitative measurements of miRNA and target abundance

artículo científico publicado en 2014

Beyond secondary structure: primary-sequence determinants license pri-miRNA hairpins for processing.

artículo científico publicado en 2013

Candida albicans Dicer (CaDcr1) is required for efficient ribosomal and spliceosomal RNA maturation ⬇️

artículo científico publicado el 15 de diciembre de 2011

Censors of the genome

scientific article published on 01 August 2003

Coherent but overlapping expression of microRNAs and their targets during vertebrate development

scientific article published on February 2009

Combinatorial minimization and secondary structure determination of a nucleotide synthase ribozyme

artículo científico publicado en 2003

Common functions for diverse small RNAs of land plants

artículo científico publicado en 2007

Compact and ordered collapse of randomly generated RNA sequences

scientific article published on 06 November 2005

Compatibility with killer explains the rise of RNAi-deficient fungi

artículo científico publicado en 2011

Computational identification of plant microRNAs and their targets, including a stress-induced miRNA

artículo científico publicado en 2004

Connecting microRNA genes to the core transcriptional regulatory circuitry of embryonic stem cells

artículo científico publicado en 2008

Conserved function of lincRNAs in vertebrate embryonic development despite rapid sequence evolution

artículo científico publicado en 2011

Conserved seed pairing, often flanked by adenosines, indicates that thousands of human genes are microRNA targets

artículo científico publicado en 2005

Control of developmental regulators by Polycomb in human embryonic stem cells

scientific article (publication date: 21 April 2006)

Criteria for annotation of plant MicroRNAs

artículo científico publicado en 2008

Crystal Structure of the Catalytic Core of an RNA-Polymerase Ribozyme

artículo científico publicado en 2009

Discovery of functional elements in 12 Drosophila genomes using evolutionary signatures

artículo científico publicado en 2007

Disrupting the pairing between let-7 and Hmga2 enhances oncogenic transformation

artículo científico publicado en 2007

Early genome activation in Drosophila is extensive with an initial tendency for aborted transcripts and retained introns

scientific article published on 24 June 2019

Early origins and evolution of microRNAs and Piwi-interacting RNAs in animals

artículo científico publicado en 2008

Endogenous siRNA and miRNA targets identified by sequencing of the Arabidopsis degradome

artículo científico publicado en 2008

Endogenous trans-acting siRNAs regulate the accumulation of Arabidopsis mRNAs

artículo científico publicado en 2004

Evolution, biogenesis, expression, and target predictions of a substantially expanded set of Drosophila microRNAs

artículo científico publicado en 2007

Excised linear introns regulate growth in yeast

scientific article published on 16 January 2019

Expanded identification and characterization of mammalian circular RNAs

artículo científico publicado en 2014

Expanding the microRNA targeting code: functional sites with centered pairing

artículo científico publicado en 2010

Extensive alternative polyadenylation during zebrafish development

artículo científico publicado en 2012

Formation, regulation and evolution of Caenorhabditis elegans 3'UTRs

artículo científico publicado en 2011

Genetic dissection of the miR-200-Zeb1 axis reveals its importance in tumor differentiation and invasion

artículo científico publicado en 2018

Genome-Scale Networks Link Neurodegenerative Disease Genes to α-Synuclein through Specific Molecular Pathways

artículo científico publicado en 2017

Global analyses of the dynamics of mammalian microRNA metabolism

artículo científico publicado en 2019

Global analyses of the effect of different cellular contexts on microRNA targeting

artículo científico publicado en 2014

Impact of MicroRNA Levels, Target-Site Complementarity, and Cooperativity on Competing Endogenous RNA-Regulated Gene Expression

artículo científico publicado en 2016

Improved Ribosome-Footprint and mRNA Measurements Provide Insights into Dynamics and Regulation of Yeast Translation.

artículo científico

Improved polymerase ribozyme efficiency on hydrophobic assemblies

artículo científico publicado en 2008

In ovo application of antagomiRs indicates a role for miR-196 in patterning the chick axial skeleton through Hox gene regulation

artículo científico publicado en 2009

Independent regulation of vertebral number and vertebral identity by microRNA-196 paralogs

artículo científico publicado en 2015

Intronic microRNA precursors that bypass Drosha processing

artículo científico publicado en 2007

Long noncoding RNAs in C. elegans

artículo científico publicado en 2012

Mammalian microRNAs predominantly act to decrease target mRNA levels

artículo científico publicado en 2010

Mammalian microRNAs: experimental evaluation of novel and previously annotated genes

artículo científico publicado en 2010

Maternal and paternal genomes contribute equally to the transcriptome of early plant embryos ⬇️

artículo científico publicado el 22 de enero de 2012

Metal ion requirements for structure and catalysis of an RNA ligase ribozyme.

artículo científico publicado en 2002

Metazoan MicroRNAs

MicroRNA 3'-compensatory pairing occurs through two binding modes, with affinity shaped by nucleotide identity and position

artículo científico publicado en 2022

MicroRNA 3′-compensatory pairing occurs through two binding modes, with affinity shaped by nucleotide identity and position

artículo científico publicado en 2022

MicroRNA Clustering Assists Processing of Suboptimal MicroRNA Hairpins through the Action of the ERH Protein

scientific article published on 01 April 2020

MicroRNA Destabilization Enables Dynamic Regulation of the miR-16 Family in Response to Cell-Cycle Changes ⬇️

artículo científico publicado el 16 de septiembre de 2011

MicroRNA control of PHABULOSA in leaf development: importance of pairing to the microRNA 5' region

artículo científico publicado en 2004

MicroRNA regulation of NAC-domain targets is required for proper formation and separation of adjacent embryonic, vegetative, and floral organs

artículo científico publicado en 2004

MicroRNA targeting specificity in mammals: determinants beyond seed pairing

artículo científico publicado en 2007

MicroRNA-directed cleavage of HOXB8 mRNA

artículo científico publicado en 2004

MicroRNA-directed regulation of Arabidopsis AUXIN RESPONSE FACTOR17 is essential for proper development and modulates expression of early auxin response genes

artículo científico publicado en 2005

MicroRNAS and their regulatory roles in plants

artículo científico publicado en 2006

MicroRNAs Cause Accelerated Decay of Short-Tailed Target mRNAs

scientific article published on 02 January 2020

MicroRNAs in plants

artículo científico publicado en 2002

MicroRNAs in the Hox network: an apparent link to posterior prevalence

artículo científico publicado en 2008

MicroRNAs modulate hematopoietic lineage differentiation

artículo científico publicado en 2004

MicroRNAs prevent precocious gene expression and enable pattern formation during plant embryogenesis

artículo científico publicado en 2010

MicroRNAs: at the root of plant development?

article by Bonnie Bartel & David P. Bartel published June 2003 in Plant Physiology

MicroRNAs: genomics, biogenesis, mechanism, and function

artículo científico publicado en 2004

MicroRNAs: target recognition and regulatory functions

artículo científico publicado en 2009

Microarray analysis shows that some microRNAs downregulate large numbers of target mRNAs

artículo científico publicado en 2005

Microarray profiling of microRNAs reveals frequent coexpression with neighboring miRNAs and host genes

artículo científico publicado en 2005

Most Caenorhabditis elegans microRNAs are individually not essential for development or viability

artículo científico publicado en 2007

Most mammalian mRNAs are conserved targets of microRNAs

artículo científico publicado en 2009

Mouse ES cells express endogenous shRNAs, siRNAs, and other Microprocessor-independent, Dicer-dependent small RNAs

artículo científico publicado en 2008

New CRISPR Mutagenesis Strategies Reveal Variation in Repair Mechanisms among Fungi.

artículo científico publicado en 2018

New catalytic structures from an existing ribozyme.

artículo científico publicado en 2005

New ligase-derived RNA polymerase ribozymes

artículo científico publicado en 2005

PRG-1 and 21U-RNAs interact to form the piRNA complex required for fertility in C. elegans

artículo científico publicado en 2008

Partially redundant functions of Arabidopsis DICER-like enzymes and a role for DCL4 in producing trans-acting siRNAs.

artículo científico publicado en 2005

Passenger-strand cleavage facilitates assembly of siRNA into Ago2-containing RNAi enzyme complexes

scientific journal article

Patterns of flanking sequence conservation and a characteristic upstream motif for microRNA gene identification

artículo científico publicado en 2004

Poly(A)-tail profiling reveals an embryonic switch in translational control

artículo científico publicado en 2014

Predicting effective microRNA target sites in mammalian mRNAs

artículo científico publicado en 2015

Predicting microRNA targeting efficacy in Drosophila

artículo científico publicado en 2018

Prediction of mammalian microRNA targets

artículo científico publicado en 2003

Prediction of plant microRNA targets

artículo científico publicado en 2002

Principles of long noncoding RNA evolution derived from direct comparison of transcriptomes in 17 species.

artículo científico publicado en 2015

Processivity of ribozyme-catalyzed RNA polymerization

scientific article published in 2003

RNA G-quadruplexes are globally unfolded in eukaryotic cells and depleted in bacteria

artículo científico publicado en 2016

RNAi in budding yeast

artículo científico publicado en 2009

Regulatory mutations of mir-48, a C. elegans let-7 family MicroRNA, cause developmental timing defects

artículo científico publicado en 2005

Reviews

SBAR: electronic handoff tool for noncomplicated procedural patients ⬇️

artículo científico publicado el 1 de abril de 2012

Sequencing the cap-snatching repertoire of H1N1 influenza provides insight into the mechanism of viral transcription initiation.

artículo científico publicado en 2015

Small RNAs correspond to centromere heterochromatic repeats

artículo científico publicado en 2002

Stalled spliceosomes are a signal for RNAi-mediated genome defense.

artículo científico publicado en 2013

Structure of yeast Argonaute with guide RNA

artículo científico publicado en 2012

Substrate 2'-hydroxyl groups required for ribozyme-catalyzed polymerization

artículo científico publicado en 2003

Synthetic shuffling and in vitro selection reveal the rugged adaptive fitness landscape of a kinase ribozyme

artículo científico publicado en 2013

TRAMP-mediated RNA surveillance prevents spurious entry of RNAs into the Schizosaccharomyces pombe siRNA pathway

artículo científico publicado en 2008

The Drosophila hairpin RNA pathway generates endogenous short interfering RNAs

artículo científico publicado en 2008

The Dynamics of Cytoplasmic mRNA Metabolism

scientific article published on 02 January 2020

The G3BP Stress-Granule Proteins Reinforce the Translation Program of the Integrated Stress Response

artículo científico publicado en 2024

The G3BP Stress-Granule Proteins Reinforce the Translation Program of the Integrated Stress Response

artículo científico publicado en 2024

The Inside-Out Mechanism of Dicers from Budding Yeasts

artículo científico publicado en 2011

The Menu of Features that Define Primary MicroRNAs and Enable De Novo Design of MicroRNA Genes

artículo científico publicado en 2015

The ZSWIM8 ubiquitin ligase mediates target-directed microRNA degradation

artículo científico publicado en 2020

The action of ARGONAUTE1 in the miRNA pathway and its regulation by the miRNA pathway are crucial for plant development.

artículo científico publicado en 2004

The biochemical basis for the cooperative action of microRNAs

artículo científico publicado en 2020

The biochemical basis of microRNA targeting efficacy

artículo científico publicado en 2019

The guide-RNA sequence dictates the slicing kinetics and conformational dynamics of the Argonaute silencing complex

artículo científico publicado en 2024

The helicase Ded1p controls use of near-cognate translation initiation codons in 5' UTRs

artículo científico publicado en 2018

The impact of microRNAs on protein output

artículo científico publicado en 2008

The influence of microRNAs and poly(A) tail length on endogenous mRNA-protein complexes

artículo científico publicado en 2017

The let-7 MicroRNA family members mir-48, mir-84, and mir-241 function together to regulate developmental timing in Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2005

The microRNA miR-196 acts upstream of Hoxb8 and Shh in limb development

artículo científico publicado en 2005

The microRNAs of Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2003

The molecular basis of coupling between poly(A)-tail length and translational efficiency

artículo científico publicado en 2021

The molecular basis of coupling between poly(A)-tail length and translational efficiency

artículo científico publicado en 2021

The structural basis for RNA slicing by human Argonaute2

artículo científico publicado en 2024

The structural basis for RNA slicing by human Argonaute2

artículo científico publicado en 2024

The structural basis of RNA-catalyzed RNA polymerization

artículo científico publicado en 2011

The three-dimensional architecture of the class I ligase ribozyme

artículo científico publicado en 2004

Unusually effective microRNA targeting within repeat-rich coding regions of mammalian mRNAs

artículo científico publicado en 2011

Vertebrate microRNA genes

artículo científico publicado en 2003

Weak seed-pairing stability and high target-site abundance decrease the proficiency of lsy-6 and other microRNAs ⬇️

artículo científico publicado el 11 de septiembre de 2011

Widespread Influence of 3'-End Structures on Mammalian mRNA Processing and Stability

artículo científico publicado en 2017

Widespread changes in the posttranscriptional landscape at the Drosophila oocyte-to-embryo transition

artículo científico publicado en 2014

Xrn1p acts at multiple steps in the budding-yeast RNAi pathway to enhance the efficiency of silencing

artículo científico publicado en 2020

ZSWIM8 destabilizes many murine microRNAs and is required for proper embryonic growth and development

artículo científico publicado en 2023

ZSWIM8 destabilizes many murine microRNAs and is required for proper embryonic growth and development

artículo científico publicado en 2023

kpLogo: positional k-mer analysis reveals hidden specificity in biological sequences

artículo científico publicado en 2017

lincRNAs: genomics, evolution, and mechanisms

scientific article published on July 2013

m6A modification of a 3' UTR site reduces RME1 mRNA levels to promote meiosis

scientific article published on 30 July 2019

mRNA destabilization is the dominant effect of mammalian microRNAs by the time substantial repression ensues

artículo científico publicado en 2014

mRNA poly(A)-tail changes specified by deadenylation broadly reshape translation in Drosophila oocytes and early embryos.

scientific article published on 30 July 2016

miR-150, a microRNA expressed in mature B and T cells, blocks early B cell development when expressed prematurely

artículo científico publicado en 2007

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