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Lista de obras de

1P235 Comprehensive analysis on the effect of Escherichia coli ORFs on protein translation reaction(Bioinformatics-functional genomics,Poster Presentations)

artículo científico publicado en 2007

A cAMP/CRP-controlled mechanism for the incorporation of extracellular ADP-glucose in Escherichia coli involving NupC and NupG nucleoside transporters

artículo científico publicado en 2018

A complete set of Escherichia coli open reading frames in mobile plasmids facilitating genetic studies

artículo científico publicado en 2005

A genome-wide approach to identify the genes involved in biofilm formation in E. coli

artículo científico publicado en 2007

A robust platform for chemical genomics in bacterial systems.

artículo científico publicado en 2016

Accumulation of heme biosynthetic intermediates contributes to the antibacterial action of the metalloid tellurite.

artículo científico publicado en 2017

Amplification of Hot DNA segments in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2002

Analysis of Escherichia coli anaplerotic metabolism and its regulation mechanisms from the metabolic responses to altered dilution rates and phosphoenolpyruvate carboxykinase knockout

artículo científico publicado en 2003

Analysis of gene expression in Escherichia coli in response to changes of growth-limiting nutrient in chemostat cultures

artículo científico publicado en 2004

Analysis of hydrostatic pressure effects on transcription in Escherichia coli by DNA microarray procedure

artículo científico publicado en 2004

Analysis of metabolic and physiological responses to gnd knockout in Escherichia coli by using C-13 tracer experiment and enzyme activity measurement

artículo científico publicado en 2003

Analysis of organic solvent tolerance in Escherichia coli using gene expression profiles from DNA microarrays

artículo científico publicado en 2003

Analyzing Phenotype Microarray Data for Escherichia coli Using an Infinite Relational Model

Application of capillary electrophoresis-mass spectrometry to synthetic in vitro glycolysis studies

artículo científico publicado en 2004

B1500, a small membrane protein, connects the two-component systems EvgS/EvgA and PhoQ/PhoP in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2007

Cell Lysis Directed by SulA in Response to DNA Damage in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2021

Cell lysis directed by sigmaE in early stationary phase and effect of induction of the rpoE gene on global gene expression in Escherichia coli

scientific article published on 01 August 2005

Characterization of HscC (Hsc62), homologue of Hsp70 in Escherichia coli: over-expression of HscC modulates the activity of house keeping sigma factor sigma70

scientific article published on 01 June 2002

Chemical Genomics, Structure Elucidation, and in Vivo Studies of the Marine-Derived Anticlostridial Ecteinamycin ⬇️

artículo científico

Colony-live--a high-throughput method for measuring microbial colony growth kinetics--reveals diverse growth effects of gene knockouts in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

Combinatorial selection for replicable RNA by Qβ replicase while maintaining encoded gene function

artículo científico publicado en 2017

Comparative Genomics and Drug Resistance of a Geographic Variant of ST239 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Emerged in Russia ⬇️

artículo científico publicado el 19 de enero de 2012

Comparative analysis of argK-tox clusters and their flanking regions in phaseolotoxin-producing Pseudomonas syringae pathovars

artículo científico publicado en 2006

Complete genome sequence and comparative analysis of Shewanella violacea, a psychrophilic and piezophilic bacterium from deep sea floor sediments

artículo científico publicado en 2010

Complete nucleotide sequence of plasmid Rts1: implications for evolution of large plasmid genomes

artículo científico publicado en 2002

Complete set of ORF clones of Escherichia coli ASKA library (a complete set of E. coli K-12 ORF archive): unique resources for biological research

artículo científico publicado en 2005

Comprehensive analysis of the effects of Escherichia coli ORFs on protein translation reaction

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive identification of translation start sites by tetracycline-inhibited ribosome profiling

artículo científico publicado en 2016

Computational and systems biology

scientific article published on 06 November 2009

Conservation of Translation Initiation Sites Based on Dinucleotide Frequency and Codon Usage in Escherichia coli K-12 (W3110): Non-random Distribution of A/T-rich Sequences Immediately Upstream of the Translation Initiation Codon

artículo científico publicado en 2002

Construction of Escherichia coli K-12 in-frame, single-gene knockout mutants: the Keio collection

artículo científico publicado en 2006

Correction: Comparative Genomics and Drug Resistance of a Geographic Variant of ST239 Methicillin-Resistant Staphylococcus aureus Emerged in Russia

artículo científico publicado en 2012

Crucial roles of MicA and RybB as vital factors for σ-dependent cell lysis in Escherichia coli long-term stationary phase.

artículo científico publicado en 2013

Crystal structure of AcrB in complex with a single transmembrane subunit reveals another twist

artículo científico publicado en 2007

Deep sequencing reveals as-yet-undiscovered small RNAs in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2011

Detection of periodicity in eukaryotic genomes on the basis of power spectrum analysis

artículo científico publicado el 1 de enero de 2002

Development of a system for discovery of genetic interactions for essential genes in Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2013

Distribution of Repetitive Sequences on the Leading and Lagging Strands of the Escherichia coli Genome: Comparative Study of Long Direct Repeat (LDR) Sequences

artículo científico publicado en 2002

Dynamic simulation of an in vitro multi-enzyme system.

artículo científico publicado en 2007

Effect of codon adaptation on codon-level and gene-level translation efficiency in vivo

artículo científico publicado en 2014

Effect of zwf gene knockout on the metabolism of Escherichia coli grown on glucose or acetate

artículo científico publicado en 2004

Effects of mutations in the rpoS gene on cell viability and global gene expression under nitrogen starvation in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2004

Environmental dependency of gene knockouts on phenotype microarray analysis in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2010

Escherichia coli K-12: a cooperatively developed annotation snapshot--2005

artículo científico publicado en 2006

Escherichia coli proteome chips for detecting protein-protein interactions

artículo científico

Escherichia coli response to exogenous pyrophosphate and analogs

artículo científico publicado en 2003

Escherichia coli with a linear genome

artículo científico publicado en 2007

Essential core of protein-protein interaction network in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2009

Evolved bacterial resistance against fluoropyrimidines can lower chemotherapy impact in the Caenorhabditis elegans host

artículo científico publicado en 2020

Experimental and computational assessment of conditionally essential genes in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2006

Extensive impact of non-antibiotic drugs on human gut bacteria

artículo científico publicado en 2018

From the sequence to cell modeling: comprehensive functional genomics in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2004

Functional analysis of 1440 Escherichia coli genes using the combination of knock-out library and phenotype microarrays

artículo científico publicado en 2005

General enzymatic screens identify three new nucleotidases in Escherichia coli. Biochemical characterization of SurE, YfbR, and YjjG.

artículo científico publicado en 2004

GenoBase: comprehensive resource database of Escherichia coli K-12

artículo científico publicado en 2014

Genome structure of the legume, Lotus japonicus

artículo científico publicado en 2008

Genome-Wide Screening with Hydroxyurea Reveals a Link between Nonessential Ribosomal Proteins and Reactive Oxygen Species Production.

artículo científico publicado en 2013

Genome-scale identification and characterization of moonlighting proteins

artículo científico publicado en 2014

Genome-wide analyses revealing a signaling network of the RcsC-YojN-RcsB phosphorelay system in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2003

Genome-wide analysis of deoxyadenosine methyltransferase-mediated control of gene expression in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2002

Genome-wide analysis of substrate specificities of the Escherichia coli haloacid dehalogenase-like phosphatase family

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide screening of genes required for swarming motility in Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2006

Genome-wide screening with hydroxyurea reveals a link between nonessential ribosomal proteins and reactive oxygen species production

artículo científico publicado en 2013

GlgS, described previously as a glycogen synthesis control protein, negatively regulates motility and biofilm formation in Escherichia coli. ⬇️

artículo científico publicado en 2013

Glutathione production by efficient ATP-regenerating Escherichia coli mutants.

artículo científico publicado en 2009

Glycogen is the primary source of glucose during the lag phase of E. coli proliferation ⬇️

artículo científico publicado el 27 de junio de 2012

GroEL chaperone binding to beetle luciferases and the implications for refolding when co-expressed

artículo científico publicado en 2004

HemK, a class of protein methyl transferase with similarity to DNA methyl transferases, methylates polypeptide chain release factors, and hemK knockout induces defects in translational termination

artículo científico publicado en 2002

High-throughput fluorescence labelling of full-length cDNA products based on a reconstituted translation system.

artículo científico publicado en 2006

High-throughput, quantitative analyses of genetic interactions in E. coli

artículo científico publicado en 2008

Highly accurate genome sequences of Escherichia coli K-12 strains MG1655 and W3110

artículo científico publicado en 2006

Hyperexpression of the osmB gene in an acidic phospholipid-deficient Escherichia coli mutant

artículo científico publicado en 2007

Identification and characterization of a second, inducible promoter of relA in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2006

Identification and functional analysis of Escherichia coli cysteine desulfhydrases

artículo científico publicado en 2005

Identification and molecular characterization of the Mg2+ stimulon of Escherichia coli

artículo científico publicado en 2003

Identification of essential genes and synthetic lethal gene combinations in Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2015

Identification of human calphoglin-induced phosphoglucomutase phosphorylation in Escherichia coli

scientific article published on 01 September 2005

Identification of key regulators in glycogen utilization in E. coli based on the simulations from a hybrid functional Petri net model

artículo científico publicado en 2013

Identification of the two missing bacterial genes involved in thiamine salvage: thiamine pyrophosphokinase and thiamine kinase

artículo científico publicado en 2004

In vitro membrane protein synthesis inside Sec translocon-reconstituted cell-sized liposomes.

artículo científico publicado en 2016

Inhibitory effect of phosphoenolpyruvate on glycolytic enzymes in Escherichia coli.

artículo científico publicado en 2006

Integrating reductive and synthetic approaches in biology using man-made cell-like compartments

artículo científico publicado en 2014

Investigating the effects of perturbations to pgi and eno gene expression on central carbon metabolism in Escherichia coli using (13)C metabolic flux analysis

artículo científico publicado en 2012

KEGG-based pathway visualization tool for complex omics data

artículo científico publicado en 2005

Large-scale identification of protein-protein interaction of Escherichia coli K-12

artículo científico publicado en 2006

Metabolomic analysis of microorganisms

scientific article published on 04 January 2008

Metabolomics approach for enzyme discovery.

artículo científico publicado en 2006

Molecular basis of formaldehyde detoxification. Characterization of two S-formylglutathione hydrolases from Escherichia coli, FrmB and YeiG

artículo científico publicado en 2006

Molecular characterization of long direct repeat (LDR) sequences expressing a stable mRNA encoding for a 35-amino-acid cell-killing peptide and a cis-encoded small antisense RNA in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2002

Multiple high-throughput analyses monitor the response of E. coli to perturbations

artículo científico publicado en 2007

Optimization of RK2-based gene introduction system for Bacillus subtilis

scientific article published on 05 June 2019

P-BOSS: a new filtering method for treasure hunting in metabolomics

artículo científico publicado en 2007

Past, Present, and Future of Genome Modification in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2022

Peptidase activity of the Escherichia coli Hsp31 chaperone

artículo científico publicado en 2004

Periodicity in prokaryotic and eukaryotic genomes identified by power spectrum analysis

artículo científico publicado en 2002

Phenotype profiling of single gene deletion mutants of E. coli using Biolog technology

artículo científico publicado en 2008

Predicting essential genes based on network and sequence analysis.

artículo científico publicado en 2009

Responses of the central metabolism in Escherichia coli to phosphoglucose isomerase and glucose-6-phosphate dehydrogenase knockouts

artículo científico publicado en 2003

Ribosome binding proteins YhbH and YfiA have opposite functions during 100S formation in the stationary phase of Escherichia coli

artículo científico publicado en 2005

Role of phosphoenolpyruvate in the NADP-isocitrate dehydrogenase and isocitrate lyase reaction in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2006

Signal transduction cascade between EvgA/EvgS and PhoP/PhoQ two-component systems of Escherichia coli

artículo científico publicado en 2004

Systematic characterization of Escherichia coli genes/ORFs affecting biofilm formation.

artículo científico publicado en 2003

Systematic genome-wide scanning for genes involved in ATP generation in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2008

Systematic phenome analysis of Escherichia coli multiple-knockout mutants reveals hidden reactions in central carbon metabolism.

artículo científico publicado en 2009

Systematic production of inactivating and non-inactivating suppressor mutations at the relA locus that compensate the detrimental effects of complete spot loss and affect glycogen content in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2014

The ATPase domain of HscC (DnaK homolog) is essential for interfering sigma70 activity in E. coli.

artículo científico publicado en 2004

The Escherichia coli K-12 ORFeome: a resource for comparative molecular microbiology

artículo científico publicado en 2010

The applications of systematic in-frame, single-gene knockout mutant collection of Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2008

The construction of systematic in-frame, single-gene knockout mutant collection in Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2008

The crystal structure of leucyl/phenylalanyl-tRNA-protein transferase from Escherichia coli

artículo científico publicado en 2007

The outer membrane TolC is involved in cysteine tolerance and overproduction in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2008

The protein network of bacterial motility

artículo científico publicado en 2007

The tRNA Thiolation Pathway Modulates the Intracellular Redox State in Escherichia coli ⬇️

artículo científico publicado el 1 de marzo de 2013

The yfhQ gene of Escherichia coli encodes a tRNA:Cm32/Um32 methyltransferase

artículo científico publicado en 2006

Toward Network Biology in E. coli Cell

artículo científico publicado en 2015

Transcriptional regulation of drug efflux genes by EvgAS, a two-component system in Escherichia coli ⬇️

artículo científico publicado el 1 de octubre de 2003

Transcriptome analysis of all two-component regulatory system mutants of Escherichia coli K-12.

artículo científico publicado en 2002

Two-component system VraSR positively modulates the regulation of cell-wall biosynthesis pathway in Staphylococcus aureus

artículo científico publicado en 2003

Unprecedented high-resolution view of bacterial operon architecture revealed by RNA sequencing

artículo científico publicado en 2014

Update of thermotolerant genes essential for survival at a critical high temperature in Escherichia coli

artículo científico publicado en 2018

Update on the Keio collection of Escherichia coli single-gene deletion mutants

artículo científico publicado en 2009

Use of GFP tags to monitor localization of different luciferases in E. coli

artículo científico publicado en 2005

What hath DNA wrought? CRISPR-CAS gene silencing and engineering from bacteria to humans: comment on "Diversity, evolution, and therapeutic applications of small RNAs in prokaryotic and eukaryotic immune systems" by Edwin L. Cooper and Nicola Overst

artículo científico publicado en 2013

[Proteome analysis using MALDI-TOF MS]

scientific article published on 01 May 2003

eSGA: E. coli synthetic genetic array analysis

artículo científico publicado en 2008

iML1515, a knowledgebase that computes Escherichia coli traits.

artículo científico publicado en 2017

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