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Lista de obras de Patrick Cramer

500 years after the first circumnavigation of the world: the efforts, rewards and drawbacks of exploration

artículo científico publicado en 2019

A Movie of RNA Polymerase II Transcription ⬇️

artículo científico publicado el 22 de junio de 2012

A Tandem SH2 Domain in Transcription Elongation Factor Spt6 Binds the Phosphorylated RNA Polymerase II C-terminal Repeat Domain (CTD)

artículo científico publicado en 2010

A conformational switch underlies ClpP protease function

artículo científico publicado en 2011

A conserved GA element in TATA-less RNA polymerase II promoters

artículo científico publicado en 2011

A conserved mediator hinge revealed in the structure of the MED7.MED21 (Med7.Srb7) heterodimer

artículo científico publicado en 2005

A cytoplasmic complex mediates specific mRNA recognition and localization in yeast

artículo científico publicado en 2011

A model for transcription initiation in human mitochondria

artículo científico publicado en 2015

A movie of the RNA polymerase nucleotide addition cycle.

artículo científico publicado en 2009

A nano-positioning system for macromolecular structural analysis

artículo científico publicado en 2008

A novel intermediate in transcription initiation by human mitochondrial RNA polymerase.

artículo científico publicado en 2014

A structural perspective of CTD function

artículo científico publicado en 2005

A structural perspective on Mediator function ⬇️

artículo científico publicado el 15 de febrero de 2012

A tale of chromatin and transcription in 100 structures

artículo científico publicado en 2014

Accurate Promoter and Enhancer Identification in 127 ENCODE and Roadmap Epigenomics Cell Types and Tissues by GenoSTAN.

artículo científico publicado en 2017

Allosteric antibody inhibition of human hepsin protease ⬇️

artículo científico publicado el 15 de marzo de 2012

An alternative RNA polymerase I structure reveals a dimer hinge

artículo científico publicado en 2015

An atypical spinal meningioma with CSF metastasis: fatal progression despite aggressive treatment. Case report

artículo científico publicado en 2005

An experimentally generated peptide database increases the sensitivity of XL-MS with complex samples

artículo científico publicado en 2020

An extended winged helix domain in general transcription factor E/IIE alpha

artículo científico publicado en 2003

Annotation of genomics data using bidirectional hidden Markov models unveils variations in Pol II transcription cycle

artículo científico publicado en 2014

Archaeal transcription: function of an alternative transcription factor B from Pyrococcus furiosus

artículo científico publicado en 2007

Architecture and RNA binding of the human negative elongation factor.

artículo científico publicado en 2016

Architecture of a transcribing-translating expressome

artículo científico publicado en 2017

Architecture of initiation-competent 12-subunit RNA polymerase II

artículo científico publicado en 2003

Architecture of the RNA polymerase II-Paf1C-TFIIS transcription elongation complex

artículo científico publicado en 2017

Architecture of the RNA polymerase II-TFIIF complex revealed by cross-linking and mass spectrometry

artículo científico publicado en 2010

Architecture of the RNA polymerase II-TFIIS complex and implications for mRNA cleavage

artículo científico publicado en 2003

Architecture of the RNA polymerase-Spt4/5 complex and basis of universal transcription processivity

artículo científico publicado en 2011

BRF1 mutations alter RNA polymerase III-dependent transcription and cause neurodevelopmental anomalies

artículo científico publicado en 2015

BRF1 mutations alter RNA polymerase III-dependent transcription and cause neurodevelopmental anomalies

Biochemie und Molekulargenetik 2001

Biogenesis of multisubunit RNA polymerases ⬇️

artículo científico publicado el 17 de enero de 2012

CDK12 globally stimulates RNA polymerase II transcription elongation and carboxyl-terminal domain phosphorylation

scientific article published on 01 August 2020

CDK9-dependent RNA polymerase II pausing controls transcription initiation

artículo científico publicado en 2017

CPD damage recognition by transcribing RNA polymerase II

artículo científico publicado en 2007

CTCF is dispensable for immune cell transdifferentiation but facilitates an acute inflammatory response

artículo científico publicado en 2020

CTD Tyrosine Phosphorylation Impairs Termination Factor Recruitment to RNA Polymerase II ⬇️

artículo científico publicado el 29 de junio de 2012

Cap completion and C-terminal repeat domain kinase recruitment underlie the initiation-elongation transition of RNA polymerase II.

artículo científico publicado en 2013

Comparative dynamic transcriptome analysis (cDTA) reveals mutual feedback between mRNA synthesis and degradation

artículo científico publicado en 2012

Complete RNA polymerase II elongation complex structure and its interactions with NTP and TFIIS

artículo científico publicado en 2004

Conservation between the RNA polymerase I, II, and III transcription initiation machineries

artículo científico publicado en 2012

Conserved RNA polymerase II initiation complex structure

artículo científico publicado en 2017

Conserved architecture of the core RNA polymerase II initiation complex

artículo científico publicado en 2014

Core Mediator structure at 3.4 Å extends model of transcription initiation complex

artículo científico publicado en 2017

Crosslinking-MS analysis reveals RNA polymerase I domain architecture and basis of rRNA cleavage ⬇️

artículo científico publicado el 6 de marzo de 2012

Cryo-EM structure of a mammalian RNA polymerase II elongation complex inhibited by α-amanitin.

artículo científico publicado en 2018

Crystallization of RNA polymerase I subcomplex A14/A43 by iterative prediction, probing and removal of flexible regions

artículo científico

DNA photodamage recognition by RNA polymerase II.

artículo científico publicado en 2007

Deciphering the RNA polymerase II structure: a personal perspective

artículo científico publicado en 2006

Determinants of RNA metabolism in the Schizosaccharomyces pombe genome

artículo científico

Dimeric form of SARS-CoV-2 polymerase

artículo científico publicado en 2021

Distinct Mechanisms of Transcription Initiation by RNA Polymerases I and II

artículo científico publicado en 2018

Drosophila miR-277 controls branched-chain amino acid catabolism and affects lifespan.

artículo científico publicado en 2013

Dynamic Architecture of a Minimal RNA Polymerase II Open Promoter Complex

article by Barbara Treutlein et al published April 2012 in Molecular Cell

Dynamic Architecture of the RNA Polymerase II Open Promoter Complex

Dynamic transcriptome analysis measures rates of mRNA synthesis and decay in yeast ⬇️

artículo científico publicado el 4 de enero de 2011

Eukaryotic Transcription Turns 50

scientific article published on 01 October 2019

Evolution of Two Modes of Intrinsic RNA Polymerase Transcript Cleavage ⬇️

artículo científico publicado el 23 de marzo de 2011

Extending the message

artículo científico publicado en 2007

Finding the right spot to start transcription

artículo científico publicado en 2007

Fluorescence detection of nucleic acids and proteins in multi-component crystals

artículo científico publicado en 2006

Functional architecture of RNA polymerase I

artículo científico publicado en 2007

Genome-associated RNA polymerase II includes the dissociable Rpb4/7 subcomplex.

artículo científico publicado en 2008

Genome-wide Analysis of RNA Polymerase II Termination at Protein-Coding Genes.

artículo científico publicado en 2017

Global analysis of eukaryotic mRNA degradation reveals Xrn1-dependent buffering of transcript levels

artículo científico publicado en 2013

Global donor and acceptor splicing site kinetics in human cells.

artículo científico publicado en 2019

Heptad-Specific Phosphorylation of RNA Polymerase II CTD.

artículo científico publicado en 2016

Identification, structure, and functional requirement of the Mediator submodule Med7N/31

artículo científico publicado en 2009

In-cell architecture of an actively transcribing-translating expressome

scientific article published on 01 July 2020

Inference of gene regulation functions from dynamic transcriptome data.

artículo científico publicado en 2016

Integrator is a genome-wide attenuator of non-productive transcription

artículo científico publicado en 2020

Iwr1 directs RNA polymerase II nuclear import.

artículo científico publicado en 2011

MC EMiNEM maps the interaction landscape of the Mediator

artículo científico publicado en 2012

MYC Recruits SPT5 to RNA Polymerase II to Promote Processive Transcription Elongation

artículo científico publicado en 2019

Measurement of genome-wide RNA synthesis and decay rates with Dynamic Transcriptome Analysis (DTA).

artículo científico publicado en 2012

Mechanism of RNA polymerase II stalling by DNA alkylation.

artículo científico publicado en 2017

Mechanism of SARS-CoV-2 polymerase stalling by remdesivir

artículo científico publicado en 2021

Mechanism of Transcription Anti-termination in Human Mitochondria

artículo científico publicado en 2017

Mechanism of Translesion Transcription by RNA Polymerase II and Its Role in Cellular Resistance to DNA Damage

artículo científico publicado en 2012

Mechanism of molnupiravir-induced SARS-CoV-2 mutagenesis

scholarly article by Florian Kabinger et al published 11 August 2021 in Nature Structural & Molecular Biology

Mechanism of transcriptional stalling at cisplatin-damaged DNA

artículo científico publicado en 2007

Mechanisms of backtrack recovery by RNA polymerases I and II.

artículo científico publicado en 2016

Mechanistic studies of the mRNA transcription cycle.

artículo científico publicado en 2006

Mediator Architecture and RNA Polymerase II Interaction.

artículo científico publicado en 2016

Mediator head subcomplex Med11/22 contains a common helix bundle building block with a specific function in transcription initiation complex stabilization

artículo científico publicado en 2011

Mediator phosphorylation prevents stress response transcription during non-stress conditions

artículo científico publicado en 2012

Model of the Mediator middle module based on protein cross-linking.

artículo científico publicado en 2013

Molecular Basis for Coordinating Transcription Termination with Noncoding RNA Degradation

artículo científico publicado en 2014

Molecular Basis of Transcription-Coupled Pre-mRNA Capping

artículo científico publicado en 2015

Molecular Basis of Transcriptional Mutagenesis at 8-Oxoguanine

artículo científico publicado en 2009

Molecular basis of RNA polymerase III transcription repression by Maf1

artículo científico publicado en 2010

Molecular basis of RNA-dependent RNA polymerase II activity

artículo científico publicado en 2007

Molecular basis of Rrn3-regulated RNA polymerase I initiation and cell growth

artículo científico publicado en 2011

Molecular biology. Self-correcting messages

artículo científico publicado en 2006

Multiplexed proteomics mapping of yeast RNA polymerase II and III allows near-complete sequence coverage and reveals several novel phosphorylation sites

artículo científico publicado en 2008

Multisubunit RNA polymerases

artículo científico publicado en 2002

Multisubunit RNA polymerases melt only a single DNA base pair downstream of the active site.

artículo científico

Multisubunit RNA polymerases melt only a single DNA base pair downstream of the active site.

artículo científico publicado en 2009

NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells

NASC-seq monitors RNA synthesis in single cells

artículo científico publicado en 2019

Nano positioning system reveals the course of upstream and nontemplate DNA within the RNA polymerase II elongation complex

artículo científico publicado en 2009

Nano-Positioning-System Reveals Structure of the RNA Polymerase II Initially Transcribing Complex (ITC)

Native molecule sequencing by nano-ID reveals synthesis and stability of RNA isoforms

scientific article published on 04 September 2020

Nucleosomal arrangement affects single-molecule transcription dynamics.

artículo científico publicado en 2016

Nucleosome-CHD4 chromatin remodeller structure maps human disease mutations

artículo científico publicado en 2020

Nucleosome-Chd1 structure and implications for chromatin remodelling

artículo científico publicado en 2017

Nucleosome-bound SOX2 and SOX11 structures elucidate pioneer factor function

artículo científico publicado en 2020

Oct4 differentially regulates chromatin opening and enhancer transcription in pluripotent stem cells

artículo científico publicado en 2022

One Hand Clapping: detection of condition-specific transcription factor interactions from genome-wide gene activity data

artículo científico publicado en 2012

Organization and regulation of gene transcription

scientific article published on 28 August 2019

Periodic mRNA synthesis and degradation co-operate during cell cycle gene expression

artículo científico publicado en 2014

Permissive epigenomes endow reprogramming competence to transcriptional regulators

artículo científico publicado en 2020

Preparation and topology of the Mediator middle module

artículo científico publicado en 2010

Promoter Distortion and Opening in the RNA Polymerase II Cleft

scientific article published on 21 November 2018

Proteins: histones and chromatin.

artículo científico publicado en 2011

Proteins: how RNA polymerases work.

artículo científico publicado en 2009

RNA polymerase I contains a TFIIF-related DNA-binding subcomplex

artículo científico publicado en 2010

RNA polymerase I structure and transcription regulation

artículo científico publicado en 2013

RNA polymerase I-Rrn3 complex at 4.8 Å resolution.

artículo científico publicado en 2016

RNA polymerase II clustering through carboxy-terminal domain phase separation

scientific article published on 20 August 2018

RNA polymerase II structure: from core to functional complexes

artículo científico publicado en 2004

RNA polymerase II termination involves C-terminal-domain tyrosine dephosphorylation by CPF subunit Glc7

artículo científico publicado en 2014

RNA polymerase II-TFIIB structure and mechanism of transcription initiation

artículo científico publicado en 2009

RNA polymerase III subunit architecture and implications for open promoter complex formation

artículo científico publicado en 2012

RNA polymerase fidelity and transcriptional proofreading

artículo científico publicado en 2009

RNA transcription and degradation of Alu retrotransposons depends on sequence features and evolutionary history

artículo científico publicado en 2022

RNA velocity of single cells

scientific article published in Nature

RNA-dependent chromatin association of transcription elongation factors and Pol II CTD kinases.

artículo científico publicado en 2017

Real-time cryo-electron microscopy data preprocessing with Warp

artículo científico publicado en 2019

Recognition of RNA polymerase II carboxy-terminal domain by 3'-RNA-processing factors

artículo científico publicado en 2004

Recruitment of TREX to the transcription machinery by its direct binding to the phospho-CTD of RNA polymerase II

artículo científico publicado en 2013

Rosalind Franklin and the Advent of Molecular Biology

artículo científico publicado en 2020

Rpb4 subunit functions mainly in mRNA synthesis by RNA polymerase II.

artículo científico publicado en 2014

Ruler elements in chromatin remodelers set nucleosome array spacing and phasing

artículo científico publicado en 2021

Scp160p is required for translational efficiency of codon-optimized mRNAs in yeast.

artículo científico

Selective Mediator dependence of cell-type-specifying transcription

scientific article published on 01 June 2020

Single-molecule tracking of mRNA exiting from RNA polymerase II

artículo científico publicado en 2007

Site specific phosphorylation of yeast RNA polymerase I.

artículo científico publicado en 2007

Small-molecule inhibitors of human mitochondrial DNA transcription

artículo científico publicado en 2020

Spt4/5 stimulates transcription elongation through the RNA polymerase clamp coiled-coil motif

artículo científico publicado en 2010

Spt5 Plays Vital Roles in the Control of Sense and Antisense Transcription Elongation

artículo científico publicado en 2017

Structural Basis of Mitochondrial Transcription Initiation

artículo científico publicado en 2017

Structural Basis of Poxvirus Transcription: Transcribing and Capping Vaccinia Complexes

scientific article published on 01 December 2019

Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes

scientific article published on 01 December 2019

Structural Basis of RNA Polymerase I Transcription Initiation

artículo científico publicado en 2017

Structural Biology of RNA Polymerase II Transcription: 20 Years On

artículo científico publicado en 2020

Structural Molecular Biology-A Personal Reflection on the Occasion of John Kendrew's 100th Birthday

artículo científico

Structural basis of RNA polymerase II backtracking, arrest and reactivation

artículo científico publicado en 2011

Structural basis of RNA processing by human mitochondrial RNase P

artículo científico publicado en 2021

Structural basis of TFIIH activation for nucleotide excision repair

artículo científico publicado en 2019

Structural basis of initial RNA polymerase II transcription ⬇️

artículo científico publicado el 4 de noviembre de 2011

Structural basis of mitochondrial transcription

artículo científico publicado en 2018

Structural basis of nucleosome transcription mediated by Chd1 and FACT

artículo científico publicado en 2021

Structural basis of transcription elongation

artículo científico publicado en 2012

Structural basis of transcription inhibition by alpha-amanitin and implications for RNA polymerase II translocation

artículo científico publicado en 2008

Structural basis of transcription initiation by RNA polymerase II.

artículo científico publicado en 2015

Structural basis of transcription: alpha-amanitin-RNA polymerase II cocrystal at 2.8 A resolution

artículo científico publicado en 2002

Structural basis of transcription: mismatch-specific fidelity mechanisms and paused RNA polymerase II with frayed RNA

artículo científico publicado en 2009

Structural biology of RNA polymerase III: mass spectrometry elucidates subcomplex architecture

artículo científico publicado en 2007

Structural biology of RNA polymerase III: subcomplex C17/25 X-ray structure and 11 subunit enzyme model

artículo científico publicado en 2006

Structure and TBP binding of the Mediator head subcomplex Med8-Med18-Med20.

artículo científico publicado en 2006

Structure and VP16 binding of the Mediator Med25 activator interaction domain

artículo científico publicado en 2011

Structure and carboxyl-terminal domain (CTD) binding of the Set2 SRI domain that couples histone H3 Lys36 methylation to transcription

artículo científico publicado en 2005

Structure and function of RNA polymerase II.

artículo científico publicado en 2004

Structure and function of the initially transcribing RNA polymerase II-TFIIB complex

artículo científico publicado en 2013

Structure and in vivo requirement of the yeast Spt6 SH2 domain

artículo científico publicado en 2009

Structure and mechanism of RNA polymerase II CTD phosphatases

artículo científico publicado en 2004

Structure determination of transient transcription complexes

artículo científico publicado en 2016

Structure of Ctk3, a subunit of the RNA polymerase II CTD kinase complex, reveals a noncanonical CTD-interacting domain fold

artículo científico publicado en 2015

Structure of GPN-Loop GTPase Npa3 and Implications for RNA Polymerase II Assembly

artículo científico

Structure of H3K36-methylated nucleosome-PWWP complex reveals multivalent cross-gyre binding

scientific article published on 09 December 2019

Structure of RNA polymerase I transcribing ribosomal DNA genes.

artículo científico publicado en 2016

Structure of SWI/SNF chromatin remodeller RSC bound to a nucleosome

scientific article published on 11 March 2020

Structure of a bifunctional DNA primase-polymerase

artículo científico publicado en 2004

Structure of a transcribing RNA polymerase II-DSIF complex reveals a multidentate DNA-RNA clamp

artículo científico publicado en 2017

Structure of activated transcription complex Pol II–DSIF–PAF–SPT6

artículo científico publicado en 2018

Structure of an RNA polymerase II-RNA inhibitor complex elucidates transcription regulation by noncoding RNAs

artículo científico publicado en 2005

Structure of an archaeal RNA polymerase

artículo científico publicado en 2007

Structure of complete Pol II-DSIF-PAF-SPT6 transcription complex reveals RTF1 allosteric activation

artículo científico publicado en 2020

Structure of human mitochondrial RNA polymerase ⬇️

artículo científico publicado el 25 de septiembre de 2011

Structure of human mitochondrial RNA polymerase elongation complex

artículo científico publicado en 2013

Structure of paused transcription complex Pol II-DSIF-NELF

artículo científico publicado en 2018

Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase

scientific article published on 21 May 2020

Structure of replicating SARS-CoV-2 polymerase

scientific article published on 28 April 2020

Structure of the Mediator head module

artículo científico publicado en 2012

Structure of the mediator subunit cyclin C and its implications for CDK8 function

artículo científico publicado en 2005

Structure of the super-elongation complex subunit AFF4 C-terminal homology domain reveals requirements for AFF homo- and heterodimerization

artículo científico publicado en 2019

Structure of the transcription coactivator SAGA

artículo científico publicado en 2020

Structure of transcribing RNA polymerase II-nucleosome complex

artículo científico publicado en 2018

Structure of transcribing mammalian RNA polymerase II

artículo científico publicado en 2016

Structure-based prediction of asparagine and aspartate degradation sites in antibody variable regions

artículo científico publicado en 2014

Structure-function analysis of the RNA polymerase cleft loops elucidates initial transcription, DNA unwinding and RNA displacement

artículo científico publicado en 2007

Structure-function studies of the RNA polymerase II elongation complex

artículo científico publicado en 2009

Structure-system correlation identifies a gene regulatory Mediator submodule

artículo científico publicado en 2008

Structures and diseases

artículo científico publicado en 2008

Structures of RNA polymerase II complexes with Bye1, a chromatin-binding PHF3/DIDO homologue

artículo científico publicado en 2013

Structures of complete RNA polymerase II and its subcomplex, Rpb4/7.

artículo científico publicado en 2005

Struggling to let go: a non-coding RNA directs its own extension and destruction

artículo científico publicado en 2013

TT-seq captures enhancer landscapes immediately after T-cell stimulation.

artículo científico publicado en 2017

TT-seq maps the human transient transcriptome

artículo científico publicado en 2016

Template misalignment in multisubunit RNA polymerases and transcription fidelity

artículo científico publicado en 2006

The APT complex is involved in non-coding RNA transcription and is distinct from CPF.

artículo científico publicado en 2018

The Implication of Early Chromatin Changes in X Chromosome Inactivation

artículo científico publicado en 2018

The RNA polymerase II C-terminal domain-interacting domain of yeast Nrd1 contributes to the choice of termination pathway and couples to RNA processing by the nuclear exosome.

artículo científico publicado en 2013

The RNA polymerase trigger loop functions in all three phases of the transcription cycle.

artículo científico publicado en 2013

The Structural Basis of Transcription: 10 Years After the Nobel Prize in Chemistry

artículo científico publicado en 2016

The archaeal RNA polymerase subunit P and the eukaryotic polymerase subunit Rpb12 are interchangeable in vivo and in vitro

artículo científico publicado en 2008

The archaeo-eukaryotic primase of plasmid pRN1 requires a helix bundle domain for faithful primer synthesis

artículo científico publicado en 2010

The chemistry of transcription through damaged DNA and of translesion synthesis at atomic resolution

artículo científico publicado en 2007

The conserved protein Seb1 drives transcription termination by binding RNA polymerase II and nascent RNA.

artículo científico publicado en 2017

The dynamic machinery of mRNA elongation

artículo científico publicado en 2005

The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome

scientific article published in Nature

The interaction landscape between transcription factors and the nucleosome

artículo científico publicado en 2017

The mRNA transcription/processing factor Ssu72 is a potential tyrosine phosphatase

artículo científico publicado en 2003

The pause-initiation limit restricts transcription activation in human cells

scientific article published on 09 August 2019

The phosphatidylserine receptor from Hydra is a nuclear protein with potential Fe(II) dependent oxygenase activity

artículo científico publicado en 2004

The spt5 C-terminal region recruits yeast 3' RNA cleavage factor I.

artículo científico publicado en 2012

The transcription elongation factor Bur1-Bur2 interacts with replication protein A and maintains genome stability during replication stress.

artículo científico publicado en 2010

Torpedo Nuclease Rat1 Is Insufficient to Terminate RNA Polymerase II in Vitro

artículo científico publicado en 2009

Towards molecular systems biology of gene transcription and regulation

scientific article published on July 2010

Transcription activation depends on the length of the RNA polymerase II C-terminal domain

artículo científico publicado en 2021

Transcriptome Maps of mRNP Biogenesis Factors Define Pre-mRNA Recognition

scholarly article by Carlo Baejen published in September 2014

Transcriptome maps of general eukaryotic RNA degradation factors.

artículo científico publicado en 2019

Transcriptome surveillance by selective termination of noncoding RNA synthesis.

artículo científico publicado en 2013

Transitions for regulating early transcription

artículo científico publicado en 2013

Uniform transitions of the general RNA polymerase II transcription complex

artículo científico publicado en 2010

Yeast mitochondrial protein Pet111p binds directly to two distinct targets in COX2 mRNA, suggesting a mechanism of translational activation

artículo científico publicado en 2019

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