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Lista de obras de

A dominant role for CD8+-T-lymphocyte selection in simian immunodeficiency virus sequence variation

artículo científico publicado en 2004

A novel hepacivirus with an unusually long and intrinsically disordered NS5A protein in a wild Old World primate

artículo científico publicado en 2013

A phylogenetic approach to gene expression data: evidence for the evolutionary origin of mammalian leukocyte phenotypes

artículo científico publicado en 2009

AIDS virus specific CD8+ T lymphocytes against an immunodominant cryptic epitope select for viral escape

artículo científico publicado en 2007

Acute phase CD8+ T lymphocytes against alternate reading frame epitopes select for rapid viral escape during SIV infection

artículo científico publicado en 2013

Acute phase cytotoxic T lymphocyte escape is a hallmark of simian immunodeficiency virus infection

artículo científico publicado en 2002

Alternative splicing, gene duplication and connectivity in the genetic interaction network of the nematode worm Caenorhabditis elegans

artículo científico publicado en 2007

Amino acid sequence constraint and gene expression pattern across the life history in the malaria parasite Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2005

Analysis of hepatitis C virus intrahost diversity across the coding region by ultradeep pyrosequencing

artículo científico publicado en 2012

Ancient Genome Duplications Did Not Structure the Human <i>Hox</i>-Bearing Chromosomes

artículo científico publicado en 2001

Ancient common ancestry of the merozoite surface protein 1 of Plasmodium vivax as inferred from its homologue in Plasmodium knowlesi

artículo científico publicado en 2005

Arteriviruses, Pegiviruses, and Lentiviruses Are Common among Wild African Monkeys

artículo científico publicado en 2016

Aspartic proteinase phylogeny and the origin of pregnancy-associated glycoproteins

artículo científico publicado en 2003

Between-Host Evolution of Cytotoxic T-Lymphocyte Epitopes in Human Immunodeficiency Virus Type 1: an Approach Based on Phylogenetically Independent Comparisons

artículo científico publicado en 2005

Between-host evolution of cytotoxic T-lymphocyte epitopes in human immunodeficiency virus type 1: an approach based on phylogenetically independent comparisons

artículo científico publicado en 2004

Bottleneck effects on vaccine-candidate antigen diversity of malaria parasites in Thailand

artículo científico publicado en 2010

CD8+ T cells from SIV elite controller macaques recognize Mamu-B*08-bound epitopes and select for widespread viral variation

artículo científico publicado en 2007

Characterization and phylogenetic relationship of prosimian MHC class I genes

artículo científico publicado en 2002

Characterization of 47 MHC class I sequences in Filipino cynomolgus macaques

artículo científico publicado en 2009

Characterization of full-length MHC class II sequences in Indonesian and Vietnamese cynomolgus macaques ⬇️

artículo científico publicado el 26 de mayo de 2011

Class I molecules with similar peptide-binding specificities are the result of both common ancestry and convergent evolution

artículo científico publicado en 2003

Coding sequence polymorphism in avian mitochondrial genomes reflects population histories

artículo científico publicado en 2007

Codon-based tests of positive selection, branch lengths, and the evolution of mammalian immune system genes

artículo científico publicado en 2008

Comparing effective population sizes of dominant marine alphaproteobacteria lineages

artículo científico publicado en 2013

Comparison of the genomic structure and variation in the two human sodium-dependent vitamin C transporters, SLC23A1 and SLC23A2.

artículo científico publicado en 2004

Complete characterization of killer Ig-like receptor (KIR) haplotypes in Mauritian cynomolgus macaques: novel insights into nonhuman primate KIR gene content and organization

artículo científico publicado en 2008

Comprehensive characterization of MHC class II haplotypes in Mauritian cynomolgus macaques

artículo científico publicado en 2007

Comprehensive immunological evaluation reveals surprisingly few differences between elite controller and progressor Mamu-B*17-positive simian immunodeficiency virus-infected rhesus macaques

artículo científico publicado en 2008

Conditional CD8+ T cell escape during acute simian immunodeficiency virus infection

artículo científico publicado en 2011

Conditional Immune Escape during Chronic Simian Immunodeficiency Virus Infection

artículo científico publicado en 2015

Conflicting selection pressures target the NS3 protein in hepatitis C virus genotypes 1a and 1b.

artículo científico publicado en 2009

Cross-clade simultaneous HIV drug resistance genotyping for reverse transcriptase, protease, and integrase inhibitor mutations by Illumina MiSeq

artículo científico publicado en 2014

Dblox: a genome-wide test for ancient segmental duplication

artículo científico publicado en 2004

Differential selective pressures on the merozoite surface protein 2 locus of Plasmodium falciparum in a low endemic area

artículo científico publicado en 2008

Distinctive pattern of sequence polymorphism in the NS3 protein of hepatitis C virus type 1b reflects conflicting evolutionary pressures

artículo científico publicado en 2008

Dynamics of haplotype frequency change in a CD8+TL epitope of simian immunodeficiency virus

artículo científico publicado en 2010

Ecology of malaria parasites infecting Southeast Asian macaques: evidence from cytochrome b sequences

artículo científico publicado en 2010

Effects of natural selection on interpopulation divergence at polymorphic sites in human protein-coding Loci

artículo científico publicado en 2005

Environmental kinetoplastid-like 18S rRNA sequences and phylogenetic relationships among Trypanosomatidae: Paraphyly of the genus Trypanosoma

scholarly article by Helen Piontkivska & Austin L Hughes published November 2005 in Molecular and Biochemical Parasitology

Escape from CD8(+) T cell responses in Mamu-B*00801(+) macaques differentiates progressors from elite controllers

artículo científico publicado en 2012

Escape in one of two cytotoxic T-lymphocyte epitopes bound by a high-frequency major histocompatibility complex class I molecule, Mamu-A*02: a paradigm for virus evolution and persistence?

artículo científico publicado en 2002

Evolution of divergent life history strategies in marine alphaproteobacteria

artículo científico publicado en 2013

Evolutionary analysis of a streamlined lineage of surface ocean Roseobacters

artículo científico publicado en 2014

Evolutionary diversification of the avian fatty acid-binding proteins ⬇️

artículo científico publicado el 15 de diciembre de 2011

Evolutionary diversification of the vertebrate transferrin multi-gene family

artículo científico publicado en 2014

Experimental analysis of sources of error in evolutionary studies based on Roche/454 pyrosequencing of viral genomes

artículo científico publicado en 2012

Expression patterns of duplicate genes in the developing root in Arabidopsis thaliana

artículo científico publicado en 2005

Extensive polymorphism and ancient origin of Plasmodium falciparum

artículo científico publicado en 2002

Extraepitopic compensatory substitutions partially restore fitness to simian immunodeficiency virus variants that escape from an immunodominant cytotoxic-T-lymphocyte response

artículo científico publicado en 2004

Functional diversification of the toll-like receptor gene family

artículo científico publicado en 2008

Gene duplication and the properties of biological networks

artículo científico publicado en 2005

Gene family content-based phylogeny of prokaryotes: the effect of criteria for inferring homology

artículo científico publicado en 2005

Genome Reduction by Deletion of Paralogs in the Marine Cyanobacterium Prochlorococcus ⬇️

artículo científico publicado el 29 de abril de 2011

Genome sequences reveal divergence times of malaria parasite lineages

artículo científico publicado en 2011

Genome size reduction in the chicken has involved massive loss of ancestral protein-coding genes

artículo científico publicado en 2008

Genome-wide SNP typing reveals signatures of population history

artículo científico publicado en 2008

Genome-wide patterns of nucleotide substitution reveal stringent functional constraints on the protein sequences of thermophiles

artículo científico publicado en 2004

Genome-wide survey for genes horizontally transferred from cellular organisms to baculoviruses.

artículo científico publicado en 2003

Genomewide pattern of synonymous nucleotide substitution in two complete genomes of Mycobacterium tuberculosis

artículo científico publicado en 2002

Genomics and diversity of the common marmoset monkey NK complex.

artículo científico publicado en 2007

High genetic diversity and adaptive potential of two simian hemorrhagic fever viruses in a wild primate population

artículo científico publicado en 2014

High level of functional polymorphism indicates a unique role of natural selection at human immune system loci

artículo científico publicado en 2005

Identification of MHC class I sequences in Chinese-origin rhesus macaques

artículo científico publicado en 2007

Likelihood-ratio tests for positive selection of human and mouse duplicate genes reveal nonconservative and anomalous properties of widely used methods

scientific article published on 03 August 2006

Loss of ancestral genes in the genomic evolution of Ciona intestinalis.

artículo científico publicado en 2005

Low level of sequence diversity at merozoite surface protein-1 locus of Plasmodium ovale curtisi and P. ovale wallikeri from Thai isolates

artículo científico publicado en 2013

MHC class I characterization of Indonesian cynomolgus macaques

artículo científico publicado en 2008

MHC heterozygote advantage in simian immunodeficiency virus-infected Mauritian cynomolgus macaques

artículo científico publicado en 2010

Major histocompatibility complex class I alleles associated with slow simian immunodeficiency virus disease progression bind epitopes recognized by dominant acute-phase cytotoxic-T-lymphocyte responses

artículo científico publicado en 2003

Malaria parasite sequences from chimpanzee support the co-speciation hypothesis for the origin of virulent human malaria (Plasmodium falciparum)

artículo científico publicado en 2010

Mitochondrial genome sequences support ancient population expansion in Plasmodium vivax

artículo científico publicado en 2005

Molecular evolution of the NF-kappaB signaling system

artículo científico publicado en 2002

Molecular phylogenetics of Trypanosomatidae: contrasting results from 18S rRNA and protein phylogenies ⬇️

artículo científico publicado el 28 de octubre de 2003

More effective purifying selection on RNA viruses than in DNA viruses

artículo científico publicado en 2007

Natural selection maintains a stable polymorphism at the circumsporozoite protein locus of Plasmodium falciparum in a low endemic area

artículo científico publicado en 2009

Non-random association of transposable elements with duplicated genomic blocks in Arabidopsis thaliana ⬇️

artículo científico publicado el 1 de diciembre de 2003

Novel member of the CD209 (DC-SIGN) gene family in primates

artículo científico publicado en 2003

Nucleotide sequence polymorphism at the apical membrane antigen-1 locus reveals population history of Plasmodium vivax in Thailand

artículo científico publicado en 2009

Nucleotide sequence polymorphism in circoviruses

artículo científico publicado en 2007

Nucleotide substitution at the highly polymorphic K1 locus of human herpesvirus 8 (Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus)

artículo científico publicado en 2006

Ongoing purifying selection on intergenic spacers in group A streptococcus

artículo científico publicado en 2010

Parallel evolution by gene duplication in the genomes of two unicellular fungi

artículo científico publicado en 2003

Parallel evolution by gene duplication in the genomes of two unicellular fungi

scientific article published on 01 June 2003

Pattern of divergence of amino acid sequences encoded by paralogous genes in human and pufferfish

artículo científico publicado en 2004

Pattern of gene duplication in the Cotesia congregata Bracovirus

artículo científico publicado en 2006

Patterns of nucleotide difference in overlapping and non-overlapping reading frames of papillomavirus genomes

artículo científico publicado en 2005

Patterns of sequence divergence in 5' intergenic spacers and linked coding regions in 10 species of pathogenic bacteria reveal distinct recombinational histories

artículo científico publicado en 2004

Phylogenetic analysis of genome rearrangements among five mammalian orders

artículo científico publicado en 2012

Phylogeny and recombination history of gallid herpesvirus 2 (Marek's disease virus) genomes

scientific article published on 12 June 2007

Phylogeny of Trypanosomatidae and Bodonidae (Kinetoplastida) based on 18S rRNA: evidence for paraphyly of Trypanosoma and six other genera

artículo científico publicado en 2003

Polymorphism at the apical membrane antigen 1 locus reflects the world population history of Plasmodium vivax

artículo científico publicado en 2008

Poxvirus genome evolution by gene gain and loss

artículo científico publicado en 2005

Rapid fixation of a distinctive sequence motif in the 3′ noncoding region of the clade of West Nile virus invading North America ⬇️

artículo científico publicado en 2007

Recent mammalian gene duplications: robust search for functionally divergent gene pairs

scientific article published on 01 July 2004

Reversion of CTL escape–variant immunodeficiency viruses in vivo

article

SIV genome-wide pyrosequencing provides a comprehensive and unbiased view of variation within and outside CD8 T lymphocyte epitopes

artículo científico publicado en 2012

SNPGenie: estimating evolutionary parameters to detect natural selection using pooled next-generation sequencing data

artículo científico publicado en 2015

Selection Maintains Low Genomic GC Content in Marine SAR11 Lineages

artículo científico publicado en 2015

Selection on haemagglutinin imposes a bottleneck during mammalian transmission of reassortant H5N1 influenza viruses

artículo científico publicado en 2013

Selection-driven immune escape is not a significant factor in the failure of CD4 T cell responses in persistent hepatitis C virus infection

artículo científico publicado en 2010

Selective Bottlenecks Shape Evolutionary Pathways Taken during Mammalian Adaptation of a 1918-like Avian Influenza Virus

artículo científico publicado en 2016

Sharing of transcription factors after gene duplication in the yeast Saccharomyces cerevisiae

artículo científico publicado en 2006

Shedding genomic ballast: extensive parallel loss of ancestral gene families in animals

artículo científico publicado en 2004

Synonymous and nonsynonymous polymorphisms versus divergences in bacterial genomes

artículo científico publicado en 2008

The effect of branch lengths on phylogeny: an empirical study using highly conserved orthologs from mammalian genomes

artículo científico publicado en 2007

The evolutionary biology of poxviruses

artículo científico publicado en 2010

The extent of nucleotide polymorphism is highly variable across a 3-kb region on Plasmodium falciparum chromosome 2.

artículo científico publicado en 2002

The pattern of nucleotide difference at individual codons among mouse, rat, and human

artículo científico publicado en 2005

The temporal distribution of gene duplication events in a set of highly conserved human gene families

artículo científico publicado en 2003

Transmission of clonal hepatitis C virus genomes reveals the dominant but transitory role of CD8⁺ T cells in early viral evolution

artículo científico publicado en 2011

Transposable element distribution in the yeast genome reflects a role in repeated genomic rearrangement events on an evolutionary time scale

artículo científico publicado en 2004

Two patterns of genome organization in mammals: the chromosomal distribution of duplicate genes in human and mouse

artículo científico publicado en 2004

Ultradeep pyrosequencing detects complex patterns of CD8+ T-lymphocyte escape in simian immunodeficiency virus-infected macaques

artículo científico publicado en 2009

Unusually high frequency MHC class I alleles in Mauritian origin cynomolgus macaques

artículo científico publicado en 2005

Variable intensity of purifying selection on cytotoxic T-lymphocyte epitopes in hepatitis C virus

artículo científico publicado en 2006

Variation in the pattern of synonymous and nonsynonymous difference between two fungal genomes

artículo científico publicado en 2005

Whole-genome characterization of human and simian immunodeficiency virus intrahost diversity by ultradeep pyrosequencing

artículo científico publicado en 2010

Widespread purifying selection at polymorphic sites in human protein-coding loci

artículo científico publicado en 2003

Within-host evolution of CD8+-TL epitopes encoded by overlapping and non-overlapping reading frames of simian immunodeficiency virus

artículo científico publicado en 2005

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