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Lista de obras de Mihai Pop

A framework for human microbiome research

artículo científico publicado en 2012

A perspective on 16S rRNA operational taxonomic unit clustering using sequence similarity

artículo científico publicado en 2016

AGORA: Assembly Guided by Optical Restriction Alignment

artículo científico publicado en 2012

ARDB--Antibiotic Resistance Genes Database

artículo científico

Accurate and fast estimation of taxonomic profiles from metagenomic shotgun sequences

artículo científico publicado en 2011

Algorithms in Bioinformatics

Alignment and clustering of phylogenetic markers--implications for microbial diversity studies

artículo científico publicado en 2010

An optimized system for expression and purification of secreted bacterial proteins

artículo científico publicado en 2005

Assembly complexity of prokaryotic genomes using short reads

artículo científico publicado en 2010

Assessing the benefits of using mate-pairs to resolve repeats in de novo short-read prokaryotic assemblies ⬇️

artículo científico publicado en 2011

Assignment of virus and antimicrobial resistance genes to microbial hosts in a complex microbial community by combined long-read assembly and proximity ligation

scientific article published on 02 August 2019

Automated ensemble assembly and validation of microbial genomes

artículo científico publicado en 2014

Bacillus anthracis comparative genome analysis in support of the Amerithrax investigation

artículo científico publicado en 2011

Bambus 2: scaffolding metagenomes

artículo científico publicado en 2011

Better Identification of Repeats in Metagenomic Scaffolding

Bioinformatics challenges of new sequencing technology

artículo científico publicado en 2008

Bioinformatics for the Human Microbiome Project

artículo científico publicado en 2012

Capturing the most wanted taxa through cross-sample correlations

scientific article published on 04 March 2016

Chaperone-Usher Pili Loci of Colonization Factor-Negative Human Enterotoxigenic Escherichia coli

artículo científico publicado en 2016

Characterization of Ehp, a secreted complement inhibitory protein from Staphylococcus aureus

artículo científico publicado en 2007

Comparative genome assembly

artículo científico publicado en 2004

Comparative genome sequencing for discovery of novel polymorphisms in Bacillus anthracis

artículo científico publicado en 2002

Complete genome sequence and comparative analysis of the metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440

artículo científico publicado en 2002

Complete genome sequence and comparative analysis of the metabolically versatile Pseudomonas putida KT2440

article by K. E. Nelson et al published July 2003 in Environmental Microbiology

Complete genome sequence of Aggregatibacter (Haemophilus) aphrophilus NJ8700.

artículo científico

Computational methods for optical mapping

artículo científico publicado en 2014

Critical Assessment of Metagenome Interpretation-a benchmark of metagenomics software.

artículo científico publicado en 2017

Current progress and future opportunities in applications of bioinformatics for biodefense and pathogen detection: report from the Winter Mid-Atlantic Microbiome Meet-up, College Park, MD, January 10, 2018

artículo científico publicado en 2018

DNACLUST: accurate and efficient clustering of phylogenetic marker genes

artículo científico publicado en 2011

De novo likelihood-based measures for comparing genome assemblies

artículo científico publicado en 2013

Deep sequencing of the oral microbiome reveals signatures of periodontal disease

artículo científico publicado en 2012

Diarrhea in young children from low-income countries leads to large-scale alterations in intestinal microbiota composition

artículo científico publicado en 2014

Differential abundance analysis for microbial marker-gene surveys

artículo científico publicado en 2013

Diversity in a Polymicrobial Community Revealed by Analysis of Viromes, Endolysins and CRISPR Spacers

artículo científico publicado en 2016

Draft genome of the filarial nematode parasite Brugia malayi

artículo científico publicado en 2007

Evaluating the accuracy of Listeria monocytogenes assemblies from quasimetagenomic samples using long and short reads

artículo científico publicado en 2021

Evolution of genes and genomes on the Drosophila phylogeny

artículo científico publicado en 2007

Exploiting sparseness in de novo genome assembly

artículo científico publicado en 2012

Exploring variation-aware contig graphs for (comparative) metagenomics using MaryGold

artículo científico publicado en 2013

Figaro: a novel statistical method for vector sequence removal

artículo científico publicado en 2008

Finding Biologically Accurate Clusterings in Hierarchical Tree Decompositions Using the Variation of Information

article

Finding biologically accurate clusterings in hierarchical tree decompositions using the variation of information.

artículo científico publicado en 2010

Finishing genomes with limited resources: lessons from an ensemble of microbial genomes

artículo científico publicado en 2010

GAGE: A critical evaluation of genome assemblies and assembly algorithms

artículo científico publicado en 2012

Gene prediction with Glimmer for metagenomic sequences augmented by classification and clustering

artículo científico publicado en 2012

Genome Sequencing of Four Strains of Rickettsia prowazekii, the Causative Agent of Epidemic Typhus, Including One Flying Squirrel Isolate

artículo científico publicado en 2013

Genome assembly forensics: finding the elusive mis-assembly

artículo científico publicado en 2008

Genome assembly reborn: recent computational challenges

artículo científico publicado en 2009

Genome sequence and comparative analysis of the model rodent malaria parasite Plasmodium yoelii yoelii

artículo científico publicado en 2002

Genome sequence assembly: algorithms and issues

scholarly article by Mihai Pop et al published July 2002 in Computer

Genomic characterization of the Yersinia genus

artículo científico publicado en 2010

Hawkeye and AMOS: visualizing and assessing the quality of genome assemblies

artículo científico publicado en 2011

Hierarchical scaffolding with Bambus

artículo científico publicado en 2004

Identification of Coli Surface Antigen 23, a novel adhesin of enterotoxigenic Escherichia coli

artículo científico publicado en 2012

Identification of microbiota dynamics using robust parameter estimation methods

artículo científico publicado en 2017

Identifying Differentially Abundant Metabolic Pathways in Metagenomic Datasets

article published in 2010

Incidence of fecal indicator and pathogenic bacteria in reclaimed and return flow waters in Arizona, USA

scientific article published on 01 December 2018

Individual-specific changes in the human gut microbiota after challenge with enterotoxigenic Escherichia coli and subsequent ciprofloxacin treatment

artículo científico publicado en 2016

Inexact Local Alignment Search over Suffix Arrays

artículo científico publicado en 2009

Integrating Hi-C links with assembly graphs for chromosome-scale assembly

artículo científico publicado en 2019

Invited: Challenges in metagenomic assembly

Longitudinal analysis of the lung microbiota of cynomolgous macaques during long-term SHIV infection

artículo científico publicado en 2016

Maligner: a fast ordered restriction map aligner

artículo científico publicado en 2015

Mentholation affects the cigarette microbiota by selecting for bacteria resistant to harsh environmental conditions and selecting against potential bacterial pathogens

artículo científico publicado en 2017

Messages from the Chairs

MetAMOS: a modular and open source metagenomic assembly and analysis pipeline

artículo científico publicado en 2013

MetaCarvel: linking assembly graph motifs to biological variants

scientific article published on 26 August 2019

MetaPath: identifying differentially abundant metabolic pathways in metagenomic datasets

artículo científico publicado en 2011

MetaPhyler: Taxonomic profiling for metagenomic sequences

Metagenomic analysis of the human distal gut microbiome

artículo científico publicado en 2006

Metagenomic assembly through the lens of validation: recent advances in assessing and improving the quality of genomes assembled from metagenomes

artículo científico publicado en 2017

Microbial dynamics of human obesity

article

Microbiota of the Hickey Run Tributary of the Anacostia River

artículo científico publicado en 2019

Microbiota that affect risk for shigellosis in children in low-income countries

artículo científico publicado en 2015

Minimus: a fast, lightweight genome assembler

artículo científico publicado en 2007

Misunderstood parameter of NCBI BLAST impacts the correctness of bioinformatics workflows

scientific article published on 01 May 2019

Modern technologies and algorithms for scaffolding assembled genomes

scientific article published on 05 June 2019

Next generation sequence assembly with AMOS.

artículo científico publicado en 2011

Outlier detection in BLAST hits.

artículo científico publicado en 2018

Parametric complexity of sequence assembly: theory and applications to next generation sequencing

artículo científico publicado en 2009

Pharmaceuticals, herbicides, and disinfectants in agricultural water sources

artículo científico publicado en 2019

Quantitative PCR for detection of Shigella improves ascertainment of Shigella burden in children with moderate-to-severe diarrhea in low-income countries

artículo científico publicado en 2013

Reply to: "a fair comparison".

artículo científico publicado en 2014

Scaffolding and validation of bacterial genome assemblies using optical restriction maps

artículo científico publicado en 2008

Scaffolding of long read assemblies using long range contact information

artículo científico publicado en 2017

Searching for SNPs with cloud computing

artículo científico publicado en 2009

Seasonal dynamics in taxonomy and function within bacterial and viral metagenomic assemblages recovered from a freshwater agricultural pond

artículo científico publicado en 2020

SeqScreen: accurate and sensitive functional screening of pathogenic sequences via ensemble learning

artículo científico publicado en 2022

Sequence assembly demystified

artículo científico publicado en 2013

Sequencing and genome assembly using next-generation technologies

artículo científico publicado en 2010

Serendipitous discovery of Wolbachia genomes in multiple Drosophila species

artículo científico publicado en 2005

Shotgun Sequence Assembly

article

Statistical methods for detecting differentially abundant features in clinical metagenomic samples

artículo científico publicado en 2009

Structure, function and diversity of the healthy human microbiome

artículo científico publicado en 2012

Suppression subtractive hybridization PCR isolation of cDNAs from a Caribbean soft coral

Survey of culture, goldengate assay, universal biosensor assay, and 16S rRNA Gene sequencing as alternative methods of bacterial pathogen detection

artículo científico publicado en 2013

TIPP: taxonomic identification and phylogenetic profiling

artículo científico publicado en 2014

Temporal Variations in Cigarette Tobacco Bacterial Community Composition and Tobacco-Specific Nitrosamine Content Are Influenced by Brand and Storage Conditions

artículo científico publicado en 2017

The Genome Sequence of Trypanosoma cruzi, Etiologic Agent of Chagas Disease

artículo científico publicado en 2005

The Theory and Practice of Genome Sequence Assembly

artículo científico

The dog genome: survey sequencing and comparative analysis

artículo científico publicado en 2003

The genome of the protist parasite Entamoeba histolytica

artículo científico publicado en 2005

The genome sequence of Bacillus anthracis Ames and comparison to closely related bacteria

artículo científico publicado en 2003

Ultrafast and memory-efficient alignment of short DNA sequences to the human genome

artículo científico publicado en 2009

We are what we eat: how the diet of infants affects their gut microbiome

artículo científico publicado en 2012

Workshop: Can you assemble whole genomes from next generation sequencing data?

Workshop: Comparative assembly of metagenomic sequences

You can't always sequence your way out of a tight spot: Next-generation sequencing holds great promise for pathogen detection, but the devil is in the details

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